高性能并行计算环境下膜蛋白分类模型设计与web服务构建

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    60773021
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    28.0万
  • 负责人：
    王正华
  • 依托单位：
    中国人民解放军国防科技大学
  • 学科分类：
    F0204.计算机系统结构与硬件技术
  • 结题年份：
    2010
  • 批准年份：
    2007
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2008-01-01 至2010-12-31

项目摘要

膜蛋白分类问题作为蛋白质组学研究的一个分支，近年来受到研究者们越来越多的关注。该问题是全面掌握膜蛋白结构与功能的前提和基础，在分子生物学、细胞生物学、药理学和医学中扮演着非常重要的角色。本项目利用生物信息学的手段与工具，针对膜蛋白这一特殊的研究对象，研究膜蛋白分类问题中的特征提取算法，并在此基础上，建立大规模高通量的膜蛋白分类平台，发展相关的并行模型与并行算法。重点研究：（1）膜蛋白分类问题中的特征提取算法，（2）新型而高效的膜蛋白分类模型，（3）在高性能并行计算环境下实现膜蛋白分类的并行算法，（4）建立针对膜蛋白分类的大规模、高通量分类平台与环境。项目完成后，可望发展一套膜蛋白分类的特征提取算法与分类模型，并在高性能并行计算环境平台下实现提供分类服务的web服务器。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（14）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（18）
专利数量（0）
基于Trace的并行性能模拟任务映射方法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    计算机工程
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    方建滨;翁玉芬;车永刚;王正华;徐传福
  • 通讯作者：
    徐传福
MetaGen: A Promising Tool for Modeling Metabolic Networks from KEGG
MetaGen：KEGG 的代谢网络建模有前景的工具
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Progress in Biochemistry and Biophysics
  • 影响因子：
    0.3
  • 作者：
    Chan, C.;He, F.;Zhu, Y.;Wang, Z.;Yung, K.;Zhou, T.
  • 通讯作者：
    Zhou, T.
Scheduling optimization in coupling independent services as a Grid transaction
将独立服务耦合为网格事务的调度优化
  • DOI：
    10.1016/j.jpdc.2008.01.004
  • 发表时间：
    2008-06
  • 期刊：
    Journal of Parallel and Distributed Computing
  • 影响因子：
    3.8
  • 作者：
    Yang, Haitao;Wang, Zhenghua;Deng, Qinghua
  • 通讯作者：
    Deng, Qinghua
蛋白质相互作用网络的几种聚类方法综述
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    国防科技大学学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    董蕴源;王正华;王勇献
  • 通讯作者：
    王勇献
代谢网络结构特征的生物信息学研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    国防科技大学学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王正华;周婷婷
  • 通讯作者：
    周婷婷

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其他文献

多面体表示技术及在程序性能优化中的应用
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    计算机工程与科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王正华;陆平静;车永刚;束尧
  • 通讯作者：
    束尧
一种预测细胞凋亡蛋白的亚细胞定位的新方法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    激光生物学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    张振慧;王勇献;王正华
  • 通讯作者：
    王正华
大规模代谢网络分解的生物信息学研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    国防科技大学学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王正华;周婷婷
  • 通讯作者：
    周婷婷
基于数据挖掘的自适应入侵检测框
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    计算机工程与应用，2006 Vol.42 No.14 P.152-154
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    刘永健;徐昕;王正华;薛倡新
  • 通讯作者：
    薛倡新
天河超级计算机上超大规模高精度计算流体力学并行计算研究进展
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2020
  • 期刊：
    计算机工程与科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    徐传福;车永刚;李大力;王勇献;王正华
  • 通讯作者：
    王正华

其他文献

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王正华的其他基金

异构众核平台CFD高效预条件JFNK并行求解算法及应用
  • 批准号：
    61772542
  • 批准年份：
    2017
  • 资助金额：
    66.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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