我国海带栽培品种（系）线粒体基因组遗传分化研究

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31402300
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    25.0万
  • 负责人：
    张静
  • 依托单位：
    齐鲁工业大学
  • 学科分类：
    C1902.水产生物遗传育种学
  • 结题年份：
    2017
  • 批准年份：
    2014
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2015-01-01 至2017-12-31

项目摘要

Species in genus Laminaria (Saccharina) are regarded as key species in the evolutionary of Phaeophyta with great economic value. To date, there is no reliable principles for parental analysis in genetic breeding of Laminaria (Saccharina). And the mechanism underlying the genetic differentiation of populations remains ambiguous. As a consequence, Saccharina japonica, Saccharina longissima, Saccharina latissima and main cultivation varieties (populations) are taken as the research objects in order to exhume effective DNA sequences for parental analysis and genetic difference based on complete mitochondrial genome through the strategy of comparative genomics. Furthermore, the mechanisms and characteristics of genetic differentiation of Saccharina cultivation varieties (populations) will be revealed.
海带属藻类是褐藻门关键的“进化种”和国际重要的经济种类，本项目针对当前海带遗传育种研究中存在的亲本鉴定缺乏有力依据及种群遗传分化机制不明的问题，以真海带（Saccharina japonica）、长叶海带（Saccharina longissima）、糖海带（Saccharina latissima）及我国海带主要栽培品种（系）为研究对象，在线粒体基因组水平上采取比较基因组学的策略，广泛筛选并发掘可有效用于遗传差异研究及亲本鉴定的线粒体DNA序列，并揭示我国海带种群在长期驯化（选育）下的遗传分化特征与机制。

结项摘要

海带是一种重要的经济褐藻，针对当前海带遗传育种研究中存在的亲本鉴定缺乏有力依据及种群遗传分化机制不明的问题，本项目以我国海带主要栽培品种（系）线粒体基因组为研究对象，探讨上述问题。研究中首次完成了我国十余种海带栽培品种（系）线粒体全基因组序列的扩增、拼接与功能注释，为海带的基础研究提供了大量的基因序列信息。以比较基因组学为策略，进行了遗传差异与种质鉴定的研究，并发现我国海带种群在长期的人工养殖及连续世代繁育过程中结构发生了稳定的遗传分化。在线粒体基因组水平上进行系统进化分析，完成了我国海带主要栽培品种（系）基于线粒体基因组的遗传谱系扫描鉴定，进一步梳理了我国现有种质资源的遗传背景，为后续的种质创制和种菜选择提供了重要的依据。在分析研究过程中建立了一套以线粒体全基因组数据为基础的分子系统进化分析流程，为藻类分子系统进化与分类学研究提供了分子基础。

项目成果

期刊论文数量（8）
专著数量（0）
科研奖励数量（1）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Development of EST-SSR markers derived from transcriptome of Saccharina japonica and their application in genetic diversity analysis
糖精转录组EST-SSR标记的建立及其在遗传多样性分析中的应用
  • DOI：
    10.1007/s10811-017-1354-5
  • 发表时间：
    2018-06
  • 期刊：
    Journal of Applied Phycology
  • 影响因子：
    3.3
  • 作者：
    张静;刘涛;芮凤萍
  • 通讯作者：
    芮凤萍
Genetic Map Construction and Quantitative Trait Locus (QTL) Detection of Six Economic Traits Using an F2 Population of the Hybrid from Saccharina longissima and Saccharina japonica.
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  • DOI：
    10.1371/journal.pone.0128588
  • 发表时间：
    2015
  • 期刊：
    PloS one
  • 影响因子：
    3.7
  • 作者：
    Zhang J;Liu T;Feng R;Liu C;Chi S
  • 通讯作者：
    Chi S
The complete mitogenome of 'Pingbancai', an important economic Saccharina cultivation variety.
重要经济糖类栽培品种“平板菜”完整的线粒体基因组
  • DOI：
    10.1080/23802359.2016.1186517
  • 发表时间：
    2016-07-10
  • 期刊：
    Mitochondrial DNA. Part B, Resources
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Zhang J;Gao B;Liu T;Zhang L;Liu N
  • 通讯作者：
    Liu N
The complete mitochondrial genome of Scleropages formosus (Osteoglossiformes: Osteoglossidae) and phylogenetic studies of Osteoglossiformes
Scleropages formosus（骨舌形目：骨舌科）的完整线粒体基因组和骨舌形目的系统发育研究
  • DOI：
    10.1007/s12686-016-0669-x
  • 发表时间：
    2017-01
  • 期刊：
    Conservation Genet Resour
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    高本杰;张静
  • 通讯作者：
    张静
The complete mitogenome of 'Zaohoucheng', an important Saccharina japonica cultivar in China.
我国重要的甘蔗品种“枣后城”完整的线粒体基因组
  • DOI：
    10.1080/23802359.2017.1375877
  • 发表时间：
    2017-09-11
  • 期刊：
    Mitochondrial DNA. Part B, Resources
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Zhang J;Li N;Liu N;Liu T
  • 通讯作者：
    Liu T

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  • 通讯作者：
    张静

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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