番茄泛素连接酶CUL4-DDB1调控DNA甲基化的分子机理

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31171179
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    60.0万
  • 负责人：
    刘永胜
  • 依托单位：
    四川大学
  • 学科分类：
    C0602.基因表达及非编码序列调控
  • 结题年份：
    2015
  • 批准年份：
    2011
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2012-01-01 至2015-12-31

项目摘要

真核生物表观遗传修饰（组蛋白修饰、DNA甲基化等）具有不可或缺的生理功能。本实验室最近发现番茄紫外损伤DNA结合蛋白DDB1基因的功能缺失突变引起基因组某些位点的DNA甲基化程度降低，而相应基因的转录水平升高，同时我们用DDB1作诱饵蛋白的酵母双杂交筛选鉴定出3个可能与表观遗传修饰有关的互作蛋白同系物，即组蛋白甲基转移酶SUVH3、甲基化CpG结合蛋白MBD和一个与异染色质蛋白HP1有直接相互作用的具有BTB和WD40双重结构域的BTB-WD蛋白。本项研究将用番茄作为模式研究系统，利用突变体遗传学、生物化学、分子生物学、组学以及转基因技术深入探讨新近鉴定分离的与DDB1相互作用蛋白MDB、BTB-WD和SUVH3在DNA甲基化过程中的生化与生物学功能，以进一步揭示在真核生物中保守存在的E3泛素连接酶CUL4-DDB1复合体参与染色质重塑及表观遗传调控的信号转导通路及分子机理。

结项摘要

真核生物表观遗传修饰（组蛋白修饰、DNA甲基化等）具有不可或缺的生理功能。本项研究发现番茄紫外损伤DNA结合蛋白DDB1基因的功能缺失突变引起基因组某些位点的DNA甲基化程度降低，而相应基因的转录水平升高。我们用DDB1作诱饵蛋白的酵母双杂交筛选鉴定出3个可能与表观遗传修饰有关的互作蛋白同系物，即组蛋白甲基转移酶SUVH3/SET3、甲基化CpG结合蛋白MBD5和一个与异染色质蛋白HP1有直接相互作用的PCNA蛋白。用番茄作为模式研究系统，采用突变体遗传学、生物化学、分子生物学、组学以及转基因技术细致深入研究了与DDB1相互作用蛋白MDB5、SET3和PCNA在组蛋白/DNA甲基化过程、细胞周期和代谢调控中的生化与生物学功能，在一定程度揭示了真核生物中保守存在的E3泛素连接酶CUL4-DDB1复合体参与染色质重塑及表观遗传调控的信号转导通路及分子机理。

项目成果

期刊论文数量（9）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
A role of tomato UV-damaged DNA binding protein 1 (DDB1) in organ size control via an epigenetic manner.
番茄紫外线损伤 DNA 结合蛋白 1 (DDB1) 通过表观遗传方式在器官大小控制中的作用
  • DOI：
    10.1371/journal.pone.0042621
  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
    PloS one
  • 影响因子：
    3.7
  • 作者：
    Liu J;Tang X;Gao L;Gao Y;Li Y;Huang S;Sun X;Miao M;Zeng H;Tian X;Niu X;Zheng L;Giovannoni J;Xiao F;Liu Y
  • 通讯作者：
    Liu Y
Ubiquitin-conjugated degradation of golden 2-like transcription factoris mediated by CUL4-DDB1-based E3 ligase complex in tomato. New Phytologist
番茄中基于 CUL4-DDB1 的 E3 连接酶复合物介导的泛素共轭降解金色 2 样转录因子。
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2015
  • 期刊：
    New Phytologist
  • 影响因子：
    9.4
  • 作者：
    Wang A;Xiao F;Giovannoni J;Liu Y
  • 通讯作者：
    Liu Y
SlNAC1, a stress-related transcription factor, is fine-tuned on both the transcriptional and post-tanslational levels.
SlNAC1 是一种与应激相关的转录因子，在转录和翻译后水平上均进行微调。
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    New Phytologist
  • 影响因子：
    9.4
  • 作者：
    Ye Z;Kuhl JC;Liu Y;Xiao F
  • 通讯作者：
    Xiao F
Whole transcriptome sequencing reveals genes involved in plastid/chloroplast division and development are regulated by the HP1/DDB1 at an early stage of tomato fruit development
全转录组测序揭示了参与质体/叶绿体分裂和发育的基因在番茄果实发育的早期阶段受到 HP1/DDB1 的调控
  • DOI：
    10.1007/s00425-013-1942-9
  • 发表时间：
    2013-08
  • 期刊：
    Planta
  • 影响因子：
    4.3
  • 作者：
    Li G;Li X;Xiao F;Liu Y
  • 通讯作者：
    Liu Y
Draft genome of the kiwifruit Actinidia chinensis.
猕猴桃猕猴桃基因组草图
  • DOI：
    10.1038/ncomms3640
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    NATURE COMMUNICATIONS
  • 影响因子：
    16.6
  • 作者：
    Huang, Shengxiong;Ding, Jian;Deng, Dejing;Tang, Wei;Sun, Honghe;Liu, Dongyuan;Zhang, Lei;Niu, Xiangli;Zhang, Xia;Meng, Meng;Yu, Jinde;Liu, Jia;Han, Yi;Shi, Wei;Zhang, Danfeng;Cao, Shuqing;Wei, Zhaojun;Cui, Yongliang;Xia, Yanhua;Zeng, Huaping;Bao, Kan;Lin, Lin;Min, Ya;Zhang, Hua;Miao, Min;Tang, Xiaofeng;Zhu, Yunye;Sui, Yuan;Li, Guangwei;Sun, Hanju;Yue, Junyang;Sun, Jiaqi;Liu, Fangfang;Zhou, Liangqiang;Lei, Lin;Zheng, Xiaoqin;Liu, Ming;Huang, Long;Song, Jun;Xu, Chunhua;Li, Jiewei;Ye, Kaiyu;Zhong, Silin;Lu, Bao-Rong;He, Guanghua;Xiao, Fangming;Wang, Hui-Li;Zheng, Hongkun;Fei, Zhangjun;Liu, Yongsheng
  • 通讯作者：
    Liu, Yongsheng

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其他文献

基于声发射信号的不同密度C/SiC复合材料损伤演化
  • DOI：
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  • 发表时间：
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  • 期刊：
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  • 影响因子：
    --
  • 作者：
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  • 通讯作者：
    刘永胜
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  • 发表时间：
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  • 作者：
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  • 通讯作者：
    刘永胜
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  • DOI：
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  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
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    --
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  • 通讯作者：
    刘永胜
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  • 作者：
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  • DOI：
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  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    应用与环境生物学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    高永峰;牛向丽;刘继恺;刘永胜
  • 通讯作者：
    刘永胜

其他文献

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刘永胜的其他基金

番茄DNA甲基转移酶调控果实质体发育和品质形成的分子机理研究
  • 批准号：
    31671259
  • 批准年份：
    2016
  • 资助金额：
    70.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
激素及光信号调控质体分裂和分化机理研究
  • 批准号：
    90717110
  • 批准年份：
    2007
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    重大研究计划
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    2007
  • 资助金额：
    32.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

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  • 批准号：
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  • 资助金额：
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相似海外基金

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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