加工番茄可溶性固形物含量的全基因组关联分析与连锁作图

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31171962
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    62.0万
  • 负责人：
    宋燕
  • 依托单位：
    中国农业科学院蔬菜花卉研究所
  • 学科分类：
    C1505.蔬菜、瓜果种质资源与遗传育种学
  • 结题年份：
    2015
  • 批准年份：
    2011
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2012-01-01 至2015-12-31

项目摘要

针对栽培种番茄(S. lycopersicum)遗传背景狭窄，严重缺乏可用于挖掘其遗传多样性的标记；番茄关联作图滞后；我国加工番茄产业急需优良新品种；遗传资源匮乏等系列科学和实际生产问题。.项目拟基于已完成的番茄全基因组测序和重测序的序列，开发大量InDel、SNP、SSR等高信息量和高通量标记，通过分析番茄亚群体"加工番茄"的遗传多样性，构建我国加工番茄核心种质资源库；结合遗传连锁和关联作图(Linkage and association mapping)，获得与加工番茄关键性状可溶性固形物含量(soluble solids content,SSC%)相关的重要基因组区段/基因簇/基因/等位基因紧密连锁的标记或功能标记，用于辅助选育。研究结果将揭示关联和连锁作图结合挖掘番茄QTL的潜力，初步建立加工番茄分子设计育种技术体系，提升我国加工番茄育种的整体水平。

结项摘要

分别从TGRC、Eu-SOL、INRA和IVF-CAAS收集整理了360份番茄遗传资源，包括10份野生资源、53份醋栗番茄、112份樱桃番茄、166份鲜食和加工番茄和17份现代商业杂交种。对上述材料进行了5×重测序，田间种植上述全部材料，进行了可溶性固形物含量测定，通过全基因组关联分析（GWAS），验证了来自醋栗番茄野生渗入片段的3个控制可溶性固形物含量的位点ssc5.1, ssc5.2 and ssc5.3，它们均分布在第5条染色体长臂的末端。. 基于50 年来收集的3 026 份加工番茄不同类型种质资源，分别利用20 个表型性状和均匀覆盖12 条染色体的46 个SNP 标记，采用5 种不同方法（Mstrat、Random、REMC、SBS 和SFS）构建了10 种初始核心种质。通过对其代表性评价与分析，最终确定了加工番茄最佳核心种质。Mstrat 是构建加工番茄亚群核心种质的最佳方法，采用10%抽样比例所构建的302 份最佳核心种质GCC1 对原始种质的遗传结构和多样性均具有较好的代表性。通过对原始种质群体结构和主成分分析，加工番茄种质资源可分为2 个较大的群体，遗传背景分别是基于代表性材料普通栽培番茄E6203 和M82，所构建的GCC1 核心种质均匀分布在原始种质资源群体。. 基于构建的加工番茄核心种质，从3026份自交系中选择了代表50年育种历程的615份，分别利用16个表型性状和81个（13对SSR、24对InDel、44个SNP）不同类型的多态性标记，对其遗传多样性进行了分析与比较。无论是基于表型还是基因型数据，供试自交系均分为两大群，聚类结果基本一致。其中表型聚类包括7个亚群，基因型聚类包括6个亚群。进一步综合分析表型和基因型聚类结果，发现大多数早期育成的自交系聚为一类，近5年育成的自交系不同程度地分布在两类中，说明新育成的自交系遗传多样性更为丰富。此外还发现，不同类型标记中，SNP在加工番茄亚群中呈现更好的多态性，等位基因数、基因多样性、PIC（Polymorphism information content，PIC）值等均明显高于SSR和InDel。. 对于构建的加工番茄核心种质，进行了0.5×重测序，挖掘出大量SNP；对核心种质分别种植新疆大田，对每份材料进行了果实可溶性固形物含量测定，再次验证了五号染色体的可溶性固形物含量位

项目成果

期刊论文数量（3）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
基于表型和基因型对我国加工番茄遗传多样性的分析与比较
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    园艺学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    宋燕
  • 通讯作者：
    宋燕
Genomic analyses provide insights into the history of tomato breeding
基因组分析提供了对番茄育种历史的深入了解
  • DOI：
    10.1038/ng.3117
  • 发表时间：
    2014-11-01
  • 期刊：
    NATURE GENETICS
  • 影响因子：
    30.8
  • 作者：
    Lin, Tao;Zhu, Guangtao;Huang, Sanwen
  • 通讯作者：
    Huang, Sanwen

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--"}}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--" }}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--"}}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

其他文献

Interdecadal correlation of solar activity with Tibetan Plateau snow depth and winter atmospheric circulation in East Asia
太阳活动与青藏高原积雪深度及东亚冬季大气环流的年代际相关性
  • DOI：
    10.3724/sp.j.1226.2016.00524
  • 发表时间：
    2018-11
  • 期刊：
    Sciences in Cold and Arid Regions
  • 影响因子：
    1
  • 作者：
    李智才;宋燕;张薇;张菁;肖子牛
  • 通讯作者：
    肖子牛
GEV指数表征的贵州夏旱分布特征 及干旱事件的异常环流特征
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2017
  • 期刊：
    云南大学学报（自然科学版）
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    夏阳;严小冬;龙园;宋燕
  • 通讯作者：
    宋燕
青藏高原冬春积雪特征及其对我国夏季降水的影响
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2019
  • 期刊：
    气象科技
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    张薇;宋燕;王式功;李智才
  • 通讯作者：
    李智才
利用大气偏振模式“∞”字形特征获取太阳位置的方法研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2018
  • 期刊：
    仪器仪表学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    宋燕;范之国;王大千;张强;王振武
  • 通讯作者：
    王振武
“互联网+”助推分级诊疗的PEST分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2017
  • 期刊：
    卫生软科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    窦伟洁;韩志琰;宋奎勐;宋燕;郭大伟
  • 通讯作者：
    郭大伟

其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--" }}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--"}}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--" }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}
empty
内容获取失败，请点击重试
重试联系客服
title开始分析
查看分析示例
此项目为已结题，我已根据课题信息分析并撰写以下内容，帮您拓宽课题思路：

AI项目思路

AI技术路线图

宋燕的其他基金

野生种醋栗番茄Solanum pimpinellifolium核心种质优异性状的挖掘
  • 批准号：
    31372068
  • 批准年份：
    2013
  • 资助金额：
    80.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

{{ item.name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 批准年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}

相似海外基金

{{ item.name }}
{{ item.translate_name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 财政年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}
{{ showInfoDetail.title }}

作者：{{ showInfoDetail.author }}

知道了

AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
关闭
close
客服二维码