BioGRID: An open resource for biological interactions and network analysis

BioGRID:生物相互作用和网络分析的开放资源

基本信息

  • 批准号:
    10819019
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 93.99万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2023
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2023-04-01 至 2026-06-30
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

Complex physical and genetic interaction networks determine the properties of all biological systems and underlie human development, health and disease. Decades of biological experiments have identified myriad molecular processes that underpin specific biological processes, described in the primary biomedical literature. More recent technological innovations combined with complete genome sequence information have led to the development of a wide variety high-throughput (HTP) methods to generate physical and genetic interaction data on an unprecedented scale. Because human interaction networks are often directly analogous to networks in more tractable model organisms, it is essential that the hundreds of thousands of biological interactions discovered across the major model organisms, as well as humans, are archived in a well- annotated manner that provides a means for rigorous analysis and computation. To capture, integrate, and interrogate this wealth of data from both the literature and HTP datasets, we developed the BioGRID database as an open repository for physical and genetic interactions (www.thebiogrid.org). BioGRID contains over 2,000,000 total interactions from 75,760 publications. In 2020, BioGRID averaged 151,735 page views, 19,407 unique visitors and 7,537 file downloads per month. Our recently released Open Repository for CRISPR Screens (ORCS), averages 8,725 page views, 1,646 unique visitors, and 268 downloads per month. In addition, the extensive BioGRID data compendium is widely disseminated by many partner databases, meta- databases, and software tools. Here, we propose to markedly enhance the data content, the database architecture, and the user interface of BioGRID. We will expand the amount and types of data available through BioGRID, with a particular focus on translating knowledge from model organism networks to humans using ortholog mapping and a novel framework for mapping phenotypes and diseases across species. We will significantly expand CRISPR-based genetic interactions, chemical and drug interactions, and post-translational modifications, which we will integrate with our core physical and genetic interactions and organize around focused curation efforts around particular biological themes. Use of text-mining algorithms and AI methods will be extended to enhance curation rates and coverage of the proteome. User access to the large datasets in BioGRID will be facilitated by data-rich interfaces, user-defined search and display parameters, and multiple methods of visualization. All software will continue to be open source and engineered toward compatibility and will be complementary with other database and software development efforts. The BioGRID will provide interaction data and software tools to model organism databases and other interested parties without restriction. The BioGRID resource will enable the biomedical research community to access validated biological interaction datasets across model organisms and humans for hypothesis generation and network analysis, and thereby further the general mission of the NIH.
复杂的物理和遗传相互作用网络决定了所有生物系统的特性, 人类发展,健康和疾病基础。数十年的生物实验已经确定了无数 基础生物医学文献中描述的基于特定生物学过程的分子过程。 最新的技术创新与完整的基因组序列信息相结合已导致 开发多种高通量(HTP)方法来产生物理和遗传相互作用 以前所未有的量表数据。因为人类互动网络通常与 在更易于处理的模型生物中,必须数十万生物学的网络 在主要模型生物以及人类中发现的相互作用都被存档 带注释的方式,为严格的分析和计算提供了一种手段。捕获,整合和 询问文献和HTP数据集的大量数据,我们开发了Biogrid数据库 作为物理和遗传相互作用的开放存储库(www.thebiogrid.org)。 Biogrid包含 来自75,760个出版物的2,000,000个总互动。 2020年,BioGrid平均为151,735页浏览量,19,407 唯一的访问者和每月7,537个文件下载。我们最近发布的CRISPR开放存储库 屏幕(兽人),平均8,725页浏览量,1,646个唯一访问者和每月268个下载。在 此外,许多合作伙伴数据库,meta- 数据库和软件工具。在这里,我们建议明显增强数据内容,数据库 体系结构以及Biogrid的用户界面。我们将扩大可用数据的数量和类型 通过Biogrid,特别着眼于将知识从模型有机网络转化为人类 使用直系同源映射和新型框架,用于跨物种的绘制表型和疾病。我们将 显着扩大基于CRISPR的遗传相互作用,化学和药物相互作用以及翻译后 修改,我们将与我们的核心物理和遗传相互作用集成并组织 集中精力围绕特定的生物学主题。使用短信算法和AI方法的使用将 扩展以提高策展率和蛋白质组的覆盖率。用户访问大型数据集 BioGrid将通过数据丰富的接口,用户定义的搜索和显示参数来促进 可视化方法。所有软件将继续是开源的,并旨在兼容兼容性和 将与其他数据库和软件开发工作互补。 Biogrid将提供 交互数据和软件工具,以建模有机数据库和其他有关方面,没有 限制。 Biogrid资源将使生物医学研究界能够访问经过验证的 跨模型生物和人类的生物交互数据集用于假设生成和网络 分析,从而进一步进一步的NIH任务。

