Gene Expression Patterns in Human Tumors Identified Using Transcript Sequencing
使用转录测序鉴定人类肿瘤中的基因表达模式
基本信息
- 批准号:8925212
- 负责人:
- 金额:$ 50万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2009
- 资助国家:美国
- 起止时间:2009-09-29 至 2016-06-30
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
Gene expression provides a snapshot of the cellular changes that promote tumor malignancy.
Quantitative gene expression analysis, especially as implemented by DNA microarrays, has proven to be an
extremely valuable tool for cancer genome characterization, and has lead to the development of new
genomic-based clinical tests. Our own experience with DNA microarrays to study gene expression patterns
for breast, head & neck, and lung cancers has lead to the identification of novel subtypes of tumors with
distinct patient outcomes and has identified new tumor suppressor genes. In the pilot phase of The Cancer
Genome Atlas (TCGA) project, multiple platforms were used including tools to study gene expression (our
role), tumor genomic DNA copy number alterations, SNP genotypes, DNA methylation and gene mutational
analyses. Our collaborative efforts identified new tumor subtypes of glioblastoma and painted an integrated
picture linking mutations to copy number changes to expression patterns, which identified biologically distinct
subtypes of disease with differences in patient outcomes.
For the second phase of TCGA project, we propose to continue to perform quantitative gene expression
profiling of all protein-coding genes, non-protein coding mRNAs(ncRNAs) and microRNAs, on -2000 tumors
per year. This approach has proven to be one of the most informative and comprehensive cancer genome
characterization tools available. In addition, we propose to generate global chromatin organization profiles of
cancer to identify regions of "open" chromatin domains (nucleosome-depleted regions). We will use FAIRE
(Formaldehyde-Assisted isolation of Regulatory Elements), a simple, low-cost method amenable to use on
small quantities of solid tissue, coupled to next-generation DNA sequencing. Since the function of most
histone modifications and chromatin remodeling activities is to regulate nucleosome occupancy, FAIRE
effectively summarizes the functional output of such epigenetic mechanisms in a single robust assay. Lastly,
we propose to perform integrated analyses of transcript levels with chromatin stoicture to map important
regulatory elements, which can be distant to the transcript(s) that they regulate. Our study of genome-wide
transcript regulation with chromatin organization will provide a critical portrait of the cancer genome that can
be integrated with (and indeed can sometimes generate) other important data, including mutations and copy
number events.
基因表达提供了促进肿瘤恶性肿瘤的细胞变化的快照。
定量基因表达分析,尤其是由DNA微阵列实施的,已被证明是
极有价值的癌症基因组表征工具,并导致了新的发展
基于基因组的临床测试。我们自己在DNA微阵列中研究基因表达模式的经验
对于乳房,头颈和肺癌,可以鉴定出具有新型肿瘤亚型
独特的患者结局,已经确定了新的肿瘤抑制基因。在癌症的试验阶段
基因组地图集(TCGA)项目,使用了多个平台,包括研究基因表达的工具(我们
角色),肿瘤基因组DNA拷贝数改变,SNP基因型,DNA甲基化和基因突变
分析。我们的协作努力确定了胶质母细胞瘤的新肿瘤亚型,并绘制了整合的肿瘤亚型
图片将突变连接到复制数字变化到表达模式,这些模式在生物学上差异很明显
疾病的亚型,患者结局差异。
对于TCGA项目的第二阶段,我们建议继续执行定量基因表达
在-2000肿瘤上的所有蛋白质编码基因,非蛋白质编码mRNA(NCRNA)和microRNA的分析
每年。这种方法已被证明是最有用,最全面的癌症基因组之一
可用的表征工具。此外,我们建议生成全球染色质组织概况
癌症以识别“开放”染色质结构域(核小体耗尽区域)的区域。我们将使用公平
(甲醛辅助隔离调节元素),一种简单的低成本方法,可在
少量的固体组织,耦合到下一代DNA测序。由于大多数功能
组蛋白修饰和染色质重塑活性是调节核小体占用率
有效地总结了单个强大测定中此类表观遗传机制的功能输出。最后,
我们建议对具有染色质的转录水平进行转录水平的综合分析,以绘制重要
调节元素,可能与它们调节的转录本相距甚远。我们对全基因组的研究
染色质组织的成绩单调节将提供癌症基因组的批判肖像
与(确实有时可以生成)其他重要数据集成,包括突变和复制
数字事件。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

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数据更新时间:2024-06-01
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