针对“数字微流控生物芯片布局与液滴路由”的计算机辅助设计研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    61501411
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    17.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    F0124.生物电子学与生物信息处理
  • 结题年份:
    2018
  • 批准年份:
    2015
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2016-01-01 至2018-12-31

项目摘要

Studies on the Computer-Aided Design (CAD) for digital microfluidic biochip placement and routing are significant for human health. The Computer-Aided Design is the major technique which has been widely used in VLSI design. However, computer aided design is still in the early stage in digital microfluidic biochip area; placement and routing with high performance are desired in the design; variations of on-chip chemical reaction time and droplet moving time need further study. This project will proposed high performance placement and routing for.digital microfluidic biochip based on new techniques of the lab-on-chip and VLSI circuit as well as optimization methods; this project will consider constraints and variations for the robustness of the biochip. Meanwhile, this project will also improve the Computer-Aided Design technique for the digital microfluidic biochip design. This project which mainly focuses on the placement and routing will lay a theory foundation and provide a scientific methodology for digital microfluidic biochip design.
研究针对数字微流控生物芯片布局与液滴路由的计算机辅助设计,对人类健康意义重大。计算机辅助设计是运用于超大规模集成电路芯片物理设计的主要手段,它在传统的超大规模集成电路设计中已成为了主要的设计方法。但是计算机辅助设计在数字微流控生物芯片设计中的应用还处于起步阶段;数字微流控生物芯片布局、液滴路由的优化程度有待深入研究;片上生化反应时间的不确定性以及电极驱动液滴时间的不确定性还需要深入探讨。本项目将基于芯片实验室、大规模集成电路以及大尺度算法设计的最新技术,提出计算机辅助设计对数字微流控生物芯片布局、液滴路由优化设计的新方法,深入理解生物芯片的众多特性及限制因素以增强生物芯片的鲁棒性;发展计算机辅助设计对数字微流控生物芯片的应用。本项目的开展将为研究数字微流控生物芯片设计体系中的重要环节--芯片布局与液滴路由--奠定一定的理论基础并提供科学方法。

结项摘要

本项目主要研究数字微流控生物芯片布局、液滴路由优化设计。在本项目的支持下,项目组主要研究内容包括:(1)对数字微流控生物芯片布局进行了单目标和多目标的优化研究.在满足生物芯片众多约束条件的前提下,对芯片布局进行多目标整体优化;获得了良好的芯片布局,为芯片液滴路由设计提供了支撑。(2)深入研究了基于交叉熵的计算机辅助设计优化方法,并将此方法成功应用于数字微流控生物芯片的液滴路由设计中,对芯片液滴驱动能力和液滴驱动路程进行了优化,效果良好。(3)对数字微流控生物芯片的片上不确定性进行了梳理、研究;针对不确定性对生物芯片带来的影响,研究了生物芯片的容错设计,提出了生物芯片片上监控传感器部署的最优方法,增强了生物芯片的稳定性与鲁棒性。(4)本项目具体研究成果包括发表与课题相关SCI国际期刊论文5篇、book chapter 1篇、培养硕士生3名。

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Stochastic scheduling for variation-aware virtual machine placement in a cloud computing CPS
云计算 CPS 中变化感知虚拟机放置的随机调度
  • DOI:
    10.1016/j.future.2017.09.024
  • 发表时间:
    2017-10
  • 期刊:
    Future Generation Computer Systems
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Yunliang Chen;Xiaodao Chen;Wangyang Liu;Yunchen Zhou;Albert Y. Zomaya;Rajiv Ranjan;Shiyan Hu
  • 通讯作者:
    Shiyan Hu
Design Automation for Interwell Connectivity Estimation in Petroleum Cyber-Physical Systems
石油信息物理系统中井间连通性估计的设计自动化
  • DOI:
    10.1109/tcad.2016.2584065
  • 发表时间:
    2017-02-01
  • 期刊:
    IEEE TRANSACTIONS ON COMPUTER-AIDED DESIGN OF INTEGRATED CIRCUITS AND SYSTEMS
  • 影响因子:
    2.9
  • 作者:
    Chen, Xiaodao;Zhang, Dongmei;Hu, Shiyan
  • 通讯作者:
    Hu, Shiyan
CEVP: Cross Entropy based Virtual Machine Placement for Energy Optimization in Clouds
CEVP:基于交叉熵的虚拟机放置,用于云中的能量优化
  • DOI:
    10.1007/s11227-016-1630-1
  • 发表时间:
    2016-08-01
  • 期刊:
    JOURNAL OF SUPERCOMPUTING
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Chen, Xiaodao;Chen, Yunliang;Hu, Shiyan
  • 通讯作者:
    Hu, Shiyan
A CPS framework based perturbation constrained buffer planning approach in VLSI design
VLSI 设计中基于 CPS 框架的扰动约束缓冲区规划方法
  • DOI:
    10.1016/j.jpdc.2016.11.013
  • 发表时间:
    2017-05
  • 期刊:
    Journal of Parallel and Distributed Computing
  • 影响因子:
    3.8
  • 作者:
    Xiaodao Chen;Xiaohui Huang;Yang Xiang;Dongmei Zhang;Rajiv Ranjan;Chen Liao
  • 通讯作者:
    Chen Liao
A Multi-Objective-Driven Placement Technique for Digital Microfluidic Biochips
数字微流控生物芯片的多目标驱动放置技术
  • DOI:
    10.1142/s0218126619500762
  • 发表时间:
    2019-05
  • 期刊:
    Journal of Circuits, Systems, and Computers
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Chaowei Wan;Xiaodao Chen;Dongbo Liu
  • 通讯作者:
    Dongbo Liu

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其他文献

其他文献

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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