新生肽链伴同翻译折叠过程的动态蒙特卡罗模拟研究

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    20804023
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    18.0万
  • 负责人：
    陈彦涛
  • 依托单位：
    深圳大学
  • 学科分类：
    B0406.生命与公共安全分析
  • 结题年份：
    2011
  • 批准年份：
    2008
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2009-01-01 至2011-12-31

项目摘要

作为联系遗传信息与生物功能的桥梁，蛋白质折叠一直是科学界的研究热点和难点之一。与完整多肽链的体外再折叠过程不同，新生肽链很可能在尚未完全合成之前即已开始折叠，是一个边合成、边折叠的伴同翻译折叠过程。目前的实验工作集中于获取核糖体上新生肽链的静态折叠状态或三维结构，尚未涉及伴同翻译折叠过程中链构象的动态调整过程；而已有的模拟工作大多采用高度粗粒化的格子模型，难以形成精细的二级结构，无法对动态过程进行更深入的研究。申请人拟通过构建含有明确二级结构（α-螺旋）和三级结构，且二级结构片断不能稳定独立存在的模型蛋白，借助于中等粗粒化程度的四单元非格子模型以及动态蒙特卡罗模拟方法，模拟新生肽链的伴同翻译折叠过程；并引入分子伴侣，考察其对新生肽链折叠构象的稳定功能，以求在新生肽链伴同翻译折叠的动态调整过程、对分子伴侣的依赖性关系以及与体外再折叠的异同等方面获得初步认识，并为后续实验探索提供参考和指导。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（7）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（1）
专利数量（0）
RANK-ORDERING THE BINDING AFFINITY FOR FKBP12 AND H1N1 NEURAMINIDASE INHIBITORS IN THE COMBINATION OF A PROTEIN MODEL WITH DENSITY FUNCTIONAL THEORY
结合蛋白质模型与密度泛函理论对 FKBP12 和 H1N1 神经氨酸酶抑制剂的结合亲和力进行排序
  • DOI：
    10.1142/s0219633611006633
  • 发表时间：
    2011-08
  • 期刊：
    Journal of Theoretical & Computational Chemistry
  • 影响因子：
    2.4
  • 作者：
    Zhang, Qianling;Chen, Yi;Wang, Mingliang;He, Gang;Chen, Yantao;Shi, Juying;Liu, Jianhong
  • 通讯作者：
    Liu, Jianhong
Construction of an implicit membrane environment for the lattice Monte Carlo simulation of transmembrane protein.
跨膜蛋白晶格蒙特卡罗模拟隐式膜环境的构建
  • DOI：
    10.1016/j.bpc.2009.12.008
  • 发表时间：
    2010-03
  • 期刊：
    Biophysical chemistry
  • 影响因子：
    3.8
  • 作者：
    Chen Y;Wang M;Zhang Q;Liu J
  • 通讯作者：
    Liu J
Absorption and engulfing transitions in nanoparticle infiltration into a polymer brush: A monte carlo simulation
纳米粒子渗透到聚合物刷中的吸收和吞没转变：蒙特卡洛模拟
  • DOI：
    10.1002/polb.22369
  • 发表时间：
    2012-01-01
  • 期刊：
    JOURNAL OF POLYMER SCIENCE PART B-POLYMER PHYSICS
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Chen, Yantao;Chen, Jeff Z. Y.
  • 通讯作者：
    Chen, Jeff Z. Y.
Roles of non-native hydrogen-bonding interaction in helix-coil transition of a single polypeptide as revealed by comparison between Go-like and non-Go models
通过比较 Go-like 和 non-Go 模型揭示非天然氢键相互作用在单个多肽螺旋-螺旋转变中的作用
  • DOI：
    10.1002/prot.22724
  • 发表时间：
    2010-07-01
  • 期刊：
    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
  • 影响因子：
    2.9
  • 作者：
    Chen, Yantao;Ding, Jiandong
  • 通讯作者：
    Ding, Jiandong
高分子链坍塌转变动力学过程的动态蒙特卡罗模拟
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    高分子学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    陈彦涛;丁建东
  • 通讯作者：
    丁建东

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蛋白质-聚多肽偶联物的构象分布及其构效关系的多尺度分子模拟
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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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