类别驱动的RNA二级结构预测方法研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    60671011
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    26.0万
  • 负责人：
    张岩
  • 依托单位：
    哈尔滨工业大学
  • 学科分类：
    F0124.生物电子学与生物信息处理
  • 结题年份：
    2009
  • 批准年份：
    2006
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2007-01-01 至2009-12-31

项目摘要

生物学研究已经证实某些RNA二级结构具有规律性典型结构，而目前的RNA二级结构预测方法将所有RNA统一处理。为此，本项目将RNA中具有典型二级结构和其它无明显特征的二级结构相区别，提出基于类别驱动的RNA二级结构预测方法。该方法优先预测某些RNA的典型二级结构，然后预测其剩余部分或其它类别RNA的二级结构。为了模拟RNA分子的实际折叠过程，降低算法复杂度，分别提出基于集合和置换个体表示的两种遗传算法的预测方法，并研究与生物学背景知识相一致的遗传操作算子。在此基础上，设计合理的类别驱动RNA二级结构预测软件系统，以避免目前其它方法的预测结果缺乏领域知识指导的缺点。因而，本项目研究在信息科学与生命科学相结合方面具有特色，有一定的理论价值和较大的应用前景。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（10）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（6）
专利数量（0）
Evolutionary tree reconstruction using structural expectation maximization and homotopy
使用结构期望最大化和同伦的进化树重建
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Genetics and Molecular Research
  • 影响因子：
    0.4
  • 作者：
    Jianfu Li
  • 通讯作者：
    Jianfu Li
基于茎区的自由能算法预测 RNA 二级结构
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    微计算机信息
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    夏培明;张岩
  • 通讯作者：
    张岩
参数序列比对算法研究(英文)
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    生物信息学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    张涛涛
  • 通讯作者：
    张涛涛
蛋白质相互作用及其网络预测方法研究进展
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    电子学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    于建涛
  • 通讯作者：
    于建涛
Predicting RNA secondary structure based on the class information and Hopfield network
基于类别信息和Hopfield网络预测RNA二级结构
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Computers in Biology and Medicine
  • 影响因子：
    7.7
  • 作者：
    Zou; Quan
  • 通讯作者：
    Quan

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  • 通讯作者：
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  • 作者：
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  • 通讯作者：
    张岩
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  • DOI：
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  • 发表时间：
    2019
  • 期刊：
    中国骨质疏松杂志
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    赫明超;张勇;连音;王拥军;张岩
  • 通讯作者：
    张岩

其他文献

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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