细菌性脑膜炎脑脊液致病菌基因组高通量测序和变异分析

结题报告

项目介绍

AI项目解读

基本信息

批准号：
81160151
项目类别：
地区科学基金项目
资助金额：
50.0万
负责人：
王振海
依托单位：
宁夏医科大学
学科分类：
H0909.神经系统炎症、感染及相关疾病
结题年份：
2015
批准年份：
2011
项目状态：
已结题
起止时间：
2012-01-01 至2015-12-31

项目参与者：
范学文；焦睿；杨笑；吴若芬；赵莉；杨娟；胡坤；侯晓霖；梁志娟；
关键词：
基因组高通量测序细菌性脑膜炎脑脊液耐药基因。致病菌

项目摘要

近年来全球滥用抗生素现象严重，泛耐药菌相继产生，已危及人类的生命健康。探讨和控制耐药菌的产生和合理使用抗生素已是我国卫生部、各级医院、临床医生关注的热点。急性细菌性脑膜炎（ABM）仍是严重感染性疾病之一，致病菌的种类和耐药性也随着发生变异。由于脑脊液细菌培养耗时长、阳性率低，严重滞后临床，大多数医生依赖经验性治疗，易造成抗生素选择不当和细菌变异，是神经科医生急需解决的迫切问题。本课题拟收集30-50例ABM患者CSF，扩增细菌16S rDNA序列进行宏基因组高通量测序及细菌培养和药敏试验，筛选多重耐药菌株，构建基因文库，结合野生菌株进行全基因组鸟枪法测序，探讨菌群的物种分类、丰度、系统进化、功能注释，寻找致病菌基因突变频率的位点和差异，制备生物芯片，筛选耐药基因，为临床诊断和鉴别脑膜炎类型、合理使用抗生素提供依据，为中枢神经系统乃至其它系统致病菌诊断和治疗及预防泛耐药菌的产生提供新的措施。

结项摘要

急性细菌性脑膜炎（ABM）仍是严重感染性疾病之一，致病菌的种类和耐药性也随着发生变异。但由于耗时长、阳性率低，严重制约了临床诊断和治疗，为此针对引起中枢神经系统感染常见的致病菌的脑脊液诊断开展了一系列的基础和临床应用研究。研究结果：(1)本课题收集61例ABM 患者CSF，扩增细菌16S rDNA 序列进行CSF样本分别进行细菌培养和DNA提取、PCR扩增，有26例样本在550bp处扩增出特异性的DNA产物，而细菌培养阳性的样本仅为10例，通过对菌群的物种分类、丰度、系统进化、功能注释分析表明，16S rDNA测序技术其特异性和灵敏性均优于细菌培养，并且其耗时仅为几小时。首次在国际权威杂志报道了中国宁夏化脓性脑膜炎脑脊液致病菌的种类为以厚壁菌门和变形杆菌门为主，以属为分类标准，优势菌属主要依次为链球菌属、鲍曼不动杆菌、假单胞菌和奈瑟菌属等，为临床诊断脑膜炎类型、鉴别病原体类型以及药物选择具有重要的参考价值，该研究至今在国内外未见相关文献报道。⑵总结宁夏地区化脓性脑膜炎致病菌谱特点，在国内率先开发六种常见细菌（Nm、Sp、Hi、SA、Se、E.coli、CN-S）基因芯片，设计了四种质控探针，确保了芯片的质量。经过临床验证，该检测技术特异性强、检测需要标本量少，适用于脑脊液的临床检测，是早期快速诊断化脑的可靠方法，具有较大的临床应用价值。