High Throughput DNA Sequencer

高通量 DNA 测序仪

基本信息

  • 批准号:
    7594911
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 50万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2009
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2009-05-01 至 2010-04-30
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

DESCRIPTION (provided by applicant): We propose to purchase a Solexa Genome Analyzer System from Illumina. High throughput sequence data will positively impact campus research. Twenty-one investigators will be enabled to perform projects in the areas of: 1) genome resequencing to identify bacterial virulence determinants and to correlate human gene variants with disease susceptibility; 2) interaction of proteins with chromosomal DNA throughout the genome in order to understand transcriptional and epigenetic regulation; and 3) genomewide gene expression to enable understanding of the comprehensive picture of transcription from coding sequences to noncoding RNAs. High throughput DNA sequence technologies have two very significant advantages over current technologies. First, data are collected so efficiently that fundamental changes in experimental design are enabled, for example by allowing rapid resequencing of bacterial genomes for variations association with virulence or resequencing segment of the human genome for SNP association studies. Second, most applications of sequencing are less dependent on what is already known than microarrays, the other major genome wide analysis tool which is completely dependent upon knowledge of target genome sequence or in the case of some gene expression arrays, also dependent on knowledge about what is transcribed and even what is spliced. The sequencer will be added to the current DNA and Protein MicroArray Facility to form a UCI Genomics Core Facility. Funds have been committed by the campus to complete purchase of the Solexa instrument and extended warranties and purchase the necessary accessory equipment, and to hire a full time technician and part time systems administrator to staff this expansion. Acquisition of the sequencer will have a high positive impact on research and training at this rapidly growing UC campus. PUBLIC HEALTH RELEVANCE: A consortium of investigators from across campus proposes to acquire a Solexa high throughput sequencer from Illumina for the UCI Genomics Core Facility. High throughput sequencing dramatically increases the amount of sequence which can be collected in one experimental operation. Addition of this instrument to the Core Facility will enable exciting biomedical research. Projects include sequencing entire bacterial genomes to discover virulence determinants, analysis of human genomes to identify sequence variants associated with disease, identification of sites across the human genome where cancer-related regulatory proteins bind to control gene expression, and quantification of changes in gene expression in a sheep model for lung cancer.
描述(由申请人提供):我们建议从 Illumina 购买 Solexa 基因组分析仪系统。高通量序列数据将对校园研究产生积极影响。二十一名研究人员将能够在以下领域开展项目:1)基因组重测序,以确定细菌毒力决定因素,并将人类基因变异与疾病易感性相关联; 2)整个基因组中蛋白质与染色体DNA的相互作用,以了解转录和表观遗传调控; 3) 全基因组基因表达,以便了解从编码序列到非编码 RNA 的转录全貌。与现有技术相比,高通量 DNA 测序技术有两个非常显着的优势。首先,数据收集如此高效,使得实验设计发生根本性改变,例如通过对细菌基因组进行快速重测序,以找出与毒力相关的变异,或对人类基因组片段进行重测序,以进行 SNP 关联研究。其次,与微阵列相比,大多数测序应用较少依赖于已知的信息,微阵列是另一种主要的全基因组分析工具,完全依赖于目标基因组序列的知识,或者在某些基因表达阵列的情况下,还依赖于关于什么的知识。被转录,甚至被剪接。该测序仪将被添加到当前的 DNA 和蛋白质微阵列设施中,形成 UCI 基因组学核心设施。校园已承诺提供资金来完成 Solexa 仪器的购买、延长保修期、购买必要的附属设备,并聘请一名全职技术人员和兼职系统管理员来为此次扩建配备人员。购买测序仪将对这个快速发展的加州大学校园的研究和培训产生高度积极的影响。 公共健康相关性:来自整个校园的研究人员联盟提议从 Illumina 购买一台 Solexa 高通量测序仪,用于 UCI 基因组学核心设施。高通量测序极大地增加了一次实验操作中可以收集的序列量。将该仪器添加到核心设施将使令人兴奋的生物医学研究成为可能。项目包括对整个细菌基因组进行测序以发现毒力决定因素,分析人类基因组以识别与疾病相关的序列变异,识别人类基因组中与癌症相关的调节蛋白结合以控制基因表达的位点,以及量化细菌中基因表达的变化。肺癌绵羊模型。

项目成果

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