Research Center for Cancer Systems Biology: Cancer Cell Map Initiative

癌症系统生物学研究中心：癌细胞图谱计划

• 批准号: 9351146
• 负责人: Trey Ideker
• 金额: $ 209.39万
• 依托单位: UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN FRANCISCO
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 2017
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 2017-05-11 至 2022-04-30
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/9351146
• 关键词: Arts; Attention; Automobile Driving; Binding; Biological; Biological Process; Biology; California; Cancer Etiology; Cataloging; Catalogs; Cell Line; Clinical; Complex; Computer Analysis; Computer software; Computing Methodologies; Copy Number Polymorphism; Databases; Dependency; Disease; Future; Gene Components; Gene Mutation; Gene Proteins; Genes; Goals; Head and Neck Squamous Cell Carcinoma; Knowledge; Laboratories; Logic; Malignant Neoplasms; Maps; Mission; Modality; Modeling; Molecular; Molecular Models; Mutation; NCI Center for Cancer Research; Neoplasm Metastasis; Network-based; Oncogenes; Other Genetics; Outcome; Pathogenesis; Pathway interactions; Patients; Pattern; Pharmaceutical Preparations; Phase Transition; Principal Investigator; Proteins; Recurrence; Research Personnel; Resources; San Francisco; Science; Scientist; Sister; System; Systems Biology; Technology; The Cancer Genome Atlas; Therapeutic Intervention; Training; Universities; Xenograft procedure; actionable mutation; anticancer research; cancer cell; cancer genome; malignant breast neoplasm; next generation; personalized medicine; precision medicine; protein complex; response; tumor; tumor initiation

THE CANCER CELL MAP INITIATIVE:  A NATIONAL RESEARCH CENTER FOR CANCER SYSTEMS BIOLOGY  OVERALL SUMMARY  The Cancer Genome Atlas and sister projects have now completed analysis of over 10,000 tumor genomes,  providing  a  catalog  of  the  gene  mutations,  copy  number  variants  and  other  genetic  alterations  that  cause  cancer. In many cases it remains unclear, however, which are the key driver mutations or dependencies in a  given cancer and how these influence pathogenesis and response to therapy. Although tumors of similar types  and clinical outcomes can have patterns of mutations that are strikingly different, it is becoming apparent that  these  mutations  recurrently  hijack  the  same  hallmark  molecular  pathways  and  networks.  For  this  reason,  cancer  research  and  treatment  is  increasingly  dependent  on  knowledge  of  biological  networks  of  multiple  types,  including  physical  interactions  among  proteins  and  synthetic­lethal  and  epistatic  interactions  among  genes.  Here  we  seek  support  for  a  new  effort,  The  Cancer  Cell  Map  Initiative  (CCMI),  aimed  at  comprehensively detailing these complex interactions among cancer genes and proteins and how they differ  between  diseased  and  healthy  states.  The  CCMI  is  a  multi­campus  initiative  of  the  University  of  California,  centered at UC San Francisco and UC San Diego, which leverages advanced network mapping, computational  analysis and cancer research platforms developed by multiple CCMI investigators over the past decade. Thus  primed, these platforms will be turned to efficiently generate, assemble and analyze cancer molecular networks  with a view towards pathway and network­based personalized therapy. Specifically, over the next five years  the CCMI will seek to catalyze major phase transitions in cancer research and therapy by (1) Comprehensively  mapping  the  networks  of  physical  interactions  among  cancer  proteins,  revealing  the  protein  complexes  and  higher­order  molecular  units  under  selection  in  cancer;  (2)  Mapping  the  parallel  networks  of  synthetic­lethal  and epistatic interactions among cancer genes, revealing the functional logic of cancer; (3) Establishing the  robust  computational  methodology,  end­user  software,  and  databases  for  assembly  and  use  of  cancer  cell  network maps in both basic and clinical modalities; (4) Building a critical mass of leading cancer investigators  worldwide  to  expand  CCMI  into  a  global  coordinated  partnership;  and  (5)  Training  the  current  and  next­generation of scientists in Network Biology and its applications to cancer research.

癌细胞图计划： 国家癌症系统生物学研究中心 总结 癌症基因组图集和姊妹项目现已完成对10,000多个肿瘤基因组的分析， 提供基因突变的目录，拷贝数变体和其他引起的通用更改 癌症。但是，在许多情况下，尚不清楚，这是一个关键的驱动程序突变或依赖性 给定癌症以及这些如何影响发病机理和对治疗的反应。 临床结果可能具有明显不同的突变模式，显然是 这些突变反复劫持相同的标志性分子途径和网络。为此原因， 癌症研究和治疗越来越依赖于多重生物网络的知识 类型，包括蛋白质之间的物理相互作用以及合成和上皮相互作用 基因。在这里，我们寻求支持新努力的癌症细胞地图计划（CCMI），目的是 全面详细介绍癌症基因和蛋白质之间的这些复杂相互作用以及它们如何不同 在患病和健康状态之间。 CCMI是加利福尼亚大学的多学院倡议 以加州大学旧金山加州大学和加州大学圣地亚哥分校为中心，并利用高级网络映射，计算 在过去的十年中，由多个CCMI研究人员开发的分析和癌症研究平台。那 在启动时，这些平台将被转向有效生成，组装和分析仪分子网络 带有视图方向途径和基于网络的个性化治疗。具体而言，在接下来的五年中 CCMI将通过（1）全面地催化癌症研究和治疗中的主要相变 绘制癌症蛋白质之间物理相互作用的网络，揭示了蛋白质复合物和 在癌症中选择的高阶分子单位； （2）映射综合的平行网络 癌症基因之间的上毒相互作用，揭示了癌症的功能逻辑； （3）建立 用于组装和使用癌细胞的强大计算方法，耐用器软件和数据库 基本和临床方式的网络图； （4）建立大量领先的癌症研究者 在全球范围内，将CCMI扩展到全球协调的合作伙伴关系； （5）培训电流和 科学家在网络生物学中的下一代及其在癌症研究中的应用。