概率方法和组合结构在RNA序列研究中的应用

结题报告

项目介绍

AI项目解读

基本信息

批准号：
10771108
项目类别：
面上项目
资助金额：
20.0万
负责人：
Christian M· Reidys
依托单位：
南开大学
学科分类：
A0604.生物与生命科学中的数学
结题年份：
2010
批准年份：
2007
项目状态：
已结题
起止时间：
2008-01-01 至2010-12-31

项目参与者：
靳宇；秦晶；刘小川；王蕊；黄文达；韩思伟；高志明；李宴美；
关键词：
RNA序列随机立方体概率方法组合计数

项目摘要

本项目拟将计算生物学与组合计数有机的结合起来，解决RNA序列的计数问题，给出崭新的计算方法，并引入概率空间，将序列与随机立方体上的点联系，得到一系列新颖的结果，对RNA序列新的结构折叠可以很大的程度上将现已知的结构扩展，最基本的想法就是运用组合和机器证明中的新兴的概念，得到在生物学上RNA序列新的叠和类，主要得到以下两类：.（1）对于给定的具有分子复杂性或者打结类型的RNA分子结构序列。.（2）根据微分有限生成函数，得到一整套新型的分子结构，进而研究分子序列及其结构的进化和优化。.本项目兼具理论与应用价值，对RNA序列的研究，解释了种群繁衍变化的规律。在此基础上，设计生成具有确定结数的RNA序列的算法，对现阶段的近似算法有很大的改进。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（24）

专著数量（0）

科研奖励数量（1）

会议论文数量（1）

专利数量（0）

Loops in Canonical RNA Pseudoknot Structures

典型 RNA 假结结构中的环

DOI：
10.1089/cmb.2010.0022
发表时间：
2011-12-01
期刊：
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY
影响因子：
1.7
作者：
Nebel, Markus E.;Reidys, Christian M.;Wang, Rita R.
通讯作者：
Wang, Rita R.

Irreducibility in RNA Structures

RNA 结构的不可还原性

DOI：
10.1007/s11538-009-9451-5
发表时间：
2009-02
期刊：
Bulletin of Mathematical Biology
影响因子：
3.5
作者：
Jin, Emma Y.;Reidys, Christian M.
通讯作者：
Reidys, Christian M.

Shapes of RNA Pseudoknot Structures

RNA假结结构的形状

DOI：
10.1089/cmb.2010.0006
发表时间：
2010-11-01
期刊：
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY
影响因子：
1.7
作者：
Reidys, Christian M.;Wang, Rita R.
通讯作者：
Wang, Rita R.

Statistics of canonical RNA pseudoknot structures

典型RNA假结结构的统计

DOI：
10.1016/j.jtbi.2008.04.002
发表时间：
2008-08-07
期刊：
JOURNAL OF THEORETICAL BIOLOGY
影响因子：
2
作者：
Huang, Fenix W. D.;Reidys, Christian M.
通讯作者：
Reidys, Christian M.

Pseudoknot RNA Structures with Arc-Length >= 4

弧长 >= 4 的假结 RNA 结构

DOI：
10.1089/cmb.2008.0051
发表时间：
2007-08
期刊：
Journal of Computational Biology
影响因子：
1.7
作者：
Han, Hillary S. W.;Reidys, Christian M.
通讯作者：
Reidys, Christian M.

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]

会员权益说明：

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