肌红蛋白的分子设计及其多重生物催化功能的比较研究

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31370812
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    80.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0506.糖、脂生物化学
  • 结题年份:
    2017
  • 批准年份:
    2013
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2014-01-01 至2017-12-31

项目摘要

How the same heme protein performs different biological functions in different biological conditions is a current research focus in chemical biology. Myoglobin (Mb) is a representative of such heme proteins. Besides the well-known function of oxygen storage and delivery, it has multiple biological catalysis functions, including nitrite reductase activity, peroxidase activity and hydrolysis activity, etc. Protein molecular design is an efficient approach to probe the structural and functional relationship of heme proteins. However, currently it is still short of deeper studies in terms of the role of the same specific structural component within Mb in different biological catalytic functions, as well as the relation among the multiple biological catalysis functions. Therefore, based on our recent research, this proposal plans to carry out a deeper comparative study of the multiple catalytic functions of Mb, by using protein engineering, X-ray crystallography and modern spectroscopic techniques, etc., and to probe the roles of key amino acids in the active site and the metal ions in regulating catalysis. It is then to establish the relationship between structure and multiple biological catalysis functions, which will expand our knowledge of the structural and functional relationship of heme proteins. The designed enzymes with controllable functions based on Mb in this proposal have potential applications. Moreover, this proposal provides scientific clues for rational design of other novel functional proteins.
相同的血红素蛋白如何在不同的生理条件下执行不同的生物功能,是当前化学生物学的一个研究热点。肌红蛋白(Mb)就是其中的典型代表,除被人们所熟知的贮存和运输氧功能外,还执行多重生物催化功能,包括亚硝酸盐还原酶、过氧化物酶和水解酶催化功能等。蛋白质分子设计是探索血红素蛋白结构与功能关系的一种非常有效的手段。然而,目前对Mb中相同特定结构基元在不同生物催化功能中的作用,以及多重生物催化功能之间的内在联系仍缺乏深入研究。因此,基于我们近期的研究基础,本项目拟通过蛋白质工程、晶体学方法和现代光谱学实验技术等,对Mb多重生物催化功能进行深入地比较研究,探索活性中心关键氨基酸以及金属离子的调控作用,进而建立结构及多重生物催化功能之间的内在联系,拓宽对血红素蛋白结构与功能关系的全面认识。本项目基于Mb分子设计的功能可控的生物酶分子具有一定的应用前景,而且本项目也为其它新型功能蛋白的分子设计提供了科学的指导。

结项摘要

相同的血红素蛋白如何在不同的生理条件下执行不同的生物功能,是当前化学生物学的一个研究热点。肌红蛋白(Myoglobin,Mb)就是其中的典型代表,除被人们所熟知的贮存和运输氧功能外,还执行多重生物催化功能,包括亚硝酸盐还原酶、过氧化物酶和水解酶催化功能等。蛋白质分子设计是探索血红素蛋白结构与功能关系的一种非常有效的手段。然而,目前对Mb 中相同特定结构基元在不同生物催化功能中的作用,以及多重生物催化功能之间的内在联系仍缺乏深入研究。本项目对Mb进行了分子设计,包括血红素中心的重新设计、酪氨酸氢键网络的设计、分子内二硫键的设计、血红素蛋白质翻译后修饰、结构域交换、以及血红素辅基的替换等手段,构建了一系列高效的、功能可控的人工亚硝酸盐还原酶、人工过氧化物酶、以及人工水解酶分子等。其中,有些设计的人工酶分子具有优于天然酶的催化效率,如双突变体蛋白F43Y/F138W Mb的脱色催化效率是天然脱色过氧化物酶(来源于Vibrio cholerae)的~4.3倍。而且,本项目研究发现了一种新颖的血红素蛋白后修饰方式,即在突变体F43Y Mb中,血红素4-乙烯基与酪氨酸Tyr43羟基形成C-O键。本项目通过蛋白质工程、晶体学方法和现代光谱学实验技术等,对Mb 多重生物催化功能进行了深入地比较研究,探索了活性中心关键氨基酸以及金属离子的调控作用,建立了结构及多重生物催化功能之间的内在联系,拓宽了对血红素蛋白结构与功能关系的全面认识。本项目按照项目计划书进行了项目研究,获得了预期研究成果,累计解析了12个Mb突变体蛋白晶体结构,发表了多篇研究论文以及综述论文。而且,还进行了一些拓展研究,如设计了具有双活性中心(血红素中心+金属离子中心或双血红素中心)的人工金属蛋白分子。本项目基于Mb 分子设计的功能可控的生物酶分子具有一定的应用前景,而且本项目也为其它新型功能蛋白的分子设计提供了科学的指导。

