EB病毒基因BPLF1通过调控DNA损伤与基因组不稳定在NK/T细胞淋巴瘤中的作用

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    81900191
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    20.0万
  • 负责人：
    韩博炜
  • 依托单位：
    南方医科大学
  • 学科分类：
    H0810.淋巴瘤与淋巴细胞疾病
  • 结题年份：
    2022
  • 批准年份：
    2019
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2020-01-01 至2022-12-31

项目摘要

Extranodal NK/T cell lymphoma (NKTCL) is an aggressive form of lymphoma with geographical prevalence in Asian and South American populations. Epstein-Barr virus (EBV) has been strongly associated with NKTCL; however, the role of EBV in KTCL is unclear. Based on whole-genome DNA sequencing data derived from NKTCL tumor biopsy samples, we identified a set of single nucleotide variants of BPLF1 were specifically enriched in EBV isolates from NKTCL samples, and tumor tissues with more BPLF1 variants have more somatic mutations and structural variations in host genomes. Moreover, DNA damage levels were decreased upon knocking down the variation type of BPLF1 in NKTCL cells, suggesting variation type of BPLF1 might regulate DNA damage and genomic instability levels of host cells, and consequently participate in occurrence and development. Here, we aim to screen BPLF1 variants associated with NKTCL occurrence and prognosis using larger sample cohorts, and characterize the biological function, downstream targets, and regulation mechanisms of BPLF1 in NKTCL. Our study will help to illustrate the underlying roles of EBV in tumorigenesis and tumor development, and will provide new theoretical basis and therapeutic target for EBV associated tumors.
结外NK/T细胞淋巴瘤（extranodal NK/T cell lymphoma, NKTCL）高发于亚洲和拉丁美洲，发病与Epstein-Barr病毒（EB病毒）感染密切相关，但具体机制不明。利用全基因组测序，申请人发现NKTCL中存在特异性富集的EB病毒基因BPLF1变异，且BPLF1高变异的肿瘤组织中存在更多宿主基因组体细胞突变与结构变异。实验发现，NKTCL细胞中变异型BPLF1的表达水平与宿主细胞DNA损伤水平正相关，提示变异型BPLF1可能调控宿主细胞DNA损伤和基因组不稳定，从而参与NKTCL发生发展。本研究拟进一步筛选NKTCL中关键BPLF1变异，验证变异型BPLF1在NKTCL中的生物学功能，结合蛋白质组与转录组分析，探索BPFL1下游靶点与调控机制，揭示BPLF1参与致癌的分子机制。为阐明EB病毒在肿瘤中的作用提供理论依据，为EB病毒相关肿瘤的精准防治提供新靶标。

结项摘要

Epstein-Barr病毒（EB病毒）与NK/T细胞淋巴瘤（NK/T cell lymphoma，NKTCL）等肿瘤的发病密切相关，但相关分子机制尚不明确。我们前期研究发现在肿瘤患者体内的EB病毒存在BPLF1基因变异的显著富集，并可能影响细胞内的基因组不稳定性。本研究在此基础上，验证了BPLF1作为去泛素化酶能够调控DNA损伤的积累，结合蛋白泛素化组和转录组数据，发现BPLF1可以通过调控H2B泛素化水平和调控NF-κB通路，进而调控BRCA2基因表达两条途径影响DNA双链断裂（Double strand breaks，DSB）的积累，从而参与肿瘤发病。在研究过程中，为检测健康人群中的EB病毒序列，我们收集了一系列血浆游离DNA（cell-free DNA，cfDNA）测序数据，并在分析过程中发现cfDNA在基因组转录起始位点和转录因子结合位点的分布模式能够体现患者的生物学状态，并能够用于肿瘤的无创诊断。由于高通量测序成本高企，我们使用深度学习算法，构建了基于低测序深度的数据优化自编码器模型，有效提升了cfDNA分布图谱的准确性，从而进一步提升基于cfDNA进行肿瘤无创诊断的性能。本研究证实了EB病毒BPLF1基因通过影响DSB积累参与肿瘤发病的机制，并探索了通过血浆cfDNA进行肿瘤相关诊断的可能性，为将来结合病毒cfDNA和宿主cfDNA联合进行肿瘤诊断积累了方法学基础。

项目成果

期刊论文数量（3）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Association between the nucleosome footprint of plasma DNA and neoadjuvant chemotherapy response for breast cancer.
血浆 DNA 核小体足迹与乳腺癌新辅助化疗反应之间的关联
  • DOI：
    10.1038/s41523-021-00237-5
  • 发表时间：
    2021-03-26
  • 期刊：
    NPJ breast cancer
  • 影响因子：
    5.9
  • 作者：
    Yang X;Cai GX;Han BW;Guo ZW;Wu YS;Lyu X;Huang LM;Zhang YB;Li X;Ye GL;Yang XX
  • 通讯作者：
    Yang XX
Noninvasive discrimination of benign and malignant breast lesions using genome-wide nucleosome profiles of plasma cell-free DNA
使用浆细胞游离 DNA 的全基因组核小体图谱无创性区分良性和恶性乳腺病变
  • DOI：
    10.1016/j.cca.2021.06.008
  • 发表时间：
    2021
  • 期刊：
    Clinica Chimica Acta
  • 影响因子：
    5
  • 作者：
    Han Bo-Wei;Cai Geng-Xi;Liu Qing;Yang Xu;Guo Zhi-Wei;Huang Li-Min;Li Kun;Ouyang Guo-Jun;Yang Xue-Xi;Ye Guo-Lin;Wu Ying-Song
  • 通讯作者：
    Wu Ying-Song
A Deep-Learning Pipeline for TSS Coverage Imputation From Shallow Cell-Free DNA Sequencing.
用于浅层无细胞 DNA 测序 TSS 覆盖率估算的深度学习流程
  • DOI：
    10.3389/fmed.2021.684238
  • 发表时间：
    2021
  • 期刊：
    Frontiers in medicine
  • 影响因子：
    3.9
  • 作者：
    Han BW;Yang X;Qu SF;Guo ZW;Huang LM;Li K;Ouyang GJ;Cai GX;Xiao WW;Weng RT;Xu S;Huang J;Yang XX;Wu YS
  • 通讯作者：
    Wu YS

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--"}}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--" }}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--"}}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

其他文献

其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--" }}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--"}}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--" }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}
empty
内容获取失败，请点击重试
重试联系客服
title开始分析
查看分析示例
此项目为已结题，我已根据课题信息分析并撰写以下内容，帮您拓宽课题思路：

AI项目思路

AI技术路线图

相似国自然基金

{{ item.name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 批准年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}

相似海外基金

{{ item.name }}
{{ item.translate_name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 财政年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}
{{ showInfoDetail.title }}

作者：{{ showInfoDetail.author }}

知道了

AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
关闭
close
客服二维码