等位基因不平衡表达及表观遗传学因素对药物代谢相关基因表达的调控

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    30900828
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    20.0万
  • 负责人：
    施锦绣
  • 依托单位：
    上海市生物医药技术研究院
  • 学科分类：
    C0602.基因表达及非编码序列调控
  • 结题年份：
    2012
  • 批准年份：
    2009
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2010-01-01 至2012-12-31

项目摘要

传统的对药物效应相关基因的研究，主要是寻找基因序列的多态性对基因表达和编码酶活性的影响。但是当基因编码区和调控区的多态数量很少，频率很低时，则无法通过序列的多态性来解释基因在人群中表达量和编码酶活性的相当大差异。因而，本课题拟在中国汉族人群中，从等位基因不平衡表达这一独特的视角切入，来研究药物代谢相关基因CYP1A2和CYP3A4的表达调控。我们计划首先在中国人群肝脏样本中测定这两个基因的表达差异；其次寻找适合的标记SNP，检测这两个基因的等位基因不平衡表达现象，并分析其与基因表达个体差异的相关性；最后探讨表观遗传学因素（甲基化）和顺式作用元件对基因表达个体差异和/或等位基因不平衡表达的影响。该研究一方面具有重要的理论意义，可以增加对药物代谢相关基因表达调控的认知，推动药物基因组学的发展；另一方面可以为指导临床合理用药，减少不良药物反应的发生，实现中国人的个体化医疗提供科学依据。

结项摘要

传统的对药物效应相关基因的研究，主要是寻找基因序列的多态性对基因表达和编码酶活性的影响。但是当基因编码区和调控区的多态数量很少，频率很低时，则无法通过序列的多态性来解释基因在人群中表达量和编码酶活性的相当大差异。因而，本课题在中国汉族人群中，从等位基因不平衡表达这一独特的视角切入，来研究药物代谢相关基因CYP1A2 和CYP3A4 的表达调控。通过本课题，我们建立了中国人正常肝脏组织的DNA和RNA样本库；初步积累形成中国人群CYP1A2和CYP3A4基因的表达水平及等位基因不平衡表达比值数据库；并研究发现肝脏 CYP1A2 mRNA总量与等位基因表达比值相关，当等位基因表达比值越大，CYP1A2 mRNA总量越高；以及表观遗传因素（甲基化）对CYP3A4基因表达的调控。利用本课题所建立的技术路线，开展其他重要基因的研究，如药物代谢相关基因ABCB1等。在ITGA2基因中，利用等位基因不平衡表达现象，检测基因区域47个位点基因型与等位基因不平衡表达的表型相关性，发现三个影响ITGA2表达的功能候选位点rs11739193, rs246409 和rs152088。完成ABCB1基因mRNA 表达数量性状位点的全基因范围分析，发现位点rs28373093，rs1002205，rs1029421，rs2285647和rs10235835与ABCB1基因表达量相关，或可成为新的药物反应监测靶点。该项研究为将来的药物开发、药物基因组学研究和个体化治疗提供宝贵的数据资料，并且发现若干候选功能位点，更重要的是，这项研究开辟一条崭新的功能性单核苷酸多态位点研究的技术路线。该研究一方面具有重要的理论意义，可以增加对药物代谢相关基因表达调控的认知，推动药物基因组学的发展；另一方面可以为指导临床合理用药，减少不良药物反应的发生，实现中国人的个体化医疗提供科学依据。

项目成果

期刊论文数量（2）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Gene-Wide Characterization of Common Quantitative Trait Loci for ABCB1 mRNA Expression in Normal Liver Tissues in the Chinese Population
中国人群正常肝组织 ABCB1 mRNA 表达常见数量性状位点的全基因特征
  • DOI：
    10.1371/journal.pone.0046295
  • 发表时间：
    2012-09-26
  • 期刊：
    PLOS ONE
  • 影响因子：
    3.7
  • 作者：
    Shou, Weihua;Wang, Dazhi;Huang, Wei
  • 通讯作者：
    Huang, Wei
Establishment of rapid and specific real-time PCR assays for the detection of hepatitis B viral genotype in tibet
西藏乙型肝炎病毒基因型快速特异性实时PCR检测方法的建立
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Virological Methods
  • 影响因子：
    3.1
  • 作者：
    Shi, Jinxiu;Basangzhuoma;Xing, Zhigang;Yangla;Cui, Chaoying
  • 通讯作者：
    Cui, Chaoying

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其他文献

囊型包虫病患者包囊钙化相关基因研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2016
  • 期刊：
    中华预防医学杂志
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    尹媛婕;张强;扬银学;杨书鲲;王海丰;施锦绣;王志敏;杨延辉;林源;李昭宇;杨玉荣
  • 通讯作者：
    杨玉荣

其他文献

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相似海外基金

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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