SIDE CHAIN INTERACTIONS GOVERNING A-HELIX STABILITY

控制 A 螺旋稳定性的侧链相互作用

• 批准号: 3279488
• 负责人: ROBERT L BALDWIN
• 金额: $ 6.76万
• 依托单位: STANFORD UNIVERSITY
• 依托单位国家: 美国
• 财政年份: 1983
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 1983-03-01 至 1986-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://reporter.nih.gov/project-details/3279488
• 关键词: X ray crystallography; bioenergetics; chemical chain length; chemical stability; circular dichroism; conformation; crystallization; hydrogen bond; molecular site; nuclear magnetic resonance spectroscopy; peptide chemical synthesis; solutions

Rules Governing Alpha-Helix Location. We plan to determine experimentally the rules governing a-helix location in an otherwise unfolded polypeptide chain. Comparison with the X-ray structures of native proteins then will show if these rules also govern helix location in native proteins. The plan is to use chemically synthesized peptides (length 13-15 residues) to catalogue specific interactions between side chains which stabilize or destabilize an Alpha-helix in water. Recent work has shown that the C-peptide of ribonuclease A (residues 1-13, terminating in HSer-13 lactone) does show partial helix formation in water between 0 and 20 C (first observed by Brown & Klee, Biochemistry 8, 2876; 1971) and that helix stability is strongly pH-dependent, probably because the salt bridge Glu 9-...His 12+ is needed for helix stability (Bierzynski, Kim & Baldwin, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, in press, 1982). We will use chemically synthesized peptides to test this proposed interaction and also to investigate other possible side chain interactions in the C-peptide helix (a possible salt bridge Glu 2-...Arg 10+, a possible hydrophobic interaction between the Phe-8 ring and the side chains of Ala-4, Ala-5, Ala-6, or a possible hydrophobic side chain between Phe-8 and the side chains of Lys-7 and His-12). Starting from these results as a base, we will proceed to measure the free energy of helix stabilization for other side chain interactions, by studying a series of chemically synthesized peptides, each differing from a preceding peptide in one side chain interaction.

管理Alpha-helix位置的规则。 我们计划通过实验确定 在原本展开的多肽中管理A螺旋位置的规则 链。 与天然蛋白的X射线结构进行比较，然后将 显示这些规则是否还控制着本机蛋白质中的螺旋位置。 这 计划是使用化学合成的肽（长度13-15个残基） 稳定或 使水中的α-螺旋稳定。 最近的工作表明 核糖核酸酶A的C肽A（残基1-13，终止于HSER-13内酯） 是否显示在0到20 C之间的水中部分螺旋形成（首先 由Brown＆Klee观察，生物化学8，2876； 1971年）和那个螺旋 稳定性非常依赖pH值，可能是因为盐桥GLU 9-...他的12+需要螺旋稳定性（Bierzynski，Kim＆Baldwin， Proc。纳特。学院。科学。美国，出版社，1982年）。 我们将化学使用 合成的肽来测试此提议的相互作用，也可以 研究C肽螺旋中其他可能的侧链相互作用 （可能的盐桥Glu 2 -... Arg 10+，可能的疏水 PHE-8环与Ala-4，Ala-5的侧链之间的相互作用， ALA-6，或PHE-8和侧面的疏水侧链 Lys-7和His-12的链条）。 从这些结果作为基础开始，我们 将继续测量其他螺旋稳定的自由能 通过研究一系列化学合成的侧链相互作用 肽，每种肽与一个侧链中的肽不同 相互作用。