用于肺癌液体活检的新型微液滴数字多重PCR方法的研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    81772288
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    56.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    H2606.检验医学研究新技术与新方法
  • 结题年份:
    2021
  • 批准年份:
    2017
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2018-01-01 至2021-12-31

项目摘要

The liquid biopsy technique measures circulating tumor DNA (ctDNA) and has the potential to facilitate early cancer diagnosis, personalized treatment and post-surgery evaluation of cancer patients. It has the advantages of being minimally invasive, cost saving and offering real-time detection; it thus may change the conventional cancer diagnosis and treatment methods. However, liquid biopsy is now still in the stage of concept. Currently, there is no reliable non-invasive ctDNA detection technique nor related commercial products available. Droplet digital PCR (ddPCR) is the most sensitive among the methods having single molecule detection ability. Herein we propose a novel proprietary multi-plex digital PCR detection method, which integrates addressable, quantum dots-encoded microbeads with our previously developed ddPCR technique. We will use this novel multi-plex ddPCR method to study EGFR, which is a therapeutic target of non-small cell lung cancer (NSCLC). We will perform parallel detection mutations simultaneously and quantification of low-abundance mutations at the single-molecule level, and then evaluate the application of this method in liquid biopsy using peripheral blood from NSCLC patients. This study will accelerate the application of lung biopsy in diagnostics and have a significant impact in clinic practice.
基于循环肿瘤DNA(ctDNA)的“液体活检”为肿瘤的早期诊断、个体化治疗及术后评估提供了一种微创、经济、实时的检测方法,具有重要的应用价值,可能将颠覆肿瘤的诊疗模式。但迄今尚没有一项可靠的无创肿瘤液体活检技术和产品。微液滴数字PCR(聚合酶链式反应)是目前检测DNA灵敏度最高的新方法,本项目拟在团队成功研制微液滴数字PCR检测系统的基础上,首次将量子点编码微球阵列寻址技术与自主研发的微滴数字PCR技术相整合,开发具有独立知识产权的,使用方便的新型多重数字PCR单分子检测方法;基于此新型微液滴数字PCR方法,针对非小细胞肺癌靶向治疗密切相关的基因EGFR多个基因突变进行并行检测和单分子定量检测,并用肺癌病人外周血样本进行液体活检评估研究。本项目有望提供一种可靠的EGFR多靶标超高灵敏度检测方法,极大促进肺癌液体活检在临床检验中的应用,具有非常重要的临床价值。

结项摘要

基于外周血肿瘤循环DNA(ctDNA)的液体活检技术有望在非小细胞肺癌靶向治疗的分子分型和耐药检测中发挥至关重要的作用。针对这一重大需求,本项目开发了基于微液滴数字PCR的肺癌主要驱动基因EGFR的检测试剂。通过自主知识产权的数字PCR平台和专利的封闭探针法建立和优化了适用于临床的EGFR液体活检试剂,为了进一步验证该试剂的临床适用性,组织了多中心临床测试,同时和罗氏液体活检诊断试剂cobas EGFR对比测试,总体结果表明,基于数字PCR的EGFR液体活检方法比目前性能较好的罗氏COBAS EGFR产品灵敏度高,且特异性好,能保证准确度,是临床方法的补充和更佳选择。.本项目针对肿瘤液体活检的重大需求,在数字PCR技术和相关检测方法上均有重要成果,所开发的微液滴数字PCR平台提供了一种高灵敏和防污染的自动化检测装置,所建立的新的基于数字PCR的EGFR液体活检试剂灵敏度高,且特异性好,是临床实验方法的有益补充和更佳选择。

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(5)
A multiplex droplet digital PCR assay for non-invasive prenatal testing of fetal aneuploidies
用于胎儿非整倍体非侵入性产前检测的多重液滴数字 PCR 检测
  • DOI:
    10.1039/c8an02018c
  • 发表时间:
    2019-04-07
  • 期刊:
    ANALYST
  • 影响因子:
    4.2
  • 作者:
    Tan, Chianru;Chen, Xihua;Zhu, Lingxiang
  • 通讯作者:
    Zhu, Lingxiang
A real-time cosine similarity algorithm method for continuous monitoring of dynamic droplet generation processes
一种连续监测动态液滴生成过程的实时余弦相似度算法方法
  • DOI:
    10.1063/1.5102131
  • 发表时间:
    2019-10
  • 期刊:
    AIP Advances
  • 影响因子:
    1.6
  • 作者:
    Zhu Xiurui;Su Shisheng;Liu Baoxia;Zhu Lingxiang;Yang Wenjun;Gao Na;Jing Gaoshan;Guo Yong
  • 通讯作者:
    Guo Yong
A density-watershed algorithm (DWA) method for robust, accurate and automatic classification of dual-fluorescence and four-cluster droplet digital PCR data
密度分水岭算法 (DWA) 方法,可对双荧光和四簇液滴数字 PCR 数据进行稳健、准确和自动分类
  • DOI:
    10.1039/c9an00637k
  • 发表时间:
    2019-08-21
  • 期刊:
    ANALYST
  • 影响因子:
    4.2
  • 作者:
    Zhu, Xiurui;Su, Shisheng;Guo, Yong
  • 通讯作者:
    Guo, Yong
Establishment and validation of a novel droplet digital PCR assay for ultrasensitive detection and dynamic monitoring of EGFR mutations in peripheral blood samples of non-small-cell lung cancer patients
一种新型液滴数字PCR检测方法的建立和验证,用于非小细胞肺癌患者外周血样本中EGFR突变的超灵敏检测和动态监测
  • DOI:
    10.1016/j.cca.2020.07.003
  • 发表时间:
    2020-11-01
  • 期刊:
    CLINICA CHIMICA ACTA
  • 影响因子:
    5
  • 作者:
    Tang,Chuanhao;Zhu,Lingxiang;Liu,Yi
  • 通讯作者:
    Liu,Yi
Noninvasive and Accurate Detection of Hereditary Hearing Loss Mutations with Buccal Swab Based on Droplet Digital PCR
基于微滴式数字PCR的口腔拭子无创准确检测遗传性听力损失突变
  • DOI:
    10.1021/acs.analchem.8b01096
  • 发表时间:
    2018-08-07
  • 期刊:
    ANALYTICAL CHEMISTRY
  • 影响因子:
    7.4
  • 作者:
    Wang, Fang;Zhu, Lingxiang;Guo, Yong
  • 通讯作者:
    Guo, Yong

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  • 通讯作者:
    任玲灵

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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