林木高质量遗传图谱构建和QTL精确定位统计方法及应用

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    30872051
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    30.0万
  • 负责人：
    童春发
  • 依托单位：
    南京林业大学
  • 学科分类：
    C1610.林木遗传育种
  • 结题年份：
    2011
  • 批准年份：
    2008
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2009-01-01 至2011-12-31

项目摘要

由于林木具有复杂的生物学特性，其遗传连锁图谱构建和数量性状基因座(QTL)定位的统计分析方法一直没有得到很好的发展。本研究利用林木F1代群体，采用不同的分子标记，如RAPD 、RFLP、SSR、AFLP、ISSR、EST等，建立两点和多位点连锁分析的统计模型，使得象1:1、1:2:1、1:1:1:1及3:1等分离比的位点能够同时进行连锁分析；对于一个连锁群，寻找最佳的排序算法对标记进行排序，从而构建连锁群中包含多达上百个的分子标记并最大程度地接近真实排序的高质量遗传连锁图谱。同时，建立多种适合林木自身特点的QTL定位的统计分析模型，以提高林木QTL作图的精确性。在此理论基础上，编写构建林木遗传连锁图谱和QTL定位的可视化统计分析软件，供林木遗传育种学家使用。最后，利用现有响叶杨x银白杨的F1代作图群体，构建杨树高质量的遗传连锁图谱，并对杨树季节性休眠性状的QTL进行精确定位。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（3）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
3FunMap: full-sib family functional mapping of dynamic traits
3FunMap：动态特征的全同胞家族功能图谱
  • DOI：
    10.1093/bioinformatics/btr306
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Bioinformatics
  • 影响因子：
    5.8
  • 作者：
    Tong; Chunfa;Shi; Jisen;Wang; Zhong;Wu; Rongling;Zhang; Bo
  • 通讯作者：
    Bo
Detection of quantitative trait loci influencing growth trajectories of adventitious roots in Populus using functional mapping
利用函数图谱检测影响杨属不定根生长轨迹的数量性状位点
  • DOI：
    10.1007/s11295-009-0207-z
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Tree Genetics & Genomes
  • 影响因子：
    2.4
  • 作者：
    Zhuge; Qiang;Wang; Mingxiu;Zhang; Bo;Yin; Tongming;Huang; Minren;Tong; Chunfa;Zhang; Xinye;Wu; Rongling
  • 通讯作者：
    Rongling
A hidden Markov model approach to multilocus linkage analysis in a full-sib family
全同胞家族多位点连锁分析的隐马尔可夫模型方法
  • DOI：
    10.1007/s11295-010-0281-2
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Tree Genetics & Genomes
  • 影响因子：
    2.4
  • 作者：
    Tong; Chunfa;Zhang; Bo;Shi; Jisen
  • 通讯作者：
    Jisen

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其他文献

一款基于转录组差异基因表达分析的软件包——findDEG
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2019
  • 期刊：
    南京林业大学学报(自然科学版)
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    吴吉妍;姚丹;吴海楠;童春发
  • 通讯作者：
    童春发
不平衡巢式设计遗传模型分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    林业科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    童春发;杨立伟;蒋安纳;施季森
  • 通讯作者：
    施季森
美洲黑杨与小叶杨杂交F_(1)代扦插无性系苗生长性状动态分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2020
  • 期刊：
    南京林业大学学报(自然科学版)
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    陈玉华;姚丹;吴海楠;陶申童;吴吉妍;杨文国;童春发
  • 通讯作者：
    童春发
WinNC2:因子交配设计遗传分析软件
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    林业科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    童春发
  • 通讯作者：
    童春发
GSCA: New Software and Algorithms to Analyse Diallel Mating Designs Based on Restricted Linear Model
GSCA：基于限制线性模型分析双列配对设计的新软件和算法
  • DOI：
    10.1515/sg-2012-0016
  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
    Silvae Genetica
  • 影响因子：
    1
  • 作者：
    童春发
  • 通讯作者：
    童春发

其他文献

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童春发的其他基金

利用杂交F2代群体和二代简化基因组测序技术构建杨树整合的遗传连锁图谱
  • 批准号：
    31870654
  • 批准年份：
    2018
  • 资助金额：
    25.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
林木数量性状基因座功能作图统计模型及其在杨树中的应用
  • 批准号：
    31270706
  • 批准年份：
    2012
  • 资助金额：
    78.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
林木不平衡试验数据遗传模型分析及应用
  • 批准号：
    31070601
  • 批准年份：
    2010
  • 资助金额：
    34.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

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相似海外基金

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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