Identifying Rare Subtypes of CD8 T-cells Using Single Cell Reactors

使用单细胞反应器鉴定 CD8 T 细胞的稀有亚型

基本信息

  • 批准号:
    9086041
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 15.38万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2016
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2016-04-15 至 2018-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

 DESCRIPTION (provided by applicant): Understanding the molecular characteristics of immune cells, such as memory cells, is critical for understanding adaptive immune response. In particular, gaps remain concerning our understanding of whether metabolic changes can drive T cell differentiation (and if so, how), or rather, if these changes are simply by-products of responses to external factors (e.g., cytokines) encountered during the course of differentiation. Further, it remains unclear whether there exists a direct causal relationship between modulation of the fatty acid metabolizing machinery and the critical cell fate decision(s) dictating the transition from an effector to a memory cell, and whether metabolic states in individual cells can be correlated with larger population dynamics. We seek to identify a panel of molecular markers will allow future functional testing and identification of fate decision pathways for this criticaly important cell type. To overcome the limitations of single cell molecular profiling and standard metabolic assays, we will develop a novel microfluidics device that will enable rapid single cell metabolic profiling and sorting coupled to single cell transcriptome profiling. Utilizing this devie, we will isolate rare subpopulations of CD8 T cells by their metabolic signatures and identify molecular markers for each subpopulation. In Aim 1, we will develop a microfluidics system for rapid single cell metabolic profiling and sorting. Specifically, a high-speed fluorocarbon (FC) oil droplet cell encapsulating microfluidics device coupled to metabolic functional dye probes and high-content detector sorting system will be developed. The device will be optimized for speed, capture efficiency, cell viability, high-speed detection, and sorting. In Aim 2, we will identify molecular markers in sub-population of CD8 T cells during response program using single cell RNASeq. To achieve this aim, we will couple the microfluidics device with select functional dyes to characterize individual cell's metabolic states. The profiles of the metabolic readouts will be analyzed by computational methods to identify distinct subpopulations. These metabolic signatures will be used to gate the cells by the microfluidics device in a sorting mode and the resulting subpopulations of cells will be analyzed by single cell RNASeq to identify molecular markers for each subtype. The results of this study will lead to future studies on the role of identified molecules in T cell response dynamics. Understanding the molecular basis of T cell functional subtypes will not only enhance understanding of our body's response to diseases, it will lead to translational applications in areas such as cancer immune-therapy.
 描述(由申请人提供):了解免疫细胞(例如记忆细胞)的分子特征对于了解适应性免疫反应至关重要。特别是,我们对代谢变化是否可以驱动 T 细胞分化的理解仍然存在差距(如果是的话,或者更确切地说,如果这些变化只是分化过程中遇到的外部因素(例如细胞因子)反应的副产品,那么脂肪酸代谢的调节之间是否存在直接因果关系仍不清楚。机械和关键细胞命运决定决定从效应细胞到记忆细胞的转变,以及单个细胞的代谢状态是否可以与更大的群体动态相关。我们寻求鉴定一组分子标记,这将允许未来的功能测试和命运鉴定。为了克服单细胞分子分析和标准代谢分析的局限性,我们将开发一种新型微流体装置,利用该装置能够快速进行单细胞代谢分析和分类。在目标 1 中,我们将开发一种用于快速单细胞代谢分析和分选的微流体系统,具体来说是一种高速碳氟化合物 (FC) 油。 在目标 2 中,我们将开发与代谢功能染料探针和高内涵检测器分选系统相结合的液滴细胞封装微流体装置,该装置将针对速度、捕获效率、细胞活力、高速检测和分选进行优化。使用单细胞 RNASeq 识别 CD8 T 细胞亚群中的分子标记 为了实现这一目标,我们将微流体装置与选定的功能染料结合起来,以表征单个细胞的代谢状态。读数将通过计算方法进行分析,以识别不同的亚群。这些代谢特征将用于通过微流体装置以分选模式对细胞进行门控,并且将通过单细胞 RNASeq 分析所得的细胞亚群,以识别每个亚型的分子标记。这项研究的结果将引导未来对已识别分子在 T 细胞反应动力学中的作用的研究,了解 T 细胞功能亚型的分子基础不仅将增强对我们身体对疾病反应的理解,还将导致癌症免疫治疗等领域的转化应用。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

YONGWON CHOI其他文献

YONGWON CHOI的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('YONGWON CHOI', 18)}}的其他基金

IgSF11 Signaling Controls Osteoclast Maturation and Pathogenic Bone Loss
IgSF11 信号传导控制破骨细胞成熟和致病性骨质流失
  • 批准号:
    10337682
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
IgSF11 Signaling Controls Osteoclast Maturation and Pathogenic Bone Loss
IgSF11 信号传导控制破骨细胞成熟和致病性骨质流失
  • 批准号:
    10544787
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Protocadherin 7 and Osteoclast Maturation
原钙粘蛋白 7 和破骨细胞成熟
  • 批准号:
    10027049
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Protocadherin 7 and Osteoclast Maturation
原钙粘蛋白 7 和破骨细胞成熟
  • 批准号:
    10206010
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Protocadherin 7 and Osteoclast Maturation
原钙粘蛋白 7 和破骨细胞成熟
  • 批准号:
    10430027
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Regulation of T cell responses to oral antigens
T 细胞对口腔抗原反应的调节
  • 批准号:
    9306661
  • 财政年份:
    2017
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Cell Adhesion Regulation of Osteoclast Maturation
破骨细胞成熟的细胞粘附调节
  • 批准号:
    9242582
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Dendritic Cell-Mediated Oral Antigen Tolerance and the Lung
树突状细胞介导的口腔抗原耐受和肺
  • 批准号:
    9086712
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Dendritic Cell-Mediated Oral Antigen Tolerance and the Lung
树突状细胞介导的口腔抗原耐受和肺
  • 批准号:
    9238657
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Identifying Rare Subtypes of CD8 T-cells Using Single Cell Reactors
使用单细胞反应器鉴定 CD8 T 细胞的稀有亚型
  • 批准号:
    9262845
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:

相似国自然基金

多区域环境因素复杂暴露反应关系的空间联合估计方法研究
  • 批准号:
    82373689
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    49 万元
  • 项目类别:
    面上项目
区域出口产品升级的时空格局及机制研究——以粤港澳大湾区为例
  • 批准号:
    42301182
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
多入口下穿隧道合流区域交通事故演化机理与自解释调控方法
  • 批准号:
    52302437
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
应对多重不确定性的区域综合能源系统分布渐进调度理论研究
  • 批准号:
    52377108
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    50 万元
  • 项目类别:
    面上项目
异质性视角下稻米区域公用品牌价值攀升协同治理机制研究
  • 批准号:
    72373129
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    41 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似海外基金

Community Engagement
社区参与
  • 批准号:
    10089608
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Community Engagement
社区参与
  • 批准号:
    10323288
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Cancer Control Research Program
癌症控制研究计划
  • 批准号:
    10443640
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Cancer Control Research Program
癌症控制研究计划
  • 批准号:
    10670845
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
Cancer Control Research Program
癌症控制研究计划
  • 批准号:
    9789586
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 15.38万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了