Biomarker Developmental Laboratory (BDL)

生物标志物发育实验室 (BDL)

基本信息

  • 批准号:
    10674909
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 37.05万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2022
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2022-09-01 至 2027-08-31
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

Project Summary/Abstract – Biomarker Developmental Laboratory The Biomarker Developmental Laboratory for the proposed BCC will develop and validate genomic and proteomic assays for the detection of ovarian cancer in uterine lavage samples. The genomic assays will analyze the cellular pellet from uterine lavage for genome wide hypomethylation. This genome-wide approach increases the clinical sensitivity of the biospecimen sampling. Machine learning methods will be applied to optimize the aggregation of the methylation signal across the genome accounting for the unknown fraction of sample derived from ovarian/fallopian tube cancer cells and the remaining fraction mostly comprised of uterine epithelial cells. Proteomic analysis of the uterine lavage fluid using proximity extension assays (PEAs) have a superior analytical sensitivity to mass spectrometry. Analysis of samples from a training cohort of cases and controls by PEA will identify upregulated proteins from the tumor and its microenvironment. Supervised biostatistical classifiers will define an optimal panel of up to 21 PEA biomarker proteins. The optimal panel will undergo Custom Panel development for absolute quantitation under the direction of the BRL (biomarker reference laboratory). The training samples will be re-assayed, and a classifier developed combining the custom panel proteins and the aggregated methylation signal to form a combined classifier. The combined classifier will be tested in uterine lavage samples from an independent validation cohort. If the classifier is validated, the classifier will be applied to the cervical swabs – same biospecimen as a Pap smear – to determine its performance in a readily accessible and patient acceptable sample.
项目摘要/摘要 - 生物标志物发育实验室 支撑BCC的生物标志物发展实验室将开发验证基因组和 在子宫灌洗样品中检测卵巢癌的蛋白质组学测定。 分析子宫灌洗细胞颗粒的基因组宽甲基化 提高生物测量采样的临床灵敏度。 优化跨基因组甲基化信号的聚集 源自卵巢/输卵管癌细胞和其余部分的样品主要由 子宫上皮细胞对子宫灌洗液的蛋白质组学分析(豌豆) 对质谱的分析敏感性很高。 PEA的控制将鉴定出肿瘤中的上型蛋白质,并且是微环境。 生物阶级主义者将某些最佳面板OP到21 PEA生物标志物蛋白。 在BRL的指导下进行绝对数量的自定义面板开发(生物标志物 参考实验室)。 定制面板蛋白和聚集的甲基化信号形成组合的分类器 分类器将在独立队列中的子宫灌洗样品中进行测试。 经过验证,分类器将应用于宫颈拭子 - 与子宫颈抹片相同的生物镜 - 在易于访问和患者可接受的样本中确定其性能。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

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  • 通讯作者:
    D. Lange

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