含OsmC结构域的新型双结构域酯酶的催化机制及其生理功能研究

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    41676180
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    65.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    D0615.极地科学
  • 结题年份:
    2020
  • 批准年份:
    2016
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2017-01-01 至2020-12-31

项目摘要

Two-domain proteins with an osmotically inducible protein C (OsmC) domain and a α/β hydrolase domain are present in many genome sequences of marine bacteria. However, the catalytic properties and physiological role of these two-domain proteins is still unknown. Est22 is a novel two-domain esterase from marine bacterium isolated from arctic surface water, containing an OsmC domain and an Abhydrolase_5 family hydrolase domain. This project intends to study Est22 to illustrate the catalytic properties, catalytic mechanism and physiological role of two-domain proteins containing an OsmC domain. The esterase activity and peroxidase activity of Est22 will be biochemically characterized, and the impact of OsmC domain on the esterase activity of Est22 will also be studied. Structural analysis in combination with mutational and biochemical analysis will reveal the catalytic mechanism of Est22 against esters and/or peroxides and the structural basis for domain-domain interaction. Transcriptional and western analysis under different conditions will tell the expression pattern of Est22, and gene knockout and complementation experiments will show the role of Est22 in environmental adaption of marine bacteria. Our results in this project will provide important basis for illustrating the mechanism for adaption of marine bacteria to polar extreme environments.
含OsmC(Osmotically inducible protein C)结构域和α/β水解酶结构域的双结构域蛋白存在于多个海洋细菌的基因组序列中,但是,关于这类酶的催化特性及其生理作用目前还不清楚。Est22是北极表层海水细菌产生的一个含潜在过氧化酶OsmC结构域和Abhydrolase_5水解酶结构域的新型酯酶。本项目拟以Est22为例研究含OsmC的双结构域酶蛋白的催化特性及其生理作用。首先研究Est22的酯酶活性、过氧化酶活性及OsmC结构域对其酯酶活性的影响,揭示Est22的催化特性。其次,通过结构分析、突变和生化分析,阐明Est22降解酯类和/或过氧化物底物的分子机制及其两个结构域间相互作用的结构基础。最后,通过RT-qPCR分析、蛋白质印迹分析、基因敲除和回补实验,揭示Est22在菌株适应极地海洋环境中所起的生理作用。研究结果将为阐明极地海洋细菌的环境适应机制提供重要依据。

结项摘要

OsmC是一类受渗透压诱导的硫醇依赖型过氧化酶,参与细胞氧化应激防御反应。酯酶结构域可结合OsmC结构域,形成双结构域酯酶。含OsmC的双结构域酯酶存在于多个海洋细菌中。但是,到目前为止,关于这类酶的催化特性及其生理作用还不清楚。本项目中,我们对北极海洋细菌来源的新型酯酶Est22及其同源蛋白进行了异源表达和分离纯化,并对其酶学性质进行了研究。生化分析表明,双结构域酯酶为耐盐的碱性低温酶,这有助于其来源菌适应低温含盐的极地海洋环境。OsmC结构域的缺失不影响酯酶结构域的比活力和底物特异性,但是降低了酯酶结构域的热稳定性。为了研究这一类新型酯酶的催化机制,我们解析了Est22同源蛋白—E45的晶体结构。E45在晶体和溶液中均形成二体。结构上,两个单体主要通过OsmC结构域间相互交叉排列而形成稳定的二体。两个酯酶结构域反向平行排列,呈经典的α/β水解酶折叠结构。通过结构和突变分析揭示出酯酶结构域对酯类底物的水解依赖于催化三联体Ser106、Asp196和His225。OsmC结构域远离酯酶结构域的催化腔,因而OsmC结构域不会影响酯酶活性。两个酯酶结构域间虽然存在相互作用,但是作用面较小。而OsmC结构域间通过相互交叉排列使全酶形成紧密的二聚体,在一定程度上增强了E45中两个酯酶结构域间的相互作用,从而提高了其热稳定性,揭示出OsmC结构域影响E45酯酶热稳定性的结构基础。比较结构分析揭示出,E45中OsmC的二聚体形成方式和催化机制显著不同于已报道的OsmC/Ohr蛋白。不同于已报道的OsmC/Ohr(其活性中心的成对Cys催化残基所在的两个α螺旋均来自同一个OsmC/Ohr单体),E45中OsmC的成对Cys催化残基所在的两个α螺旋分别来自两个OsmC结构域。系统发育分析表明,双结构域酯酶中的OsmC形成一个独立的进化分支,表明双结构域酯酶中的OsmC可能代表了一个新的过氧化酶类群。通过基因敲除和回补实验,揭示出敲除株在H2O2存在条件下的存活率显著低于野生型,进一步表明双结构域中的OsmC具有过氧化酶活性,这有助于其来源菌抵抗过氧化物等环境压力的影响,阐明了含OsmC的双结构域酯酶的潜在生理作用。

