Combining epidemiological and phylogenetic models of infectious disease dynamics

结合传染病动力学的流行病学和系统发育模型

基本信息

批准号：
MR/J013862/1
负责人：
Simon Frost
金额：
$ 36.06万
依托单位：
University of Cambridge
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2013
资助国家：
英国
起止时间：
2013 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=MR%2FJ013862%2F1
关键词：
Combining epidemiological phylogenetic models infectious

项目摘要

Viruses such as influenza A and HIV-1 mutate extremely rapidly, such that the viruses in one individual are genetically different from those in another individual. While this presents significant hurdles to develop effective vaccines, the genetic variation can be used to determine the extent to which viruses in different individuals are related, and to generate a `family tree', or phylogeny, of viruses. Viral phylogenies contain a great deal of information about the past spread of the virus, but this information is difficult to extract, as many factors can affect viral transmission, such as the probability of infection per contact, and the duration of infection.This project will combine epidemiological models of infectious diseases, which are commonly used tools to consider how incidence and prevalence changes over time, with models of viral evolution. We will endeavour to make our models as biologically realistic as possible, allowing us to consider the different pathways via which viruses may spread over a geographic area, as well as helping us to understand how the transmission of viruses may be affected by genetic changes in the virus.

流感和HIV-1之类的病毒非常快速地突变，使一个人的病毒在遗传上与另一个人的病毒不同。尽管这构成了开发有效疫苗的重大障碍，但遗传变异可用于确定不同个体病毒相关的程度，并产生病毒的“家谱”或系统发育。病毒系统发育包含有关病毒过去传播的大量信息，但是这些信息很难提取，因为许多因素会影响病毒传播，例如每次接触的感染概率和感染的持续时间。该项目将结合感染性疾病的流行病学模型，这些模型是常见使用的工具，这些工具是通常会考虑出发率和预期的型号，并通过模型进行了验证，这些工具会逐渐变化。我们将努力使我们的模型在生物学上尽可能逼真，使我们能够考虑病毒可能在地理区域传播的不同途径，并帮助我们了解病毒的传播如何受到病毒遗传变化的影响。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Rapid host switching in generalist Campylobacter strains erodes the signal for tracing human infections.

DOI：
10.1038/ismej.2015.149
发表时间：
2016-03
期刊：
The ISME journal
影响因子：
0
作者：
Dearlove BL;Cody AJ;Pascoe B;Méric G;Wilson DJ;Sheppard SK
通讯作者：
Sheppard SK

Adaptation of avian influenza virus to a swine host.

DOI：
10.1093/ve/vex007
发表时间：
2017-01
期刊：
Virus evolution
影响因子：
5.3
作者：
Bourret V;Lyall J;Frost SDW;Teillaud A;Smith CA;Leclaire S;Fu J;Gandon S;Guérin JL;Tiley LS
通讯作者：
Tiley LS

Measuring Asymmetry in Time-Stamped Phylogenies.