脊椎动物信号转导和表达调控相关基因家族的比较进化基因组学分析

结题报告

项目介绍

AI项目解读

基本信息

批准号：
30700140
项目类别：
青年科学基金项目
资助金额：
16.0万
负责人：
苏志熙
依托单位：
复旦大学
学科分类：
C0507.核酸生物化学
结题年份：
2010
批准年份：
2007
项目状态：
已结题
起止时间：
2008-01-01 至2010-12-31

项目参与者：
谷迅；曾燕舞；邹央云；张杨；陈超；
关键词：
基因家族功能分化表达调控选择性剪切基因家族扩增信号转导

项目摘要

我们计划采用一系列生物信息学的方法对脊椎动物信号转导和表达调控系统的复杂性进化进行研究，从而验证该系统相关基因家族与脊椎动物细胞类型数的扩增是否均主要发生于脊椎动物进化的早期。这对阐明导致脊椎动物复杂性的内在机制具有重要意义。通过对该系统中三个重要的超基因家族：蛋白质激酶、转录因子和G蛋白偶联受体，以及脊椎动物miRNA基因进行基因组水平的系统发育分析，检验它们是否均主要产生于脊椎动物发生的早期。我们还将借助标准基因词汇体系(Gene Ontology)分析人和小鼠细胞信号转导和表达调控相关基因家族，研究该类基因发生倍增的年代和其他基因的差异。同时，以G蛋白偶联受体B家族成员功能分化分析为例，我们将构建一套综合多种功能基因组学数据，包括选择性剪切、基因芯片、EST、miRNA靶位点及miRNA表达数据等，对基因家族功能分化进行全面分析的实验流程，为更大规模的基因超家族功能分化分析奠定基础。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（5）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Predicting the Proportion of Essential Genes in Mouse Duplicates Based on Biased Mouse Knockout Genes

基于有偏差的小鼠敲除基因预测小鼠重复中必需基因的比例

DOI：
10.1007/s00239-008-9170-9
发表时间：
2008-12-01
期刊：
JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION
影响因子：
3.9
作者：
Su, Zhixi;Gu, Xun
通讯作者：
Gu, Xun

Simultaneous Expansions of MicroRNAs and Protein-Coding Genes by Gene/Genome Duplications in Early Vertebrates

早期脊椎动物中通过基因/基因组复制同时扩增 MicroRNA 和蛋白质编码基因

DOI：
10.1002/jez.b.21273
发表时间：
2009-05-15
期刊：
JOURNAL OF EXPERIMENTAL ZOOLOGY PART B-MOLECULAR AND DEVELOPMENTAL EVOLUTION
影响因子：
2.2
作者：
Gu, Xun;Su, Zhixi;Huang, Yong
通讯作者：
Huang, Yong

Differences in duplication age distributions between human GPCRs and their downstream genes from a network prospective.

从网络角度观察人类 GPCR 及其下游基因复制年龄分布的差异

DOI：
10.1186/1471-2164-10-s1-s14
发表时间：
2009-07-07
期刊：
BMC genomics
影响因子：
4.4
作者：
Huang Y;Zheng Y;Su Z;Gu X
通讯作者：
Gu X

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苏志熙的其他基金

基于肿瘤特异性突变模型分析癌症基因组片段的选择压强度

批准号：
31771408
批准年份：
2017
资助金额：
61.0 万元
项目类别：
面上项目

脊椎动物进化早期基因组DNA甲基化模式进化及其功能研究

批准号：
31272299
批准年份：
2012
资助金额：
83.0 万元
项目类别：
面上项目

相似国自然基金

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]

会员权益说明：

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