项目成果

期刊论文数量(26)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
基于蛋白质骨架的人工水解酶的理性设计
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
    化学进展
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    赵媛;曾金;林英武
  • 通讯作者:
    林英武
Understanding the choice copper by heme-copper oixdase using biosynthetic models in myoglobin.
使用肌红蛋白生物合成模型了解血红素铜氧化酶对铜的选择。
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
    Inorg Chem Front
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Ying-Wu Lin
  • 通讯作者:
    Ying-Wu Lin
Hydrogen-bonding network in heme active site regulates the hydrolysis activity of myoglobin
血红素活性位点的氢键网络调节肌红蛋白的水解活性
  • DOI:
    10.1016/j.molcatb.2014.11.008
  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
    J Mol Catal B: Enzym
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Zeng Jin;Yuan Zhao;Wei Li;Xiangshi Tan;Ge-Bo Wen;Ying-Wu Lin
  • 通讯作者:
    Ying-Wu Lin
Rational Design of Dual Active Sites in a Single Protein Scaffold: A Case Study of Heme Protein in Myoglobin.
单一蛋白支架中双活性位点的合理设计:肌红蛋白中血红素蛋白的案例研究
  • DOI:
    10.1002/open.201500224
  • 发表时间:
    2016-06
  • 期刊:
    CHEMISTRYOPEN
  • 影响因子:
    2.3
  • 作者:
    Shu, Xiao-Gang;Su, Ji-Hu;Du, Ke-Jie;You, Yong;Gao, Shu-Qin;Wen, Ge-Bo;Tan, Xiangshi;Lin, Ying-Wu
  • 通讯作者:
    Lin, Ying-Wu
Mimicking a Natural Enzyme System: Cytochrome c Oxidase-Like Activity of Cu2O Nanoparticles by Receiving Electrons from Cytochrome c
模仿天然酶系统:通过从细胞色素 c 接收电子来实现 Cu2O 纳米颗粒的细胞色素 c 氧化酶样活性。
  • DOI:
    10.1021/acs.inorgchem.7b01393
  • 发表时间:
    2017-08-21
  • 期刊:
    INORGANIC CHEMISTRY
  • 影响因子:
    4.6
  • 作者:
    Chen, Ming;Wang, Zhonghua;Lin, Ying-Wu
  • 通讯作者:
    Lin, Ying-Wu

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其他文献

细胞色素b5-蛋白质相互作用研究
  • DOI:
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  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    化学进展
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    林英武
  • 通讯作者:
    林英武
壳聚糖调控金属-Salen配合物的分子模拟
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    南华大学学报(自然科学版)
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    林英武;李文军;廖力夫
  • 通讯作者:
    廖力夫
细胞色素b5 /细胞色素C相互作用的光谱研究
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
    Spectrochimica Acta Part A: Molecular and Biomolecular Spectroscopy
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    孙美慧;刘双全;杜克军;聂长明;林英武
  • 通讯作者:
    林英武
Steric Effect Modulating the Structures of Trinuclear Zinc Carboxylate Frameworks
位阻效应调节三核羧酸锌骨架结构
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
    Chinese Journal of Structural Chemistry
  • 影响因子:
    2.2
  • 作者:
    谢睿;王小峰;林英武;文格波
  • 通讯作者:
    文格波

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AI项目解读示例

课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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