Discovering the spectrum of natural somatic mosaicism in human skin fibroblasts

发现人类皮肤成纤维细胞中天然体细胞嵌合的光谱

基本信息

  • 批准号:
    8956158
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 9.61万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2015
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2015-08-03 至 2017-07-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

 DESCRIPTION (provided by applicant): Emerging evidence suggests that, contrary to previous assumptions, not all cells of the human body have an identical DNA sequence, a phenomenon known as somatic variation. Somatic variations have been shown to cause cancer and several other diseases, but the extent of this phenomenon in the human body remains unknown, in part because somatic mutations often occur in a small proportion of cells and may not be detected in the whole population. Therefore, studying this phenomenon has fundamental importance to our understanding of how the human body functions, what causes/predisposes us to various diseases, and how we can avoid and/or cure them. This proposal describes the development of computation methods and experimental approaches for the analysis of single cell's genomes, as well as how to apply these methods and approaches to study somatic mosaicism in human skin fibroblasts. The proposal first suggests developing a sophisticated, comprehensive approach for somatic variation discovery based on single cell clonal expansion. Then, this approach will be applied to uncover somatic mosaicism in human skin fibroblasts cells and will result in a reference set of somatic variants in this tissue. The result of completig the project will be new computational and experimental analytical approaches for single cell sequencing analysis. These approaches can be used in various single cell studies (somatic mosacism, organism development, etc.) and in the clinic (e.g., for cancer monitoring). Moreover, the result will provide a better understanding of genome variations in human body, which ultimately is relevant in: i) understanding and preventing the susceptibility of different people t different diseases; i) estimating the effectiveness of different treatments for each particular person; and, iii) creating the foundation for personalized medicine.
 描述(由申请人提供):新出现的证据表明,与之前的假设相反,并非所有人体细胞都具有相同的 DNA 序列,这种称为体细胞变异的现象已被证明会导致癌症和其他几种疾病。但这种现象在人体中的程度仍然未知,部分原因是体细胞突变通常发生在一小部分细胞中,并且可能无法在整个人群中检测到。因此,研究这种现象对于我们了解这种现象如何发生具有根本的重要性。人体的功能有哪些导致/使我们容易患上各种疾病,以及我们如何避免和/或治愈它们。该提案描述了用于分析单细胞基因组的计算方法和实验方法的发展,以及如何应用这些方法和方法进行研究。该提案首先建议开发一种基于单细胞克隆扩增的复杂、全面的体细胞变异发现方法,然后将该方法应用于揭示人类皮肤成纤维细胞中的体细胞嵌合现象。该项目的完成结果将是用于单细胞测序分析的新计算和实验分析方法,这些方法可用于各种单细胞研究(体细胞嵌合体、生物体)。此外,该结果将有助于更好地了解人体基因组变异,这最终与以下方面相关:i)了解和预防不同人群的易感性。不同的疾病; i) 评估不同治疗方法对每个特定患者的有效性;以及 iii) 为个性化医疗奠定基础。

项目成果

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