肠癌肿瘤细胞从原发到转移的单细胞微进化研究

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基本信息

  • 批准号:
    91631111
  • 项目类别:
    重大研究计划
  • 资助金额:
    83.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    H1804.肿瘤遗传与进化
  • 结题年份:
    2019
  • 批准年份:
    2016
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2017-01-01 至2019-12-31

项目摘要

Heterogeneity is an important property of tumor cells. The microevolution process of tumor cells during the period of tumorigenesis, tumor progress, and tumor metastasis plays a key role in understanding this disease. However, currently a detailed study of microevolution of tumor cells at single-cell level is still lacking. In the proposed study, we collect samples from colon cancer patients at primary location, liver metastatic location, metastatic lymph node, and blood stream circulation tumor cells. We use the latest single cell DNA and RNA sequencing technology to sequence a population of cells at each sample. Then, we develop bioinformatics methods to analyze the large data sets and build evolution models to study the molecular microevolution process of colon tumor progress.
异质性是恶性肿瘤的重要特性。深入研究肿瘤细胞的发生、发展、演进以及逃避免疫监视,甚至凭借直接浸润或通过循环系统向远处转移的微进化过程对我们了解这种恶性疾病具有非常重要的意义。然而至今在单细胞层面,这种微进化过程仍然缺乏深入研究。本研究分别对同一病人来源的结肠癌原发灶、肝转移灶、淋巴结转移癌细胞、循环肿瘤细胞进行单细胞分选、捕获,并开展单细胞RNA、DNA二代测序研究。通过生物信息学方法对大规模单细胞测序数据进行分析和进化建模,了解结肠癌发生、演进、和转移过程中的微进化分子机制。以期对肿瘤通过微进化实现治疗抵抗及免疫逃逸的机制进行更深入的剖析。

结项摘要

异质性是恶性肿瘤的重要特性。深入研究肿瘤细胞的发生、发展、演进以及逃避免疫.监视,甚至凭借直接浸润或通过循环系统向远处转移的微进化过程对我们了解这种恶性疾.病具有非常重要的意义。然而至今在单细胞层面,这种微进化过程仍然缺乏深入研究。本.研究分别对同一病人来源的结肠癌原发灶、肝转移灶、淋巴结转移癌细胞、循环肿瘤细胞.进行单细胞分选、捕获,并开展单细胞RNA、DNA二代测序研究。通过生物信息学方法对大.规模单细胞测序数据进行分析和进化建模,了解结肠癌发生、演进、和转移过程中的微进.化分子机制,对肿瘤通过微进化实现治疗抵抗及免疫逃逸的机制进行更深入的剖析。

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Improved Macaca fascicularis gene annotation reveals evolution of gene expression profiles in multiple tissues.
改进的食蟹猴基因注释揭示了多个组织中基因表达谱的进化
  • DOI:
    10.1186/s12864-018-5183-y
  • 发表时间:
    2018-11-01
  • 期刊:
    BMC genomics
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Tan T;Xia L;Tu K;Tang J;Yin S;Dai L;Lei P;Dong B;Hu H;Fan Y;Yu Y;Xie D
  • 通讯作者:
    Xie D
The Open Chromatin Landscape of Non-Small Cell Lung Carcinoma
非小细胞肺癌的开放染色质景观
  • DOI:
    10.1158/0008-5472.can-18-3663
  • 发表时间:
    2019-10-01
  • 期刊:
    CANCER RESEARCH
  • 影响因子:
    11.2
  • 作者:
    Wang, Zhoufeng;Tu, Kailing;Li, Weimin
  • 通讯作者:
    Li, Weimin
5-Hydroxymethylcytosine signatures in cell-free DNA provide information about tumor types and stages.
无细胞 DNA 中的 5-羟甲基胞嘧啶特征提供有关肿瘤类型和阶段的信息
  • DOI:
    10.1038/cr.2017.106
  • 发表时间:
    2017-10
  • 期刊:
    Cell research
  • 影响因子:
    44.1
  • 作者:
    Song CX;Yin S;Ma L;Wheeler A;Chen Y;Zhang Y;Liu B;Xiong J;Zhang W;Hu J;Zhou Z;Dong B;Tian Z;Jeffrey SS;Chua MS;So S;Li W;Wei Y;Diao J;Xie D;Quake SR
  • 通讯作者:
    Quake SR
Longitudinal personal DNA methylome dynamics in a human with a chronic condition.
慢性病患者的纵向个人 DNA 甲基化动态
  • DOI:
    10.1038/s41591-018-0237-x
  • 发表时间:
    2018-12
  • 期刊:
    Nature medicine
  • 影响因子:
    82.9
  • 作者:
    Chen R;Xia L;Tu K;Duan M;Kukurba K;Li-Pook-Than J;Xie D;Snyder M
  • 通讯作者:
    Snyder M

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AI项目解读示例

课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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