项目成果

期刊论文数量(12)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(1)
Structural and molecular basis for the substrate positioning mechanism of a new PL7 subfamily alginate lyase from the arctic
北极新 PL7 亚家族藻酸盐裂解酶底物定位机制的结构和分子基础
  • DOI:
    10.2352/cic.2022.30.1.29
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
  • 影响因子:
    4.8
  • 作者:
    Xu Fei;Chen Xiu-Lan;Sun Xiao-Hui;Dong Fang;Li Chun-Yang;Li Ping-Yi;Ding Haitao;Chen Yin;Zhang Yu-Zhong;Wang Peng
  • 通讯作者:
    Wang Peng
Study on a Novel Cold-Active and Halotolerant Monoacylglycerol Lipase Widespread in Marine Bacteria Reveals a New Group of Bacterial Monoacylglycerol Lipases Containing Unusual C(A/S)HSMG Catalytic Motifs
对海洋细菌中广泛存在的新型冷活性和耐盐单酰甘油脂肪酶的研究揭示了一组新的含有不寻常 C(A/S)HSMG 催化基序的细菌单酰甘油脂肪酶
  • DOI:
    10.3389/fmicb.2020.00009
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
    Frontiers in Microbiology
  • 影响因子:
    5.2
  • 作者:
    Li Ping-Yi;Zhang Yan-Qi;Zhang Yi;Jiang Wen-Xin;Wang Yan-Jun;Zhang Yi-Shuo;Sun Zhong-Zhi;Li Chun-Yang;Zhang Yu-Zhong;Shi Mei;Song Xiao-Yan;Zhao Long-Sheng;Chen Xiu-Lan
  • 通讯作者:
    Chen Xiu-Lan
A New Group of Modular Xylanases in Glycoside Hydrolase Family 8 from Marine Bacteria
来自海洋细菌的糖苷水解酶家族 8 中的一组新的模块化木聚糖酶
  • DOI:
    10.1128/aem.01785-18
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Applied and Environmental Microbiology
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Chen Xiu-Lan;Zhao Fang;Yue Yong-Sheng;Zhang Xi-Ying;Zhang Yu-Zhong;Li Ping-Yi
  • 通讯作者:
    Li Ping-Yi
A Novel Subfamily Esterase with a Homoserine Transacetylase-like Fold but No Transferase Activity
具有高丝氨酸转乙酰酶样折叠但无转移酶活性的新型亚家族酯酶
  • DOI:
    10.1128/aem.00131-17
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
    Applied and Environmental Microbiology
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Li Ping-Yi;Yao Qiong-Qiong;Wang Peng;Zhang Yi;Li Yue;Zhang Yan-Qi;Hao Jie;Zhou Bai-Cheng;Chen Xiu-Lan;Shi Mei;Zhang Yu-Zhong;Zhang Xi-Ying
  • 通讯作者:
    Zhang Xi-Ying
A Novel Subfamily of Endo-beta-1,4-Glucanases in Glycoside Hydrolase Family 10
糖苷水解酶家族 10 中内切-β-1,4-葡聚糖酶的新亚家族
  • DOI:
    10.1128/aem.01029-19
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
    Applied and Environmental Microbiology
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Zhao Fang;Cao Hai-Yan;Zhao Long-Sheng;Zhang Yi;Li Chun-Yang;Zhang Yu-Zhong;Li Ping-Yi;Wang Peng;Chen Xiu-Lan
  • 通讯作者:
    Chen Xiu-Lan

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    面上项目
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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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