基于深度学习的新型线粒体复合物II和复合物III双靶点抑制剂的合理设计及杀菌活性研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    21907036
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    26.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    B0706.药物化学生物学
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2019
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2020-01-01 至2022-12-31

项目摘要

Mitochondrial respiratory chain complex II and complex III are the most cutting-edges and popular targets in the field of fungicide research. However, since the two types of fungicides (targeted to complex II or complex III) have been listed in the market, their resistance reports have become more and more common. Fungicide resistance has become a great challenge for further development of these two types of fungicides. At present, there is no report on the cross-resistance of these two types of fungicides. Therefore, designing of dual-target inhibitors for both targets to achieve “two-pronged approach” is an effective way to increase drug efficacy while reducing the risk of resistance. However, the establishment of a reasonable design method to find dual-target inhibitors of complex II and complex III is a key scientific problem. Artificial intelligence (AI) deep learning can be used to predict the structure-activity relationship of small molecules just based on their structure data. It is a challenging, cutting-edge and new technology to drug design. This project will comprehensively apply multi technologies such as AI deep learning, computational chemistry, organic synthesis, chemical biology, etc,design and train deep learning program to deeply understand the difference of mechanism and structure-activity relationship between single-target and dual-target inhibitors, based on the program, the novel dual-target inhibitors will be screened and designed. The implementation of this project can provide leading compounds for further developments of novel complex II and complex III dual-target inhibitors.
线粒体呼吸链复合物II和复合物III是杀菌剂研究领域中最前沿、最热门的靶点。然而,自两类杀菌剂上市以来,其抗性报道也越来越普遍,抗药性已经成为制约这两类杀菌剂进一步发展的巨大挑战。目前还没有这两类杀菌剂交互抗性的报道,因此,针对两种靶标设计双靶点抑制剂实现“双管齐下”,是提高药效的同时又降低抗性风险的一条有效途径。但是,如何建立合理的设计方法发现复合物II和复合物III双靶点抑制剂是一个关键科学问题。人工智能深度学习能够能够从简单的分子结构数据出发预测小分子的构效关系,是药物设计的一种重要的前沿新技术。本项目将综合运用深度学习、计算化学、有机合成及化学生物学等多学科交叉融通的技术,设计并训练深度学习程序,在深入理解单靶点和双靶点抑制剂作用机制和构效关系差异的基础上,筛选并设计出新颖的双靶点抑制剂。本项目的实施可以为进一步研发新型复合物II和复合物III双靶点抑制型杀菌剂提供先导化合物。

结项摘要

线粒体呼吸链复合物II和复合物III是杀菌剂研究领域中最前沿、最热门的靶点。然而,自两类杀菌剂上市以来,其抗性报道也越来越普遍,抗药性已经成为制约这两类杀菌剂进一步 发展的巨大挑战。目前还没有这两类杀菌剂交互抗性的报道,因此,针对两种靶标设计双靶点 抑制剂实现“双管齐下”,是提高药效的同时又降低抗性风险的一条有效途径。但是,如何建 立合理的设计方法发现复合物II和复合物III双靶点抑制剂是一个关键科学问题。人工智能深度学习能够能够从简单的分子结构数据出发预测小分子的构效关系,是药物设计的一种重要的 前沿新技术。本项目将综合运用深度学习、计算化学、有机合成及化学生物学等多学科交叉融通的技术,设计并训练深度学习程序,在深入理解单靶点和双靶点抑制剂作用机制和构效关系差异的基础上,筛选并设计出新颖的双靶点抑制剂。本项目在主要的人工智能和大数据科学问题上存在有5个方面的工作:开展了深度学习算法对化学品蜜蜂毒性预测模型算法的研究工作、开展了靶标蛋白质结构预测及相互作用预测工作、开展了基于分子动力学模拟预测翻译后修饰对蛋白质动力学的影响的研究工作、开展了深度学习算法对化学品水生生物毒性预测模型算法的研究工作、开展了农药大数据平台的创建工作,本项目执行期内开发了5个开放服务器工具,已发表了SCI论文4篇,2篇SCI论文正在投稿中。本项目的实施为进一步研发新型复合 物II和复合物III双靶点抑制型杀菌剂提供了方法、工具和先导化合物。

项目成果

期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(1)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
PTMdyna: exploring the influence of post-translation modifications on protein conformational dynamics
PTMdyna:探索翻译后修饰对蛋白质构象动力学的影响
  • DOI:
    10.1093/bib/bbab424
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Briefings in Bioinformatics
  • 影响因子:
    9.5
  • 作者:
    Xing-Xing Shi;Zhi-Zheng Wang;Yu-Liang Wang;Guang-Yi Huang;Jing-Fang Yang;Fan Wang;Ge-Fei Hao;Guang-Fu Yang
  • 通讯作者:
    Guang-Fu Yang
Graph attention convolutional neural network model for chemical poisoning of honey bees’ prediction
用于蜜蜂化学中毒预测的图注意力卷积神经网络模型
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
    Science Bulletin
  • 影响因子:
    18.9
  • 作者:
    Fan Wang;Jing-Fang Yang;Meng-Yao Wang;Chen-Yang Jia;Xing-Xing Shi;Ge-Fei Hao;Guang-Fu Yang
  • 通讯作者:
    Guang-Fu Yang
G-quadruplexes in genomes of viruses infecting eukaryotes or prokaryotes are under different selection pressures from hosts
感染真核生物或原核生物的病毒基因组中的G-四链体面临来自宿主的不同选择压力
  • DOI:
    10.1016/j.jgg.2021.08.018
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    Journal of Genetics and Genomics
  • 影响因子:
    5.9
  • 作者:
    Li Zhen;Qian Sheng Hu;Wang Fan;Mohamed Hany I;Yang Guangfu;Chen Zhenxia;Wei Dengguo
  • 通讯作者:
    Wei Dengguo
PIIMS Server: A Web Server for Mutation Hotspot Scanning at the Protein-Protein Interface
PIIMS 服务器:用于蛋白质-蛋白质界面突变热点扫描的 Web 服务器
  • DOI:
    10.1093/mnras/stt507
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Journal of Chemical Information and Modeling
  • 影响因子:
    5.6
  • 作者:
    Wu Feng-Xu;Yang Jing-Fang;Mei Long-Can;Wang Fan;Hao Ge-Fei;Yang Guang-Fu
  • 通讯作者:
    Yang Guang-Fu

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其他文献

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    祝建芳
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  • 期刊:
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  • 作者:
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  • 通讯作者:
    张鹏鸣
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  • 发表时间:
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  • 作者:
    王凡;蒋书波;胡佳琳
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  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
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  • 作者:
    曾景奇;黄枫;姜自伟;王凡;李悦;虎群盛
  • 通讯作者:
    虎群盛

其他文献

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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