菲律宾蛤仔高密度遗传图谱构建及重要经济性状QTL定位

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31302183
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    23.0万
  • 负责人：
    聂鸿涛
  • 依托单位：
    大连海洋大学
  • 学科分类：
    C1902.水产生物遗传育种学
  • 结题年份：
    2016
  • 批准年份：
    2013
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2014-01-01 至2016-12-31

项目摘要

A genetic linkage map is a powerful tool for identifying quantitative trait loci (QTL) and cloning trait related genes. In aquaculture species, mapping of economically important QTLs can lead to genetic improvement through marker-assisted selection. The Manila clam (Ruditapes philippinarum) is a maricultured bivalve species with important commercial value. The shell colour and decorative pattern is heritable to the offsprings, which is closely associated with growth, stress resistance and other economic traits. Due to a small number of microsatellites is currently available, and genetic linkage map has not been constructed in R. philippinarum, now it is impossible to launch the marker-assisted selection program in this species. In this project, we would develop a large amount of microsatellite markers in R. philippinarum, construct genetic linkage map based on microsatellites, and locate shell colour and growth-related QTL. The identification of genetic markers associated with growth-related traits provides the scientific basis for gene discovery, gene regulation and marker-assisted selection. This project would be conducive to whole genome assembly of R. philippinarum, and have great significance for facilitating functional genomics analysis, positional candidate cloning of QTLs and marker-assisted selection.
构建遗传连锁图谱，结合数量性状遗传研究，开展数量性状QTL定位和分子标记辅助选择是水产动物遗传育种研究的一个重要领域。菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum）是我国沿海滩涂养殖的重要经济贝类。其变异丰富的壳色花纹可以遗传给后代，且与生长、抗逆等经济性状密切相关。针对菲律宾蛤仔现有微卫星标记数目较少，遗传图谱尚未构建，难以满足分子标记辅助育种要求等问题。本项目拟开发大量菲律宾蛤仔的微卫星标记，构建菲律宾蛤仔高密度遗传连锁图谱，并对壳色与生长相关性状进行QTL 定位。筛查与生长、壳色相关的遗传标记，为基因发掘、基因调控和分子标记辅助育种提供科学依据。项目研究将有助于菲律宾蛤仔基因组序列的拼接，对促进菲律宾蛤仔功能基因组学、重要经济性状相关基因图位克隆和分子标记辅助选择育种等研究具有重要意义。

结项摘要

菲律宾蛤仔是我国重要的海水养殖贝类。高密度遗传连锁图谱是进行遗传学和基因组学研究的必不可少的工具。随着测序分型技术的发展，高密度遗传图谱的构建能够在基因组资源匮乏的海洋生物中得以实现。在本研究中，我们首次开展了重要经济贝类菲律宾蛤仔的高密度遗传图谱构建和经济性状的QTL定位研究。在雌雄整合图谱中，共9658个标记定位于18个性别平均连锁群，覆盖长度为1926.98 cM。基因高密度遗传图谱，我们定位了10个与壳长、壳宽、壳高和体重等生长性状及壳色的背景色和条纹相关的QTL。我们构建的高密度图谱有效的对分离性状进行了QTL检测，发现了2个QTL位置与最相近的标记一致。在本项目支持下完成的高密度遗传图谱揭示了基因组的基本结构特征，对于进一步开展菲律宾蛤仔和其它双壳贝类的比较基因组研究、基因组拼接组装、遗传性状改良和新品种培育奠定了重要基础。

项目成果

期刊论文数量（10）
专著数量（1）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Construction of a High-Density Genetic Map and Quantitative Trait Locus Mapping in the Manila clam Ruditapes philippinarum.
菲律宾蛤仔高密度遗传图谱构建及数量性状位点定位
  • DOI：
    10.1038/s41598-017-00246-0
  • 发表时间：
    2017-03-22
  • 期刊：
    Scientific reports
  • 影响因子：
    4.6
  • 作者：
    Nie H;Yan X;Huo Z;Jiang L;Chen P;Liu H;Ding J;Yang F
  • 通讯作者：
    Yang F
菲律宾蛤仔人工选育群体与野生群体的遗传多样性分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2016
  • 期刊：
    中国水产科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    李佳;霍忠明;郭炜;闫喜武
  • 通讯作者：
    闫喜武
Isolation and characterization of fourteen polymorphic microsatellite loci in the Manila clam (Ruditapes philippinarum)
马尼拉蛤（Ruditapes philippinarum）中 14 个多态性微卫星位点的分离和表征
  • DOI：
    10.1007/s12686-013-0079-2
  • 发表时间：
    2013-10
  • 期刊：
    Conservation Genetics Resources
  • 影响因子：
    1.1
  • 作者：
    Hu, Guangwei;Yan, Xiwu;Zhu, Depeng;Nie, Hongtao
  • 通讯作者：
    Nie, Hongtao
Molecular cloning and expression analysis of inhibitor of growth protein 3 (ING3) in the Manila clam, Ruditapes philippinarum
菲律宾蛤仔生长蛋白抑制剂 3 (ING3) 的分子克隆及表达分析
  • DOI：
    10.1007/s11033-014-3221-7
  • 发表时间：
    2014-06-01
  • 期刊：
    MOLECULAR BIOLOGY REPORTS
  • 影响因子：
    2.8
  • 作者：
    Hu, Guang-Wei;Yan, Xi-Wu;Nie, Hong-Tao
  • 通讯作者：
    Nie, Hong-Tao
The HSP70 gene expression responses to thermal and salinity stress in wild and cultivated Manila clam Ruditapes philippinarum
野生和栽培菲律宾蛤仔 HSP70 基因表达对热和盐胁迫的响应
  • DOI：
    10.1016/j.aquaculture.2016.12.016
  • 发表时间：
    2017-03
  • 期刊：
    Aquaculture
  • 影响因子：
    4.5
  • 作者：
    Chen Peng;Ding Jianfeng;Yang Feng;Yan Xiwu
  • 通讯作者：
    Yan Xiwu

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--"}}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--" }}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--"}}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

其他文献

皱纹盘鲍微卫星多重PCR体系构建及其在家系鉴定中的应用
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    水产学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    聂鸿涛;李琪;孔令锋
  • 通讯作者：
    孔令锋
菲律宾蛤仔生长性状基因型与环境互作研究
  • DOI：
    10.16535/j.cnki.dlhyxb.2018.02.009
  • 发表时间：
    2018
  • 期刊：
    大连海洋大学学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    段强;田静;曹纬楠;武禹安;李杰;霍忠明;聂鸿涛;闫喜武
  • 通讯作者：
    闫喜武
魁蚶雌核发育的人工诱导
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
    海洋科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    杨青;李琪;聂鸿涛;郑小东;于瑞海
  • 通讯作者：
    于瑞海

其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--" }}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--"}}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--" }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}
empty
内容获取失败，请点击重试
重试联系客服
title开始分析
查看分析示例
此项目为已结题，我已根据课题信息分析并撰写以下内容，帮您拓宽课题思路：

AI项目思路

AI技术路线图

相似国自然基金

{{ item.name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 批准年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}

相似海外基金

{{ item.name }}
{{ item.translate_name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 财政年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}
{{ showInfoDetail.title }}

作者：{{ showInfoDetail.author }}

知道了

AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
关闭
close
客服二维码