应用量子化学从头算（φψχ1）三维势能面提高蛋白质经验分子力场的精度

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    20773160
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    26.0万
  • 负责人：
    汪志祥
  • 依托单位：
    中国科学院大学
  • 学科分类：
    B0301.化学理论与方法
  • 结题年份：
    2010
  • 批准年份：
    2007
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2008-01-01 至2010-12-31

项目摘要

经验分子力场是计算机模拟生物大分子的基础和核心。根据近年来发展起来的快速GB溶剂模型和本人近年来在这方面的探索，我们建议使用更精确的考虑了溶剂效应的量子化学从头算结果来进行与GB溶剂模型匹配的经验力场参数化。该方法包括：（1）利用数值插值的方法，使用量子化学从头算的（φ ψ χ1）三维势能面表示力场中所对应的φ ψ χ1二面角扭转能。（2）根据氨基酸的个性和特性,分组使用不同的势能面。（3）根据量子化学计算的溶剂化能，优化GB半径。该方法可以克服现有力场参数化中出现的一些缺点，提高力场的精度，为今后更准确的模拟生物大分子打下基础。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（15）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
The Catalytic Role of N-Heterocyclic Carbene in a Metal-Free Conversion of Carbon Dioxide into Methanol: A Computational Mechanism Study
N-杂环卡宾在二氧化碳无金属转化为甲醇中的催化作用：计算机制研究
  • DOI：
    10.1021/ja103531z
  • 发表时间：
    2010-09-08
  • 期刊：
    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
  • 影响因子：
    15
  • 作者：
    Huang, Fang;Lu, Gang;Wang, Zhi-Xiang
  • 通讯作者：
    Wang, Zhi-Xiang
Dual folding pathways of an alpha/beta protein from all-atom ab initio folding simulations
全原子从头折叠模拟中α/β蛋白的双折叠途径
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Chemical Physics
  • 影响因子：
    4.4
  • 作者：
    Wu, Chun;Duan, Yong;Wang, Zhi-Xiang;Lei, Hongxing
  • 通讯作者：
    Lei, Hongxing
Ti-Substituted Boranes as Hydrogen Storage Materials: A Computational Quest for Ideal Combination of Stable Electronic Structure and Optimal Hydrogen Uptake
钛取代硼烷作为储氢材料：稳定电子结构和最佳氢吸收理想组合的计算探索
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Chemistry-A European Journal
  • 影响因子：
    4.3
  • 作者：
    Zhang, Shengbai B.;Zhang, Renwu;Chen, Zhongfang;Zhou, Zhen;Wang, Zhi-Xiang;Zhang, Cheng-Gen
  • 通讯作者：
    Zhang, Cheng-Gen
Encumbering the intramolecular pi donation by using a bridge: A strategy for designing metal-free compounds to hydrogen activation
使用桥阻碍分子内 pi 供给：设计无金属化合物进行氢活化的策略
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    科学通报(英文版)
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Lu Gang;Zhao LiLi;Li HaiXia;Wang ZhiXiang
  • 通讯作者：
    Wang ZhiXiang

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其他文献

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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