肝脏炎癌恶性转化关键节点的动态网络标志物模型及临床应用研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    91529303
  • 项目类别:
    重大研究计划
  • 资助金额:
    250.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    F0302.控制系统与应用
  • 结题年份:
    2018
  • 批准年份:
    2015
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2016-01-01 至2018-12-31

项目摘要

It is a nonlinear and dynamical process from hepatitis to liver cancer involving a malignant transformation at a network level. This project aims to develop a mathematical model to analyze such a malignant transformation from hepatitis to liver cancer based on both theoretical analysis and clinical data, and further establish a method for early prediction of liver cancer. Specifically, (a) derive gene regulatory networks of hepatitis to liver cancer by integrating multi-level omics data; (b) identify dynamical network biomarkers to characterize the critical transition from inflammation to cancer, based on the observed data and on various conditions; (3) develop a prediction model to identify the early signal of the critical transition of the inflammation to liver cancer, and further validate the theoretical results with clinic data or animal models.
我国肝癌的发病常伴有“肝炎-肝硬化-肝癌”的慢性非可控性迁延不愈过程,患者出现临床症状时多已处于肝癌中晚期,错过了治疗的最佳时间。因此提高肝癌的早期诊断水平、寻找肝癌早期干预方案已经成为一个迫在眉睫的关键科学问题。本项目将由动力系统理论和生物实验相结合的系统生物学研究模式,以病理学明确的肝癌早期病变组织(高度不典型性增生结节)和慢性肝炎高危队列为主要切入点,建立肝炎向肝癌转化过程中临床样本的多层次组学大数据(如基因组、转录组等)整合模型,从系统的视角,研究非可控肝癌恶性转化过程中的调控网络,揭示恶性转化过程中活性调控网络的动态变化及疾病的分子机制,确定表征疾病进程的组织学和血清学动态网络标记物(DNB),识别肝炎恶性转化过程的关键节点和关键网络,建立癌症前兆的“前疾病状态”预测和诊断方法,并由临床样本或生物实验验证基于DNB的理论预测结果。

结项摘要

该项目由动力系统理论和生物实验相结合的系统生物学研究模式,建立肝炎向肝癌转化过程中临床样本的多层次组学大数据整合模型,研究非可控肝癌恶性转化过程中的调控网络,揭示恶性转化过程中活性调控网络的动态变化及疾病的分子机制,确定表征疾病进程(或诊断疾病)的网络标记物(network biomarker)及预测疾病的动态网络标记物(DNB: dynamic network biomarker),识别肝炎恶性转化过程的关键节点和关键网络,建立癌症前兆的预测和诊断方法。特别是,与现行的分子标志物不同,我们建立了(a)疾病诊断的网络标志物及(b)疾病预测的动态网络标记物的理论和方法,实现了由网络诊断疾病,由网络预测疾病。

项目成果

期刊论文数量(47)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Molecular dynamics simulation reveals how phosphorylation of tyrosine 26 of phosphoglycerate mutase 1 upregulates glycolysis and promotes tumor growth
分子动力学模拟揭示磷酸甘油酸变位酶 1 酪氨酸 26 的磷酸化如何上调糖酵解并促进肿瘤生长
  • DOI:
    10.1002/lpor.201500090
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
    Oncotarget
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Wang Yan;Cai Wen-Sheng;Chen Luonan;Wang Guanyu
  • 通讯作者:
    Wang Guanyu
Inference of Gene Regulatory Network Based on Local Bayesian Networks
基于局部贝叶斯网络的基因调控网络推理
  • DOI:
    10.1371/journal.pcbi.1005024
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
    Plos Computational Biology
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Liu Fei;Zhang Shao-Wu;Guo Wei-Feng;Wei Ze-Gang;Chen Luonan
  • 通讯作者:
    Chen Luonan
Part mutual information for quantifying direct associations in networks
用于量化网络中直接关联的部分互信息
  • DOI:
    10.1073/pnas.1522586113
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
  • 影响因子:
    11.1
  • 作者:
    Zhao Juan;Zhou Yiwei;Zhang Xiujun;Chen Luonan
  • 通讯作者:
    Chen Luonan
Interferon-microRNA signalling drives liver precancerous lesion formation and hepatocarcinogenesis
干扰素-microRNA信号传导驱动肝脏癌前病变形成和肝癌发生
  • DOI:
    10.1136/gutjnl-2015-310318
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
    Gut
  • 影响因子:
    24.5
  • 作者:
    Yang Yingcheng;Lin Ximeng;Lu Xinyuan;Luo Guijuan;Zeng Tao;Tang Jing;Jiang Feng;Li Liang;Cui Xiuliang;Huang Wentao;Hou Guojun;Chen Xin;Ouyang Qing;Tang Shanhua;Sun Huanlin;Chen Luonan;Gonzalez Frank J.;Wu Mengchao;Cong Wenming;Chen Lei;Wang Hongyang
  • 通讯作者:
    Wang Hongyang
Single cell clustering based on cell-pair differentiability correlation and variance analysis
基于细胞对可微相关性和方差分析的单细胞聚类
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Bioinformatics
  • 影响因子:
    5.8
  • 作者:
    Hao Jiang;Lydia L. Sohn;Haiyan Huang;Luonan Chen
  • 通讯作者:
    Luonan Chen

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其他文献

Detecting the critical states during disease development based on temporal network flow entropy.
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  • 期刊:
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  • 影响因子:
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  • 作者:
    Peiluan Li;陈洛南
  • 通讯作者:
    陈洛南

其他文献

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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