海拔对青藏高原沙蜥表型、蛋白进化及物种形成的影响

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31372183
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    80.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0402.动物系统与分类
  • 结题年份:
    2017
  • 批准年份:
    2013
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2014-01-01 至2017-12-31
  • 项目参与者:
    罗媛媛; 余晓霞; 徐晓晖; 廖平虎; 熊小霞; 胡嘉磊; 翁晨晨;
  • 关键词:

项目摘要

The Qinghai-Xizang Plateau is the world's youngest and highest plateau with an average elevation of 4500 meters and a total area of 2500000 square kilometers, and has become an important research area in evolutionary biology because of its unique natural geographical and historical features. Endemic Phrynocephalus viviparous lizards are good model organisms for evolutionary analyses due to the fact that they are widely distributed across the plateau, with six species that span an elevational range of 2500 meters. In this study, Phrynocephalus lizards in the plateau will be selected to explore the effects of elevational gradients on evolution of phenotype and proteins using the macro and micro biology research methods. Phylogenetic relationships within- and among these species will be reconstructed using molecular markers originating from mitochondrial DNA and nuclear transcripted cDNA sequences. Moreover, the mechanism of species divergence along elevational gradients will be investigated using a combination of phylogenetic and phylogeographic analytic methods. The successful execution of this study will not only have theoretical significance in animal evolutionary biology, but also be of important reference value for geography. It will help to further clarify whether animal evolution on the Tibetan Plateau since the late tertiary is correlated with environmental changes.
青藏高原是地球上最年轻和最高的高原,平均海拔4500米,总面积250万平方千米,以其特有的自然地理历史环境成为进化生物学研究的一个重要区域。卵胎生沙蜥在高原上分布广泛,有6个种,都是高原特有种,分布区海拔跨度达2500米, 是研究进化生物学的好材料。我们以青藏高原的沙蜥为研究对象,以宏观和微观研究的方法和手段研究青藏高原海拔梯度对沙蜥表型和蛋白进化的作用,通过线粒体基因组和核基因转录组蛋白分析,建立物种系统发生谱系,借助系统发生理论和系统地理学原理,阐明沿海拔梯度沙蜥的物种形成机制。本项研究不仅在动物进化生物学领域具有理论意义,而且在地学领域有重要参考价值;有助于进一步阐明第三纪晚期以来青藏高原环境演变的进化生物学的意义。

结项摘要

从种内与种间水平,应用表型、分子遗传标记、线粒体基因组与转录组,我们对沙蜥沿海拔梯度的表型、蛋白进化与物种形成开展研究,取得了一些研究成果。(1)以海拔4200米为分界线,西藏沙蜥雌性沿海拔梯度个体大小变异呈现U型特点,雄性随海拔上升个体变大,其个体大小变异不符合Allen规律。4200米以上个体大小变异主要受光照与日活动时间的影响。(2)以贵南沙蜥为例,研究证明高原沙蜥腹部黑斑对在低温环境下的热调节具有重要作用,另四肢(比躯干具有更高的升、降温速率)与肺部呼吸对热调节也作用明显。(3)西藏沙蜥有两大系统进化分支,它们在5.28(3.47-7.03)百万年前(Ma)分歧,两主分支随后在3.86(2.40-5.39)Ma与4.31(2.97-5.79)Ma分歧,物种界定分析支持四个分支为潜在的候选物种。(4)线粒体基因组系统学研究继续支持卵生沙蜥与胎生沙蜥为单系,两大分支祖先约在10万年前开始分歧。并且,我们发现应用BEAST分割数据进行分歧时间估算,当分割数据数量超过4个的时候,其分歧时间估算的准确性就会受影响,超过8个会受到很大影响,严重低估分歧时间平均值与概率分布。我们提出了BEAST运行分析的参数校正办法,用于修正此问题。(5)我们对沙蜥沿海拔梯度的线粒体蛋白组进化进行了研究,研究表明线粒体呼吸链复合物I的疏水区受到相比其它区域更为强烈的选择作用,筛选出的10个线粒体蛋白选择进化位点有九个位于该区域,ND4有两个选择位点对质子转运通道的氨基酸残基具有显著的协同进化作用。表明沙蜥沿海拔梯度其线粒体蛋白受到了长期的强烈正选择作用,以适应高海拔恶劣环境。而一些分支随着海拔与纬度的上升受到较近期的正选择作用。(6)转录组数据11个沙蜥物种共享的2136个蛋白,筛选出311个以上蛋白受到强烈的正选择作用,一些蛋白与在高海拔低温、低氧与高紫外辐射的适应与进化相关。

项目成果

期刊论文数量(14)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Phylogenetic, Demographic and Dating Analyses of Bufo gargarizans Populations from the Zhoushan Archipelago and Mainland China
舟山群岛和中国大陆蟾蜍种群的系统发育、人口统计和年代测定分析
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
    Asian Herpetological Research
  • 影响因子:
    1.4
  • 作者:
    Haojie Tong;Yubin Wo;Pinghu Liao;Yuanting Jin
  • 通讯作者:
    Yuanting Jin
The complete mitochondrial genome of an agama, Phrynocephalus putjatia (Reptilia, Squamata, Agamidae)
蜥蜴的完整线粒体基因组,沙蜥(爬行纲,有鳞目,蜥蜴科)
  • DOI:
    10.3109/19401736.2014.926538
  • 发表时间:
    2016-03-03
  • 期刊:
    MITOCHONDRIAL DNA PART A
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Tong, Haojie;Jin, Yuanting
  • 通讯作者:
    Jin, Yuanting
The geography and timing of genetic divergence in the lizard Phrynocephalus theobaldi on the Qinghai-Tibetan plateau.
青藏高原蜥蜴遗传分化的地理和时间
  • DOI:
    10.1038/s41598-017-02674-4
  • 发表时间:
    2017-05-23
  • 期刊:
    Scientific reports
  • 影响因子:
    4.6
  • 作者:
    Jin Y;Liu N;Brown RP
  • 通讯作者:
    Brown RP
基底颜色对两种沙蜥体色变异的影响
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
    生物多样性
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    童浩杰;张凯龙;刘宇航;张立勋;赵伟;金园庭
  • 通讯作者:
    金园庭
Sex Ratio and Sexual Size Dimorphism in a Toad-headed Lizard, Phrynocephalus guinanensis
蟾蜍蜥蜴的性别比例和性别大小二态性
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Asian Herpetological Research
  • 影响因子:
    1.4
  • 作者:
    Kailong Zhang;haojie Tong;Yubin Wo;Naifa Liu;Yuanting Jin
  • 通讯作者:
    Yuanting Jin

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  • 发表时间:
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  • 影响因子:
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  • 作者:
    沈海超;朱敏;诸葛晓龙;金园庭;刘祥超
  • 通讯作者:
    刘祥超

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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