Resource Core C - Skin Genomics, Transcriptomics, and Epigenetics Core

资源核心 C - 皮肤基因组学、转录组学和表观遗传学核心

基本信息

项目摘要

Summary – Resource Core C The results of surveying the Research Community of the SBDRC at Mount Sinai indicated that a top strategic priority is access to state-of-the-art and integrated methods for genomics, transcriptomics, and epigenetic analysis of the skin in normal homeostasis and in disease. Core C will provide state-of-the-art start-to-finish technologies for these cutting-edge approaches. The Core will leverage existing campus resources, such as instrumentation and extensive expertise at both faculty and researcher levels, to provide technical and intellectual support to the SBDRC Research Community. Core personnel will be embedded in skin research labs where they will become familiarized with skin as a biological system and the questions being asked; this will help to ensure that they can most effectively advise lab personnel on experimental design and services to address the biological questions; conversely lab personnel will become more familiar with the technological approaches available to them. Specifically, Core C will provide SBDRC investigators with consultation and services centered on NexGen technologies. A robust organizational hub (the Smartsheet dashboard) will be utilized for specimen and project in-take, both internally and externally. As part of Aim 1, Core C will facilitate access to genomics (exome sequencing, whole genome sequencing and targeted capture) and transcriptomic technologies (bulk RNA-seq, poly(A) RNA-seq, small RNA-seq) in healthy and diseased skin. Access to long- read single molecule sequencing (SMRT/PacBio) will facilitate the analysis of structural changes in DNA and the precise identification of RNA isoforms due to altered splicing. Services in Aim 2 will focus on state-of-the art epigenomic studies to identify regulatory elements operating in the skin (ATAC-seq, ChIP-seq, CUT&RUN). Interactions across regulatory elements (enhancers and promoters) will be identified by Hi-C. Integration with transcriptomic findings will confirm target genes and identify altered networks operating in skin homeostasis and disease. Aim 3 will focus on cellular heterogeneity, providing single cell technologies for transcript (scRNA-seq) and epigenetic (scATAC-seq) analyses in single cells. CITE-Seq will provide simultaneous epitope and transcriptome measurements of single cells. Services from Aim 3 will also include spatial transcriptomics technology permitting the spatial resolution of RNA-seq data, and thereby the locations of all mRNAs in individual tissue sections. As novel “omics” technologies are developed that would enhance skin biology research, they will be incorporated into this Core’s activities. Data will be distributed to Core D where computational biologists will perform rigorous analysis, visualization and data management. Overall, Core C is an essential and integral component of the Center with the goal of facilitating scientific discoveries in skin biology and skin disease areas by providing cutting-edge multi-omics studies to skin researchers.
摘要 – 资源核心 C 对西奈山 SBDRC 研究界的调查结果表明,顶级战略 优先考虑的是获得最先进的基因组学、转录组学和表观遗传学综合方法 对正常稳态和疾病状态下的皮肤进行分析将提供最先进的开始到结束。 这些尖端方法的技术将利用现有的校园资源,例如 仪器和教师和研究人员层面的广泛专业知识,以提供技术和 对 SBDRC 研究社区核心人员的智力支持将融入皮肤研究。 他们将熟悉皮肤作为一个生物系统以及所提出的问题; 将有助于确保他们能够最有效地为实验室人员提供有关实验设计和服务的建议 解决生物学问题;相反,实验室人员将更加熟悉技术 具体来说,核心 C 将为 SBDRC 调查人员提供咨询和帮助。 以 NexGen 技术为中心的服务将是一个强大的组织中心(Smartsheet 仪表板)。 用于内部和外部样本和项目的获取 作为目标 1 的一部分,核心 C 将提供便利。 获得基因组学(外显子组测序、全基因组测序和靶向捕获)和转录组学 技术(bulk RNA-seq、poly(A) RNA-seq、small RNA-seq)在健康和患病皮肤中的应用。 读取单分子测序(SMRT/PacBio)将有助于分析 DNA 的结构变化和 目标 2 中由于剪接改变而导致的 RNA 异构体的精确鉴定将侧重于现状。 艺术表观基因组研究,以确定在皮肤中起作用的调控元件(ATAC-seq、ChIP-seq、CUT&RUN)。 Hi-C 整合将鉴定跨调控元件(增强子和启动子)的相互作用。 转录组学研究结果将确认目标基因并确定在皮肤稳态中运作的网络 目标 3 将重点关注细胞异质性,为转录提供单细胞技术。 (scRNA-seq) 和表观遗传学 (scATAC-seq) 单细胞分析将同时提供。 Aim 3 的服务还包括空间测量。 转录组学技术允许 RNA-seq 数据的空间分辨率,从而确定所有 随着新的“组学”技术的发展,单个组织切片中的 mRNA 可以增强皮肤功能。 生物学研究,它们将被纳入该核心的活动中,数据将分发到核心 D。 计算生物学家将执行严格的分析、可视化和数据管理。总体而言,Core C 是。 该中心的重要组成部分,其目标是促进皮肤科学发现 通过为皮肤研究人员提供尖端的多组学研究,在生物学和皮肤病领域开展研究。

项目成果

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