生物大分子受体与小分子配体的分子对接模型的研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    11147175
  • 项目类别：
    专项基金项目
  • 资助金额：
    5.0万
  • 负责人：
    胡建平
  • 依托单位：
    乐山师范学院
  • 学科分类：
    A25.基础物理
  • 结题年份：
    2012
  • 批准年份：
    2011
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2012-01-01 至2012-12-31

项目摘要

生物大分子受体与小分子配体的相互作用对细胞生物学机理研究，计算机辅助药物设计和复合物结构预测都具有重要的意义。本项目旨在通过生物大分子受体与小分子配体间分子对接模型的研究，探索受体-配体间较为复杂的识别机制。针对分子对接方法的三个难点：分子柔性、打分函数和溶剂化效应展开研究。用分子动力学模拟方法和密度泛函理论获得受体与配体的全柔性对接前代表性构象，还提供了受体粗粒化采样方案以加快计算速度；设计适合于生物大分子受体与小分子配体分子对接的精确自由能打分函数，有效筛选近天然对接复合体构象；对接复合体长时间的分子动力学模拟进一步考虑体系柔性，分析受体表面稳定存在的溶剂，探讨溶剂介导的受体-配体识别机制。通过开展小牛胸腺DNA与大环多胺类化合物以及HIV-1 整合酶与芳香二酮酸类抑制剂之间的相互作用实验研究来验证计算模型的可靠性。分子对接结果为这两个具有实际应用价值的实验研究提供相关的相互作用模型。

结项摘要

生物大分子受体与小分子配体的相互作用对药物设计和复合物结构预测以及分子生物学机理研究具有重要的科学意义。本项目旨在通过生物大分子受体与小分子配体间分子对接模型的研究，探索受体-配体间较为复杂的识别机制。针对分子对接方法的三个难点，即分子柔性、打分函数和溶剂化效应展开研究。用分子动力学模拟方法获得受体与配体的全柔性对接前代表性构象，还提供了受体粗粒化采样方案以加快计算速度；设计适合于生物大分子受体与小分子配体分子对接的精确自由能打分函数，有效筛选近天然对接复合体构象；通过对接复合体长时间的分子动力学模拟，进一步考虑体系柔性，分析受体表面稳定存在的溶剂，探讨溶剂介导的受体-配体识别机制。通过和整合酶与其抑制剂相互作用的实验研究对比，来验证理论模型的可靠性。分子对接结果将为具有实际应用价值的实验研究提供相关的相互作用模型。在该基金的支持下，正式发表论文2篇，其中SCI收录1篇，另有2篇SCI刊源论文已经录用。本工作还有多篇文章和1项软件著作权在审。

项目成果

期刊论文数量（1）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
谷氨酰胺结合蛋白结合底物前后的运动差异性研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    乐山师范学院学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    胡建平;王延云;毛丹
  • 通讯作者：
    毛丹

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  • 作者：
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其他文献

基于分步编码改进遗传算法的铁路智能选线
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    西南交通大学学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    李伟;蒲浩;赵海峰;胡建平;孟存喜
  • 通讯作者：
    孟存喜
HIV-1整合酶核心区野生型和F185K突变型活性和溶解性的比较及分子动力学模拟分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    生物化学与生物物理进展
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王存新;何红秋;胡建平;陈慰祖;刘斌
  • 通讯作者：
    刘斌
基于加权模板转换的复杂山区铁路站址寻优
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2017
  • 期刊：
    西南交通大学学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    蒲浩;张洪;李伟;胡建平;胡光常
  • 通讯作者：
    胡光常
HIV-1整合酶核心区的同源模建及优化研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2015
  • 期刊：
    湖北农业科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    刘嵬;何红秋;苟小军;胡建平
  • 通讯作者：
    胡建平
基于三维激光扫描技术的高边坡扩挖变形监测
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2018
  • 期刊：
    公路
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    李关琪;徐帅;胡建平;楼俊丰;赵宇;吕庆
  • 通讯作者：
    吕庆

其他文献

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胡建平的其他基金

PFV整合酶受体与配体识别的计算模型研究
  • 批准号：
    11247018
  • 批准年份：
    2012
  • 资助金额：
    20.0 万元
  • 项目类别：
    专项基金项目

相似国自然基金

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  • 批准年份：
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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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