稻属AA-基因组物种中茉莉素相关miRNAs的鉴定和进化研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31801326
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    25.0万
  • 负责人：
    尹国英
  • 依托单位：
    华南农业大学
  • 学科分类：
    C1307.作物基因组及遗传学
  • 结题年份：
    2021
  • 批准年份：
    2018
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2019-01-01 至2021-12-31

项目摘要

AA-genome Oryza species is a advantaged model species for studying molecular biology and developmental biology. miRNA was closely related to traits differentiation during species evolution, it was interact with JAs signaling pathway to regulate plant stress resistance also.Now, the study on the role of JA-related miRNAs is still very limited.In this study,we will further screen JA-related miRNAs from newly generated and duplication generated miRNAs in AA-genome Oryza species and identify their target genes. Based on the previous studies,we’ll explore the gain/loss of these miRNAs,study the co-evolution of MIRNA-mediated gene regulatory system,analyze their expression and evolutionary patterns,verify their functions and the regulatory mechanisms of JAs.In conclusion,we will synthesize the genotypes,expression profiles,phenotypic and functional characters to further analyse the evolution patterns and functional mechanisms of JA-related miRNAs in AA-genome Oryza species.
稻属AA-基因组物种是研究进化和环境适应机制的理想模式植物，在物种进化中miRNA与重要性状的形成息息相关。研究表明，miRNA可以作用于植物茉莉素信号途径，目前，有关miRNA与茉莉素作用的研究还十分有限。本项目在已有工作基础上，以稻属AA-基因组物种为材料，从进化产生的miRNAs中鉴定茉莉素相关的miRNAs并确定其靶基因。在序列水平，研究这些miRNAs在稻属AA-基因组物种中的生灭及与靶基因协同进化的调控体系；在表达水平，分析茉莉素相关miRNAs的表达及演化模式；在表型水平，利用转基因技术研究茉莉素相关的关键miRNAs对胁迫应答的表型效应及功能；最后，分析miRNAs参与茉莉素调控的分子基础，构建miRNAs基因调控网络并探讨其演化规律。综合基因型、表达谱、表现型和功能分析，全面系统地认识稻属AA-基因组物种中茉莉素相关miRNAs的进化模式及其参与茉莉素调控的功能机制。

结项摘要

采用small-RNA测序首次注释了稻属AA基因组8个物种根、剑叶、穗、幼苗4个组织中的miRNAs，我们从稻属AA基因组8个物种中鉴定到110个miRNA家族，其中42个是本次新鉴定的miRNA家族（novel miRNA），进化动力学分析发现miRNAs在稻属AA基因组中不断重复产生和二次丢失，且具有时空表达特异性，其中穗差异表达miRNAs数量和表达模式在不同物种间变化较大。进一步根据序列特征分析发现，稻属AA基因组共有92个miRNA家族含有MeJA调控元件，这些miRNAs大多在进化上保守，一部分在进化过程中重复产生并二次丢失，其中miR395家族和进化重复产生的novel-r等miRNAs与茉莉酸调控相关密切。miR395家族在稻属AA基因组中明显扩增，且成簇分布且集中在同一染色体上，由同一个启动子转录。利用RT-PCR实验证明MeJA处理后亚洲栽培稻中miR395的表达量发生改变，并存在组织和物种特异性。在此基础上，我们对miR5490、miR1868、miR396-6、miR440-1、miR6248-2和茉莉酸相关 miR395s、novel-r等多个miRNAs进行功能验证。通过构建STTM和MIRNA过表达转基因株系，实时荧光定量PCR、RACE、双荧光素酶报告实验和茉莉酸应答实验等，证明进化过程中重复产生的novel-r及其靶基因LOC_Os04g48750.1参与茉莉酸应答。基于上述研究，本项目结合生物信息学和分子生物学系统地揭示了稻属AA基因组物种适应性进化过程中产生的miRNAs在茉莉素信号途径中的调控规律。

项目成果

期刊论文数量（1）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Genome-Wide Analysis of CCT Transcript Factors to Identify Genes Contributing to Photoperiodic Flowering in Oryza rufipogon
对 CCT 转录因子进行全基因组分析，以鉴定有助于野生稻光周期开花的基因
  • DOI：
    10.3389/fpls.2021.736419
  • 发表时间：
    2021
  • 期刊：
    Frontiers in Plant Science
  • 影响因子：
    5.6
  • 作者：
    Peng X;Tun W;Dai SF;Li JY;Zhang QJ;Yin GY;Yoon J;Cho LH;An G;Gao LZ
  • 通讯作者：
    Gao LZ

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--"}}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--" }}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--"}}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

其他文献

其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--" }}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--"}}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--" }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}
empty
内容获取失败，请点击重试
重试联系客服
title开始分析
查看分析示例
此项目为已结题，我已根据课题信息分析并撰写以下内容，帮您拓宽课题思路：

AI项目思路

AI技术路线图

相似国自然基金

{{ item.name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 批准年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}

相似海外基金

{{ item.name }}
{{ item.translate_name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 财政年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}
{{ showInfoDetail.title }}

作者：{{ showInfoDetail.author }}

知道了

AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
关闭
close
客服二维码