新型高效基因启动子多个CpG位点甲基化同时定位定量液相检测方法研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    81071435
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    35.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    H2606.检验医学研究新技术与新方法
  • 结题年份:
    2013
  • 批准年份:
    2010
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2011-01-01 至2013-12-31

项目摘要

基因启动子重要CpG位点甲基化在肿瘤发生发展及药物反应中发挥关键作用,是重要的分子遗传标识。其检测对肿瘤预警、早期发现与个体化医疗具重要价值。传统甲基化检测方法不能多个CpG位点同时定位定量,繁琐低效,严重阻碍了肿瘤预警与个体化医疗进程。一步完成通常多步进行的检测和生化反应并多个CpG位点定位定量是创新检测方法的根本途径。本题拟在前期成功建立分步扩增、杂交反应和数字化同步检测靶分子分子量与荧光信号的液相检测技术的基础上,研究一步完成非对称兼并扩增、多重杂交联合反应和多个CpG位点同时定位定量荧光偏振增强液相检测分析技术,整和两者,建立生化反应和检测分析技术双重高效的基因启动子多个CpG位点甲基化同时定位定量液相检测方法。该法简便、全面准确、性价比高,将为基因启动子甲基化检测研究开辟新策略,为研发国产化高通量高效基因启动子甲基化定位定量液相检测产品奠定研究基础,促进肿瘤预警与个体化医疗发展。

结项摘要

重要基因启动子CpG位点甲基化分子标识检测为恶性肿瘤预警及预见性治疗提供关键依据。本课题研究了一步完成、定量非对称兼并扩增多重杂交联合的高效基因启动子CpG位点甲基化荧光偏振检测方法。以重要肿瘤预警基因p16INK4a, EGFR,MGMT启动子CpG位点甲基化检测为切入点,应用一对通用引物和甲基化、非甲基化特异探针进行非对称兼并扩增、多重杂交联合检测反应,荧光标记分子分子量及荧光偏振FP值随CpG位点甲基化状态、数量变化而显著变化。本课题观察了反应条件的影响,研究了杂交反应中能敏感、稳定特异识别CpG位点的最佳探针的设计规律,阐明了多重杂交反应的条件规律。建立了新型高效定量DNA甲基化荧光偏振检测方法,获得较高的优越性。. 首先,本方法具有简单便捷和高效快速的优越性。甲基化序列特异探针和未甲基化序列特异探针可以同时分别杂交,从而等位基因启动子甲基化与非甲基化可以同时检测。与单独检测反应相比,同时检测甲基化与非甲基化等位基因的反应更加精确。反应中,非甲基化等位基因既作为靶基因也作为靶基因质控内参,简化了内参设定和精确定量模板的需求。建立了标准曲线,待测样本与荧光偏振FP值标准曲线比较即可检测判断甲基化数量。. 第二,本方法具性价比高,成本低的优越性。传统的DNA甲基化检测法中,需双荧光标记TaqMan探针和高精度实时荧光强度检测设备。本方法则应用更低合成费用、更低工作浓度的单端标记探针-5’末端荧光标记探针和无3’外切活性的普通DNA聚合酶,无需荧光萃灭,成本大大降低,不需任何特殊仪器设备,应用普通荧光偏振读数板即可完成检测。同时,本法在液相中对甲基化与非甲基化等位基因进行测定,效率显著提高,可实现大量临床样本高通量并行快速DNA甲基化检测分析。. 第三,本方法具较高敏感精确性和稳定重复性优越性。该方法不依赖起始靶基因模板数量,能够敏感检测模板中低浓度的靶基因甲基化水平;该方法检测水平与垂直两个方向的荧光强度比值-荧光偏振,不依赖荧光强度,敏感度提高。而且,同时检测多区域多CpG位点可靠性强,在甲基化与非甲基化等位基因杂交状态检测中能获得更可靠结果。. 同时,本题进行了基因型与基因变异的非对称扩增杂交的新型高效生化反应研究,建立了一步完成新型高效多基因型与基因变异的液相荧光偏振检测方法。为今后研究配套技术和配套产品奠定理论基础

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(1)
专利数量(0)
干细胞伦理之争的终结者
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
    医学争鸣
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    姜英浩;张菊;卢兹凡
  • 通讯作者:
    卢兹凡
Detection of HBV genotypes of tumor tissues and serum by a fluorescence polarization assay in north-western China's hepatocellular carcinoma patients.
荧光偏振法检测西北地区肝癌患者肿瘤组织和血清中HBV基因型
  • DOI:
    10.1186/1743-422x-8-362
  • 发表时间:
    2011-07-22
  • 期刊:
    Virology journal
  • 影响因子:
    4.8
  • 作者:
    Lu J;Gong W;Cheng H;Wu Z;Li D;Wang X;Liang P;Zhang J
  • 通讯作者:
    Zhang J
Detection of EGFR Mutation in Tissue Samples of Non-small-cell Lung Cancer by a Fluorescence Polarization Assay
荧光偏振法检测非小细胞肺癌组织样本中的 EGFR 突变
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    Diagnostic Molecular Pathology
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Liu, Wenchao;Li, Xiaofei;Zhang, Zhipei;Chen, Yanan;Qiang, Shaoying;Cheng, Hong;Fan, Li;Liang, Ping;Zhang, Ju
  • 通讯作者:
    Zhang, Ju
EGFR Promoter Methylation Detection in Cervical Cancer by a Hybridization-Fluorescence Polarization Assay
通过杂交荧光偏振测定检测宫颈癌中的 EGFR 启动子甲基化
  • DOI:
    10.1097/pdm.0b013e31827744ad
  • 发表时间:
    2013-06
  • 期刊:
    Diagn Mol Pathol
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Wei Zhang;Yane Gao;Yinghao Jiang;Liang Ping;Hong Cheng;ju zhang
  • 通讯作者:
    ju zhang
肺癌患者EGFR基因启动子甲基化状态研究
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    现代肿瘤医学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    强少盈;刘文超;张菊
  • 通讯作者:
    张菊

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其他文献

力学研究
  • DOI:
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  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
    非牛顿流体中单气泡运动行为研究
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    许晓飞;张菊;刘凤霞;魏炜;刘志军
  • 通讯作者:
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奥运前期与奥运期间北京市大气细颗粒物特征比较分析
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
    环境科学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    张菊;欧阳志云;苗鸿;王效科;任玉芬;宋文质
  • 通讯作者:
    宋文质
上海市郊浦东新区部分菜区蔬菜重金属污染评价
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    农业环境科学学报
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    姚春霞;陈振楼;张菊;侯晶
  • 通讯作者:
    侯晶
PVA-FRCC抗压强度增长规律灰色理论分析
  • DOI:
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  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    人民黄河
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    张彦波;张菊;闫长旺;马飞
  • 通讯作者:
    马飞
不同河流水体颗粒物对硝化过程的影响
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    环境化学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    李素珍;张菊;夏星辉
  • 通讯作者:
    夏星辉

其他文献

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张菊的其他基金

新型预测分子标识等位基因变异指数的建立及其高效敏感实时定量均相检测方法研究
  • 批准号:
    81371891
  • 批准年份:
    2013
  • 资助金额:
    70.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似国自然基金

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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