项目成果

期刊论文数量(31)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
The BioGRID interaction database: 2017 update.
  • DOI:
    10.1093/nar/gkw1102
  • 发表时间:
    2017-01-04
  • 期刊:
  • 影响因子:
    14.9
  • 作者:
    Chatr-Aryamontri A;Oughtred R;Boucher L;Rust J;Chang C;Kolas NK;O'Donnell L;Oster S;Theesfeld C;Sellam A;Stark C;Breitkreutz BJ;Dolinski K;Tyers M
  • 通讯作者:
    Tyers M
How to link ontologies and protein-protein interactions to literature: text-mining approaches and the BioCreative experience.
BoxPlotR: a web tool for generation of box plots.
  • DOI:
    10.1038/nmeth.2811
  • 发表时间:
    2014-02
  • 期刊:
  • 影响因子:
    48
  • 作者:
    Spitzer, Michaela;Wildenhain, Jan;Rappsilber, Juri;Tyers, Mike
  • 通讯作者:
    Tyers, Mike
The BioGRID Interaction Database: 2011 update.
  • DOI:
    10.1093/nar/gkq1116
  • 发表时间:
    2011-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    14.9
  • 作者:
    Stark C;Breitkreutz BJ;Chatr-Aryamontri A;Boucher L;Oughtred R;Livstone MS;Nixon J;Van Auken K;Wang X;Shi X;Reguly T;Rust JM;Winter A;Dolinski K;Tyers M
  • 通讯作者:
    Tyers M
The BioGRID interaction database: 2015 update.
  • DOI:
    10.1093/nar/gku1204
  • 发表时间:
    2015-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    14.9
  • 作者:
    Chatr-Aryamontri A;Breitkreutz BJ;Oughtred R;Boucher L;Heinicke S;Chen D;Stark C;Breitkreutz A;Kolas N;O'Donnell L;Reguly T;Nixon J;Ramage L;Winter A;Sellam A;Chang C;Hirschman J;Theesfeld C;Rust J;Livstone MS;Dolinski K;Tyers M
  • 通讯作者:
    Tyers M
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

KARA DOLINSKI其他文献

KARA DOLINSKI的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('KARA DOLINSKI', 18)}}的其他基金

Core D: CURATION
核心 D:策展
  • 批准号:
    8126754
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Systematic data curation and integration to link models of human disease
系统数据管理和整合以链接人类疾病模型
  • 批准号:
    8332357
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Systematic data curation and integration to link models of human disease
系统数据管理和整合以链接人类疾病模型
  • 批准号:
    8513434
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Systematic data curation and integration to link models of human disease
系统数据管理和整合以链接人类疾病模型
  • 批准号:
    8215398
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Systematic data curation and integration to link models of human disease
系统数据管理和整合以链接人类疾病模型
  • 批准号:
    8705064
  • 财政年份:
    2011
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
BioGRID: An open resource for biological interactions and network analysis
BioGRID:生物相互作用和网络分析的开放资源
  • 批准号:
    10299336
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
BioGRID: An open resource for biological interactions and network analysis
BioGRID:生物相互作用和网络分析的开放资源
  • 批准号:
    10650906
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
BioGRID: An open resource for biological interactions and network analysis
BioGRID:生物相互作用和网络分析的开放资源
  • 批准号:
    10447207
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Core D: CURATION
核心 D:策展
  • 批准号:
    8516099
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Core D: CURATION
核心 D:策展
  • 批准号:
    8847386
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:

相似国自然基金

等位基因聚合网络模型的构建及其在叶片茸毛发育中的应用
  • 批准号:
    32370714
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    50 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于等位基因非平衡表达的鹅掌楸属生长量杂种优势机理研究
  • 批准号:
    32371910
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    50.00 万元
  • 项目类别:
    面上项目
基于人诱导多能干细胞技术研究突变等位基因特异性敲除治疗1型和2型长QT综合征
  • 批准号:
    82300353
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
ACR11A不同等位基因调控番茄低温胁迫的机理解析
  • 批准号:
    32302535
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
肠杆菌多粘菌素异质性耐药中phoPQ等位基因差异介导不同亚群共存的机制研究
  • 批准号:
    82302575
  • 批准年份:
    2023
  • 资助金额:
    30 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目

相似海外基金

Developing robust and scalable genomics tools and databases to analyze immune receptor repertoires across diverse populations
开发强大且可扩展的基因组学工具和数据库来分析不同人群的免疫受体库
  • 批准号:
    10656981
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Elucidating the ancestry-specific genetic and environmental architecture of cardiometabolic traits across All of Us ethnic groups
阐明我们所有种族群体心脏代谢特征的祖先特异性遗传和环境结构
  • 批准号:
    10796028
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Roles of allele-specific chromatin interactions in transcription regulation during development
等位基因特异性染色质相互作用在发育过程转录调控中的作用
  • 批准号:
    10761821
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Developing robust and scalable genomics tools and databases to analyze immune receptor repertoires across diverse populations
开发强大且可扩展的基因组学工具和数据库来分析不同人群的免疫受体库
  • 批准号:
    10910354
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
Cognitive Computing of Alzheimer's Disease Genes and Risk
阿尔茨海默病基因和风险的认知计算
  • 批准号:
    10436879
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 93.99万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了