面向数千个处理器的并行代数多重网格算法研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    60903006
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    19.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    F0204.计算机系统结构与硬件技术
  • 结题年份:
    2012
  • 批准年份:
    2009
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2010-01-01 至2012-12-31

项目摘要

具有良好算法和并行可扩展能力的线性解法器是在数千个处理器上完成精细数值模拟的重要支撑。代数多重网格(AMG)是当前科学与工程计算中线性解法器采用的最有效的迭代方法之一。然而,对于在数千个处理器上的复杂物理系统数值模拟应用,现有的AMG方法无法取得理想的可扩展能力,迫切需要一系列新的算法和技术改变现状。本项目围绕这一前沿问题,面向数千个处理器,重点研究新的并行AMG算法、理论和并行实现技术,研制高效并行AMG解法器软件包,期望改善并行AMG算法在数千个处理器上的可扩展能力。在此基础上,本项目将瞄准高能量密度物理领域中若干重要的实际应用问题,支撑该类应用的数值模拟扩展到数千个处理器,并取得理想的数值模拟性能。本项目具有很强的应用需求牵引,并将直接服务于实际物理系统的大规模数值模拟,具有很强的理论和实际应用价值。

结项摘要

代数多重网格(AMG)是当前科学与工程计算中线性解法器采用的最有效的迭代方法之一。然而,对于在数千处理器核上的实际数值模拟应用,现有的AMG无法取得理想的可扩展能力,迫切需要新的算法和技术。本项目面向数千处理器核,重点研究同时具有良好算法和并行可扩展能力的并行AMG 算法、面向实际应用特征的并行AMG算法,以及研制高效并行AMG 解法器软件,在此基础上,支撑典型应用高效扩展到数千处理器核。具体取得如下4个方面的重要进展:. (1)针对迭代方法,提出一种基于渐近规模的通信与计算比性能分析方法。重点分析了AMG算法中光滑迭代过程的并行可扩展性能,成为本项目算法研究的基础。该工作获得2012年全国高性能计算学术年会(HPCChina2012)优秀论文奖。. (2)基于“同时具备良好算法和并行可扩展能力”的原则,提出两种新的AMG算法:基于自适应Setup的并行AMG算法(aSetup-AMG)和基于代数界面的AMG算法(aiAMG)。这两个算法分别采用不同的途径,前者在保持算法可扩展的前提下,通过设计自适应Setup策略,提高并行效率。后者在保持并行可扩展的前提下,通过代数界面捕捉复杂应用的多尺度特征,并对代数界面进行特殊处理,从而提高算法的鲁棒性和计算效率。. (3)针对辐射流体力学的应用特征,提出一种基于物理的粗化算法,由此构造了一类AMG预条件子,显著提高了三温热传导模型的计算效率。. (4)集成本项目提出的三个新算法,研制了并行AMG解法器JXPAMG。由于该解法器采用了aSetup-AMG算法的流程,使得JXPAMG不同于目前国际上其他的AMG解法器软件(如广泛使用的Hypre中的BoomerAMG解法器),尤其是在大规模计算时具有明显优势。基于该解法器,在4096个处理器核上,支撑辐射流体力学界面不稳定性模拟在国内首次实现三维热传导建模的大规模计算,取得具有显示度的模拟成果。目前,JXPAMG已经成功应用于国家点火工程重大专项的激光聚变数值模拟中。. 本项目紧密围绕“数千处理器核上的算法设计-软件研制-实际数值模拟应用”这一主线,实践“算法-软件-应用”的融合,显著提升了激光聚变应用在数千处理器核上进行大规模模拟的能力,效果明显。本项目的研究思路及成果对当前国产千万亿次和未来更高性能超级计算机的实际应用具有重要的参考意义和价值。

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(1)
专利数量(0)
Quasi-interpolation operators based on a cubic spline and applications in SAMR simulations
基于三次样条的拟插值算子及其在 SAMR 模拟中的应用
  • DOI:
    10.1016/j.amc.2010.09.045
  • 发表时间:
    2010-12
  • 期刊:
    APPLIED MATHEMATICS AND COMPUTATION
  • 影响因子:
    4
  • 作者:
    Ma, Libin;Mo, Zeyao;Xu, Xiaowen
  • 通讯作者:
    Xu, Xiaowen
基于SAMR网格的流体力学不稳定性并行计算
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    计算机工程与科学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    刘青凯;赵伟波;徐小文;LIU Qing-kai,ZHAO Wei-bo,XU Xiao-wen(Institute of
  • 通讯作者:
    LIU Qing-kai,ZHAO Wei-bo,XU Xiao-wen(Institute of
JASMIN: a parallel software infrastructure for scientific computing
JASMIN:科学计算的并行软件基础设施
  • DOI:
    10.1007/s11704-010-0120-5
  • 发表时间:
    2010-12-01
  • 期刊:
    FRONTIERS OF COMPUTER SCIENCE IN CHINA
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Mo, Zeyao;Zhang, Aiqing;Zhu, Shaoping
  • 通讯作者:
    Zhu, Shaoping
自适应结构网格上扩散方程隐式时间积分算法及其应用
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    计算物理
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    徐小文;莫则尧;刘青凯;安恒斌
  • 通讯作者:
    安恒斌
一种求解流体力学方程组的自适应显式时间积分算法及其应用
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2011
  • 期刊:
    计算物理
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    刘青凯;徐小文;吴俊峰
  • 通讯作者:
    吴俊峰

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其他文献

求解二维三温辐射扩散方程组的一种代数两层迭代方法
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    计算物理
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    安恒斌;莫则尧;徐小文
  • 通讯作者:
    徐小文
基于局部松弛和粗化策略的代数多重网格方法
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
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  • 作者:
    徐小文;莫则尧;刘旭
  • 通讯作者:
    刘旭
系统噪音影响的量化分析
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  • 发表时间:
    2015
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  • 作者:
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  • 通讯作者:
    刘旭
二维三温热传导方程求解中的非线性迭代初值选取
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    计算物理
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    莫则尧;安恒斌;徐小文
  • 通讯作者:
    徐小文
迭代方法中基于渐进规模的通信与计算比分析
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
    计算机学报
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    徐小文;莫则尧;武林平
  • 通讯作者:
    武林平

其他文献

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AI项目思路

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徐小文的其他基金

面向E级计算的并行代数多重网格新型算法研究
  • 批准号:
    61370067
  • 批准年份:
    2013
  • 资助金额:
    78.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似国自然基金

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AI项目解读示例

课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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