基于EST-SSR分子标记的柞蚕品种遗传多样性分析

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31601876
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    20.0万
  • 负责人：
    谌苗苗
  • 依托单位：
    辽宁省农业科学院
  • 学科分类：
    C0405.动物资源与保护
  • 结题年份：
    2019
  • 批准年份：
    2016
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2017-01-01 至2019-12-31

项目摘要

The stocking of Chinese oak silkworm, Antheraea pernyi, is the main industry of peasants in China, especially, in the North mountainous. At present, a total of 124 inbred strain resources, which are divided into different voltinism, skin color, and geosystem, are kept in major producing areas. However, the knowledge on the genetic diversity and evolutionary relationships of these inbred strains remains unclear, due to the lower level of molecular research in this industry. To some extent, it limits the reasonable protection and sustainable utilization of inbred strain resources. To address this key question related to the production of A. pernyi industry, in this project, we will develop EST-SSR molecular markers from the transcriptome data of A. pernyi; and screen plenty of SSRs on the method we had used sucessfully. Ultimately, we will detect the diversity of inbred strain resources; to determine the genetic diversity and genetic structure of these inbred strains; and to reconstruct the strain differentiation relationships. The results obtained in this project will provide the theorical evidences for clarifying the genetic and evolutionary basis of inbred strain resources, and utilization and reservation of these inbred strain resources of A. pernyi.
柞蚕放养不但是我国的特色产业，而且是北方山区农民致富的主要产业。目前，柞蚕主产省区保存有124 个品种资源（分属于不同化性、体色和地理系统），由于该产业的分子研究水平较为薄弱，现存品种资源的遗传多样性与系统进化关系仍不清楚，在一定程度上限制了柞蚕品种资源的合理保护和持续利用。为了解决这一柞蚕学科的关键科学问题，本项目拟利用已获得的柞蚕转录组数据开发EST-SSR分子标记。并应用已建立的柞蚕EST-SSR标记筛选技术，获得大量可用的SSR分子标记。最终对现行柞蚕品种的遗传多态性进行鉴定，解析品种资源的遗传多样性和遗传结构，构建基于等位基因频率的品种分化关系。所获结果将为明确柞蚕品种资源的遗传多样性现状、品种的遗传关系，为柞蚕品种资源的合理利用和保护提供依据。

结项摘要

柞蚕放养不但是我国的特色产业，而且是北方山区农民致富的主要产业。目前，柞蚕主产区保存有124份种质资源（分属于不同化性、体色和地理系统）。由于柞蚕的分子研究水平较为薄弱，现存种质的遗传多样性与系统进化关系仍不清楚，在一定程度上限制了柞蚕种质资源的合理保护和持续利用。本项目利用柞蚕转录组数据开发大量的EST-SSR分子标记，并应用已建立的EST-SSR标记筛选技术，获得可用的柞蚕EST-SSR分子标记。然后对现行柞蚕种质的遗传多样性进行鉴定，解析种质资源的遗传结构，构建基于等位基因频率的品种分化关系，以解决这一柞蚕产业的关键科学问题。现已获得以下重要结果：① 开发293对可扩增且产物长度相符的EST-SSR引物，通过产物多态性检测、测序与比对，验证其中100对包含80个可应用的EST-SSR标记。② 基于35个柞蚕EST-SSR标记，分析了15个品种的遗传多样性，进一步确定了柞蚕中等程度的遗传多样性，约66%的遗传变异存在于品种/品系内的个体间。③ 利用距离聚类与模型聚类两种统计方法，在15个品种间获得相似的遗传分化关系，揭示了柞蚕品种间较明显地理性聚类关系和部分地体色聚类关系。④ 来自15个品种的150个柞蚕个体的聚类结果，揭示了育成时间较长以及具有特殊表型性状的柞蚕品种纯度较高。所获结果可为明确部分柞蚕种质的遗传多样性现状、品种的遗传关系，为柞蚕种质资源的保护与合理利用提供依据。

项目成果

期刊论文数量（4）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
柞蚕的热应激行为表现及 2 个热激蛋白家族基因的表达特征
  • DOI：
    10.13441/j.cnki.cykx.2018.02.010
  • 发表时间：
    2018
  • 期刊：
    蚕业科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    张博;谌苗苗
  • 通讯作者：
    谌苗苗
基于EST-SSR标记的柞蚕遗传多样性分析
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    蚕业科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    钟亮;谌苗苗
  • 通讯作者：
    谌苗苗
RAD-seq 技术在柞蚕 SNP 开发及遗传图谱构建中的应用前景
  • DOI：
    10.13441/j.cnki.cykx.2018.05.016
  • 发表时间：
    2018
  • 期刊：
    蚕业科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    钟亮;谌苗苗
  • 通讯作者：
    谌苗苗
不同柞蚕品种的热应激反应差异及2个热激蛋白基因的表达特征
  • DOI：
    10.13441/j.cnki.cykx.2019.01.010
  • 发表时间：
    2019
  • 期刊：
    蚕业科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    谌苗苗;冀万杰
  • 通讯作者：
    冀万杰

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其他文献

基于EST数据的柞蚕SSR标记开发
  • DOI：
    10.13441/j.cnki.cykx.2016.01.011
  • 发表时间：
    2016
  • 期刊：
    蚕业科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    郑茜茜;马红方;谌苗苗;钟亮;李群;王欢;夏润玺;李喜升;王凤成;刘彦群
  • 通讯作者：
    刘彦群

其他文献

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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