基于蛋白质组芯片的全局性新酶发现技术的建立

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31000388
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    20.0万
  • 负责人：
    陶生策
  • 依托单位：
    上海交通大学
  • 学科分类：
    C2103.生命组学技术
  • 结题年份：
    2013
  • 批准年份：
    2010
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2011-01-01 至2013-12-31

项目摘要

任何已知物种的基因组中均有相当一部分基因（18％-29％）所编码的蛋白质具有酶学活性，这些酶涉及到了几乎所有的细胞过程和代谢反应，并且与疾病和医药密切相关。全基因组序列测定为从蛋白质组层次进行新酶的发现研究提供了可能，同时也提出了迫切的要求。但是目前缺乏从事这方面研究的有效技术手段。蛋白质组芯片具有从蛋白质组层次进行新酶发现的潜力，但是需要对常规的实验模式进行突破。针对酶发现研究的急迫性，本项目将利用蛋白质组芯片的高通量、快速平行分析的优势，在已有的大肠杆菌蛋白质组芯片技术平台的基础上，以DNA酶的全局性发现为目标，初步建立基于蛋白组芯片的新酶发现技术。

结项摘要

本项目已建立一种可在蛋白质组水平上对具有特定酶活的蛋白质进行高通量、快速和低成本发现的技术。 该技术基于蛋白质组芯片，一次纯化所得到的蛋白质足可以用于2,000片以上的蛋白质组芯片的制备，因而具有明显的优势：首先，蛋白质和底物用量少。对蛋白质和底物的需求量相比于常规的生化技术至少要减少1,000倍，可以大大降低实验的成本；其次，实验周期短。通常在几个小时到1天内即可完成一种酶的初步筛查，比传统的方法缩短几十到几百倍；最后，灵活并且有较强的通用性。采用该技术可以在一次实验中进行多种底物和多种反应条件的比较。如转换到一种新酶的筛查，只需设计新的底物和反应条件而无需重新纯化蛋白质。可从方便的从一种蛋白质组芯片，如大肠杆菌蛋白质组芯片，切换到酿酒酵母蛋白质组芯片和人蛋白质组芯片，从而可在不同的物种中寻找同种或同类酶。基于我们具备的成熟的大肠杆菌蛋白质组芯片实验平台；DNA酶活力分析的简便性以及前期DNA限制性内切酶实验的成功，我们将大肠杆菌蛋白质组芯片与DNA酶的发现相结合，建立起了基于蛋白质组芯片的新酶发现技术，发现了一种新的DNA酶，并对其进行了详细的功能验证。.具体的研究成果包括标准本基金资助的SCI论文11篇，核心期刊论文2篇，申请专利8项，培养博士后1名、研究生4名。.

项目成果

期刊论文数量（13）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Profiling Lipid-protein Interactions Using Nonquenched Fluorescent Liposomal Nanovesicles and Proteome Microarrays
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  • DOI：
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  • 发表时间：
    2012-11-01
  • 期刊：
    MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
  • 影响因子：
    7
  • 作者：
    Lu, Kuan-Yi;Tao, Sheng-Ce;Chen, Chien-Sheng
  • 通讯作者：
    Chen, Chien-Sheng
BAG3 Interactome Analysis Reveals a New Role in Modulating Proteasome Activity
BAG3 相互作用组分析揭示了调节蛋白酶体活性的新作用
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    Molecular & Cellular Proteomics
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    陶生策
  • 通讯作者：
    陶生策
O-GlcNAc糖基化功能研究最新进展
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
    生命科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    陶生策
  • 通讯作者：
    陶生策
Functional protein microarray: an ideal platform for investigating protein binding property
功能蛋白微阵列：研究蛋白质结合特性的理想平台
  • DOI：
    10.1007/s11515-012-1236-9
  • 发表时间：
    2012-06
  • 期刊：
    Front. Biol.
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    陶生策
  • 通讯作者：
    陶生策
Protein Microarray: An Ideal Platform for Systems Biology
蛋白质微阵列：系统生物学的理想平台
  • DOI：
    10.1007/978-94-007-4819-4_5
  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
    Systems Biology and Network Modeling in Cancer Research and Drug Discovery
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Wang ZX et al.
  • 通讯作者：
    Wang ZX et al.

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  • 通讯作者：
    张永莲

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肺结核分枝杆菌类泛素连接酶先导抑制剂的发现及功能研究
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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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