中国人群多中心胃癌全基因组遗传易感性及其机制研究

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    81573228
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    50.0万
  • 负责人：
    王朝明
  • 依托单位：
    南京医科大学
  • 学科分类：
    H3010.非传染病流行病学
  • 结题年份：
    2019
  • 批准年份：
    2015
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2016-01-01 至2019-12-31

项目摘要

Gastric cancer is the third one for cancer causation of death worldwide. Recent years, five gastric cancer associated genetic susceptibility regions (1q22,3q13.31,5p13.1,8q24.3 and 10q23) were detected by Genome-wide Association Studies, however, multi-tumor genetic heritability analysis demonstrated that gastric cancer presented the highest degree of heritability among cancers. The results remind us more efforts should be made on gastric cancer related genetic susceptibility loci. To elucidate the genetic basis of gastric carcinogenesis, this study intends to combine multi-cneter gastric cancer GWAS data and perform integrated analysis of TCGA gastric cancer genomics data, explore the relationship between gastric cancer related germline mutations and somatic mutations using eQTL and meQTL analysis, further using a large sample size and multi-stage case-control design to validate the results, and cancer related gene-gene interactions will also be explored, finally using biological functional analysis to elucidate the biological mechanisms of the genetic loci.The results of the study will help elucidate the genetic mechanism of gastric cancer, screen high risk population to prevent the onset of gastric cancer.
胃癌是全球肿瘤相关死因第3位的恶性肿瘤，近年多个全基因组关联研究(GWAS）发现5个与胃癌相关的遗传易感区域(1q22，3q13.31，5p13.1，8q24.3和10q23)，然而多肿瘤遗传度分析显示胃癌具有最高的遗传度，这提示我们，胃癌还有很多遗传易感位点亟待去发现。为进一步研究并阐明胃癌的遗传基础，本课题拟合并现有多中心胃癌GWAS数据，并整合分析TCGA胃癌多组学数据，探索胃癌胚系变异(germline mutation)与体细胞突变(somatic mutation)间的关系，找寻可能导致胃癌发生的eQTL、meQTL等和功能相关的变异线索，后期用大样本、多阶段病例-对照设计验证前期遗传位点，同时研究胃癌相关基因-基因交互作用，并通过功能学分析初步阐明相关位点的生物学含义。研究结果对阐明胃癌发生的分子遗传学机制、筛检高危人群预防胃癌发生具有重要指导意义。

结项摘要

本课题对两项已发表的中国GWAS研究(2031例非贲门型胃癌和4970例正常对照)进行了统计填补和meta分析，并对另外3564例病例和4637例对照进行了两个阶段的基因分型。总体的meta分析结果揭示了两个新的关联信号。第一个是在5q14.3处的一个新位点rs7712641(OR=0.84；95% CI ：0.80-0.88；p=1.21×10−11)。这个SNP标记位于长链非编码RNA的内含子lnc-POLR3G-4 (XLOC_004464)上，其在非贲门癌组织中表达低于正常组织(Pwilcoxon signed-rank=7.20×10−4)。我们在1q22处发现第二个新信号rs80142782(OR=0.62；95% CI ：0.56-0.69；p=1.71×10-19)且独立于先前该位置上报道的rs4072037(OR=0.74；95% CI ：0.69-0.79；p=6.28×10−17)，在校正已知位点的基础上仍具有统计学差异(Pconditional=3.47×10−8)，可以认为在已知区域中发现了与胃癌发生有关的新阳性位点。另外不同于欧洲和非洲人群，rs80142782在亚洲人群中具有特异性(MAF=0.05)，提示该位点对于亚洲人群是一个更好的关联信号。这些发现为非贲门癌的遗传易感性提供了新的证据，并为汉族人群的发病机制提供了进一步的线索。

项目成果

期刊论文数量（2）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Identification of new susceptibility loci for gastric non-cardia adenocarcinoma: pooled results from two Chinese genome-wide association studies.
胃非贲门腺癌新易感位点的鉴定：两项中国全基因组关联研究的汇总结果
  • DOI：
    10.1136/gutjnl-2015-310612
  • 发表时间：
    2017-04
  • 期刊：
    Gut
  • 影响因子：
    24.5
  • 作者：
    Wang Z;Dai J;Hu N;Miao X;Abnet CC;Yang M;Freedman ND;Chen J;Burdette L;Zhu X;Chung CC;Ren C;Dawsey SM;Wang M;Ding T;Du J;Gao YT;Zhong R;Giffen C;Pan W;Koh WP;Dai N;Liao LM;Yan C;Qiao YL;Jiang Y;Shu XO;Chen J;Wang C;Ma H;Su H;Zhang Z;Wang L;Wu C;Xiang YB;Hu Z;Yuan JM;Xie L;Zheng W;Lin D;Chanock SJ;Shi Y;Goldstein AM;Jin G;Taylor PR;Shen H
  • 通讯作者：
    Shen H

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其他文献

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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