Imputation法及其在MHC区域易感基因搜寻中的应用

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31000528
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    19.0万
  • 负责人：
    左先波
  • 依托单位：
    安徽医科大学
  • 学科分类：
    C0608.生物数据资源与分析方法
  • 结题年份：
    2013
  • 批准年份：
    2010
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2011-01-01 至2013-12-31

项目摘要

本课题组已经成功完成了对银屑病，系统性红斑狼疮，麻风，白癜风，特应性皮炎和食管癌患者的全基因关联分析，建立了覆盖62 万个SNP 的8494个体的分型数据库。由于MHC区域里的SNP具有很强的连锁不平衡(Linkage Disequilibrium, LD)关系，所以确定疾病易感基因的真正关联信号是一个科学难题。基于此，本课题组拟探索并发展一种新的数据分析思路，把SNP信号与经典HLA等位基因联系起来，以期能发现MHC区域的真正关联信号，改变MHC区域易感基因研究无从下手的局面。并应用此方法对上述复杂疾病MHC区域进行易感基因搜寻，并在不同人群/人种中经行验证，筛选出更多的疾病易感基因，为阐明疾病的发病机制、风险预测和诊断治疗提供依据，为今后研究MHC区域内的易感基因提供基础。

结项摘要

HLA是目前已知的具有最复杂多态性的人类基因系统，且免疫应答基因多位于HLA复合体内。经典HLA等位基因与自身免疫病的关联密切。近年来，通过全基因关联分析搜寻近百种复杂疾病的易感基因，发现近300个于疾病相关的位点，其中包括以前没有检测到的与疾病密切相关的基因及部分未知基因位于MHC区域或非MHC区域。然而，MHC区域里的SNP具有很强的连锁不平衡，即使在MHC区域发现关联信号，也很难确定此区域里真正的关联基因。鉴于MHC区域在疾病发生发展过程中的重要作用，人们不可避免地需要确定MHC区域的疾病易感基因。只有利用更为有效的统计学分析方法才能解决相关的难题，Imputation法是以HapMap人群为参考人群，用SNP的基因分型数据推演经典HLA等位基因的信息，并做关联分析和logistic回归分析的新的统计学方法。该方法建立在已分型的SNP基础上，不需要重新做实验，有效节约时间和经费成本，精确率很高。在这个项目的资助下，我们通过Imputation的方法对自身免疫性疾病，如：白癜风、侧索肌萎缩硬化症、SLE、瘢痕疙瘩的MHC区域易感基因搜寻研究中取得了很大的成就。对侧索肌萎缩硬化症的GWAS研究中，通过多重检验分析以及Imputation的方法，发现2个与ALS相关的易感位点；对白癜风的遗传学研究发现MHC区域的变异与白癜风表型之间的关系；在本课题的资助下，对SLE的Meta分析发现与疾病相关的易感位点或基因，发现相关的遗传变异与SLE亚型之间的关系以及致病通路中基因间的相互作用；在分析疤痕疙瘩与HLA相关性研究中，发现HLA区域与疾病相关的单倍型；此方法应用于复杂疾病GWAS研究中MHC区域和非MHC区域，并成功鉴定出与疾病相关联的信号。本项目的开展，对复杂疾病全基因组关联分析研究数据分析具有重要意义，是其分析方法的重要补充。在完善搜寻的易感基因起着积极的推动作用，进而为将来的疾病的临床诊断、治疗、预防及风险预测奠定坚实的理论基础。

项目成果

期刊论文数量（8）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
The association between a single nucleotide polymorphism rs11966200 in MHC region and clinical features of generalized vitiligo in Chinese Han population.
MHC区rs11966200单核苷酸多态性与中国汉族人群全身性白癜风临床特征的相关性
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    Molecular Biology Reports
  • 影响因子：
    2.8
  • 作者：
    Yang S;Liu JL;Zhang C;Hu da Y;He SM;Zuo XB;Wang PG;Sun LD;Zhang XJ
  • 通讯作者：
    Zhang XJ
Association of HLA haplotype with keloids in Chinese Hans
中国汉族HLA单倍型与瘢痕疙瘩的相关性
  • DOI：
    10.1016/j.burns.2011.01.003
  • 发表时间：
    2011-08-01
  • 期刊：
    BURNS
  • 影响因子：
    2.7
  • 作者：
    Lua, Wen-Sheng;Zuo, Xian-Bo;Zhang, Xue-Jun
  • 通讯作者：
    Zhang, Xue-Jun
Meta-analysis Followed by Replication Identifies Loci in or near CDKN1B, TET3, CD80, DRAM1, and ARID5B as Associated with Systemic Lupus Erythematosus in Asians
荟萃分析和复制确定了 CDKN1B、TET3、CD80、DRAM1 和 ARID5B 中或附近的位点与亚洲人系统性红斑狼疮相关。
  • DOI：
    10.1016/j.ajhg.2012.11.018
  • 发表时间：
    2013-01-10
  • 期刊：
    AMERICAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS
  • 影响因子：
    9.8
  • 作者：
    Yang, Wanling;Tang, Huayang;Lau, Yu Lung
  • 通讯作者：
    Lau, Yu Lung
A single nucleotide polymorphisms rs4639966 in 11q23.3 is associated with clinical features of systemic lupus erythematosus in Chinese population
11q23.3位点rs4639966单核苷酸多态性与中国人群系统性红斑狼疮临床特征相关
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
    Lupus
  • 影响因子：
    2.6
  • 作者：
    Sheng YJ, Gao JP, Tang HY,Zuo XB, Cui Y, Zhang XJ
  • 通讯作者：
    Sheng YJ, Gao JP, Tang HY,Zuo XB, Cui Y, Zhang XJ
A single nucleotide polymorphism rs9468925 of MHC region is associated with clinical features of generalized vitiligo in Chinese Han population
MHC区rs9468925单核苷酸多态性与中国汉族人群全身性白癜风的临床特征相关
  • DOI：
    10.1111/j.1468-3083.2011.04259.x
  • 发表时间：
    2012-09
  • 期刊：
    JOURNAL OF THE EUROPEAN ACADEMY OF DERMATOLOGY AND VENEREOLOGY
  • 影响因子：
    9.2
  • 作者：
    Liu, JianIan;Tang, HuaYang;Zuo, XianBo;Liang, Bo;Wang, PeiGuang;Sun, LiangDan;Yang, Sen;Zhang, XueJun
  • 通讯作者：
    Zhang, XueJun

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其他文献

PＲKAG2 多态性与特应性皮炎的相关性研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2015
  • 期刊：
    安徽医科大学学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    李龙年;郑晓东;左先波;肖风丽
  • 通讯作者：
    肖风丽
SNP rs10876864与汉族人白癜风临床表型相关性研究
  • DOI：
    10.13735/j.cjdv.1001-7089.201603011
  • 发表时间：
    2016
  • 期刊：
    中国皮肤性病学杂志
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    陈梦云;沈长兵;左先波;孙良丹;杨森;唐先发;张学军
  • 通讯作者：
    张学军

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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