Y染色体全测序挖掘西北人群特异性遗传标记

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31760309
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
  • 资助金额:
    38.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0605.遗传与进化
  • 结题年份:
    2021
  • 批准年份:
    2017
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2018-01-01 至2021-12-31

项目摘要

Using genetic data to make the bio-geographic ancestry inference is a hot topic inpopulation genetics, molecular anthropology and forensic science. However,scientists have employed various methods in an effort to achieve this goal but with limited success. With the recent advances in next-generation sequencing technologies, we have chance to infer individual‘s ethnic/geographic information by Y chromosome fine resolution genetic makers. Here, we will do 27 Y-STRs and about 100 Y-SNPs genotyping on >2000 present samples in various populations from.Northwest China. After network analysis, about 300 samples will be whole Y chromosome sequencing to discover the unique ethnic-related genetic markers. By comparing the results from tested populations with those from the neighboring ethnic groups, we will finally acquire a set of Y-SNPs multiple panels with forensic value. Furthermore, our project is very helpful for improving north-west forensic institute’s standards, and also has a positive effect at combating crime and deterring adverse forces.
利用遗传信息推测个体祖先地理来源信息一直以来都是分子人类学和法医学人类学的热点话题。研究者们做出了各种努力但收效甚微。近年来,随着高通量测序技术的发展和应用,利用Y染色体高密度遗传标记体系推测个体的民族/地理来源信息成为可能。本项目拟对西北地区不同代表性人群进行27位点Y-STR和100位点Y-SNP分型,经过网络结构分析,我们将挑选约300个样本进行Y染色体全测序,进而发现西北人群特异性的遗传标记。通过西北人群和周边人群的测试结果,我们最终可以得到一组具有实用价值的法医Y-SNPs组合检验版,可将目前法医DNA 研究从较为基础的STR 个体认定功能上升到利用DNA 信息实现个体时空精确定位,主动追踪检材线索(如民族、姓氏、地理来源等)的新阶段,为西北多民族混合地区疑难案件的侦破提供新的思路和方法。

结项摘要

Y染色体非重组区段秉承严格的父系单倍体遗传特性,已有研究显示Y染色体单倍群具有显著的地理分布特异性,在分子人类学研究和法医学应用中可以追寻祖先起源、迁徙历史,提供法医物证的地理来源推断。然而,目前Y染色体谱系树多以欧美人群为基础而建立,涉及东亚特别是中国西北人群单倍群下游支系位点数量少,严重限制了东亚和西北人群分子人类学研究和法医学应用的深度和精度。本项目对西北人群125个个体进行Y染色体全测序,参考最新ISOGG谱系树,发掘地区人群特异性单倍群位点780多个,弥补了东亚,特别是中国西北人群现有谱系树下游位点不足的缺陷,发现了近期人群支系扩张信号。结合法医学Y-STR分析,在西北人群中发现了近期扩展Y-STR单倍型“簇”,与特定单倍群支系发生联系,提供人群近期起源线索,也可为法医学未知单倍型单倍群归属确定提供依据。在西北鲁土司家族起源研究中,通过Y-SNP单倍群分析方法对法医学常用Y-STR单倍型方法起到纠正作用,可以确定的否定历史记载的鲁、脱、火三姓起源于初代土司的结论,并通过共享单倍型确定了鲁土司与哈萨克斯坦术赤家系的父系联系,为法医学家系排除和精确认定提供了理论和范例。本研究发现的Y染色体单倍群新位点极大的丰富了东亚以及西北人群下游单倍群支系,为分子人类学研究和法医学应用提供了一把高精度的“尺子”。

项目成果

期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Paternal heritage of the Han Chinese in Henan province (Central China): high diversity and evidence of in situ Neolithic expansions
河南省(中国中部)汉族的父系遗产:高度多样性和新石器时代原地扩张的证据
  • DOI:
    10.1080/03014460.2020.1748226
  • 发表时间:
    2020-04-07
  • 期刊:
    ANNALS OF HUMAN BIOLOGY
  • 影响因子:
    1.7
  • 作者:
    Lu, Qi;Cheng, Hui-Zhen;Wei, Lan-Hai
  • 通讯作者:
    Wei, Lan-Hai
Y-chromosome evidence confirmed the Kerei-Abakh origin of Aksay Kazakhs
Y染色体证据证实阿克赛哈萨克人的克雷阿巴赫起源
  • DOI:
    10.1038/s10038-020-0759-1
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
    Journal of Human Genetics
  • 影响因子:
    3.5
  • 作者:
    Wen Shao-Qing;Sun Chang;Song Dan-Lu;Huang Yun-Zhi;Tong Xin-Zhu;Meng Hai-Liang;Yao Hong-Bing;Du Pan-Xin;Wei Lan-hai;Wang Ling-Xiang;Wang Chuan-Chao;Shi Mei-Sen;Lan Yong-Mei;Wang Jiu-Cun;Jin Li;Zhabagin Maxat;Xie Xiao-Dong;Li Hui
  • 通讯作者:
    Li Hui
Molecular genealogy of Tusi Lu's family reveals their paternal relationship with Jochi, Genghis Khan's eldest son
鲁土司家族的分子谱系揭示了他们与成吉思汗长子术赤的父系关系
  • DOI:
    10.1038/s10038-019-0618-0
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
    Journal of Human Genetics
  • 影响因子:
    3.5
  • 作者:
    Wen Shao Qing;Yao Hong Bing;Du Pan Xin;Wei Lan Hai;Tong Xin Zhu;Wang Ling Xiang;Wang Chuan Chao;Zhou Bo Yan;Shi Mei Sen;Zhabagin Maxat;Wang Jiucun;Xu Dan;Jin Li;Li Hui
  • 通讯作者:
    Li Hui
New insights into the fine‐scale history of western–eastern admixture of the northwestern Chinese population in the Hexi Corridor via genome‐wide genetic legacy
通过全基因组遗传遗产,对河西走廊中国西北人口的东西方混合的精细历史有了新的认识
  • DOI:
    10.1007/s00438-021-01767-0
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Molecular Genetics and Genomics
  • 影响因子:
    3.1
  • 作者:
    Hongbin Yao;Mengge Wang;Xing Zou;Yingxiang Li;Xiaomin Yang;Ailin Li;Hui‐Yuan Yeh;Peixin Wang;Zheng Wang;Jingya Bai;Jianxin Guo;Jinwen Chen;Xiao Ding;an Zhang;Baoquan Lin;Chuan‐Chao Wang;Guanglin He
  • 通讯作者:
    Guanglin He

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    2018
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  • 作者:
    董振强;杜钦青;郑豪;姚宏兵;张晟;吕亮;何明平
  • 通讯作者:
    何明平
线粒体DNA单倍型在回族等群体识别中的法医学应用研究
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  • 作者:
    杨鑫;贾宗平;姚宏兵;骆继怀
  • 通讯作者:
    骆继怀

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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