Representation and Incorporation of Fossil Data in Molecular Dating of Species Divergences

化石数据在物种分歧分子测年中的表示和结合

• 批准号: BB/G006431/1
• 负责人: Ziheng Yang
• 金额: $ 44.83万
• 依托单位: University College London
• 依托单位国家: 英国
• 项目类别: Research Grant
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 英国
• 起止时间: 2009 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FG006431%2F1
• 关键词: Representation; Incorporation; Fossil; Data; Molecular

If our genes accumulate changes over time at a constant rate, the genetic distance between two species, measured by the number of changes accumulated, will be proportional to the time of species divergence. Thus molecules can serve as a clock, keeping time of species divergence by the accumulated changes. If fossil records or geological events can be used to assign an absolute geological time to a species divergence event on the phylogenetic tree, one can convert all calculated genetic distances into absolute geological times. This rationale for molecular clock dating has recently been extended to deal with local variation in evolutionary rate. Critical to molecular dating is the use of fossil information to calibrate the clock. In this project, we will develop statistical models and computer algorithms to accurately represent and incorporate fossil calibration information in molecular dating analysis. We will also implement models that explicitly consider errors in fossil calibrations. The new methods will be applied to analyze large sequence datasets to estimate divergence times among primates and vertebrates.

如果我们的基因随着时间的推移以恒定的速度积累变化，那么两个物种之间的遗传距离（通过积累的变化数量来衡量）将与物种分化的时间成正比。因此，分子可以充当时钟，通过累积的变化来记录物种分化的时间。如果化石记录或地质事件可用于为系统发育树上的物种分化事件分配绝对地质时间，则可以将所有计算出的遗传距离转换为绝对地质时间。分子钟测年的基本原理最近已扩展到处理进化速率的局部变化。分子测年的关键是利用化石信息来校准时钟。在这个项目中，我们将开发统计模型和计算机算法，以在分子测年分析中准确表示和纳入化石校准信息。我们还将实现明确考虑化石校准误差的模型。新方法将用于分析大型序列数据集，以估计灵长类动物和脊椎动物之间的分歧时间。

项目成果

Maximum likelihood implementation of an isolation-with-migration model with three species for testing speciation with gene flow.

最大似然实现三个物种的迁移隔离模型，用于通过基因流测试物种形成。

• DOI: 10.1093/molbev/mss118
• 发表时间: 2012-10-01
• 期刊: Molecular biology and evolution
• 影响因子: 10.7
• 作者: Tianqi Zhu;Ziheng Yang
• 通讯作者: Ziheng Yang

Evaluation of a bayesian coalescent method of species delimitation.

物种界定的贝叶斯合并方法的评估。

• DOI: 10.1093/sysbio/syr071
• 发表时间: 2011-12-01
• 期刊: Systematic biology
• 影响因子: 6.5
• 作者: Chi Zhang;De;Tianqi Zhu;Ziheng Yang
• 通讯作者: Ziheng Yang

An Evaluation of Different Partitioning Strategies for Bayesian Estimation of Species Divergence Times.

物种分化时间贝叶斯估计的不同分区策略的评估。

• DOI: http://dx.10.1093/sysbio/syx061
• 发表时间: 2018
• 期刊: Systematic biology
• 影响因子: 6.5
• 作者: Angelis K

Establishing a time-scale for plant evolution.

建立植物进化的时间尺度。

• DOI: http://dx.10.1111/j.1469-8137.2011.03794.x
• 发表时间: 2011
• 期刊: The New phytologist
• 作者: Clarke JT

Approximate likelihood calculation on a phylogeny for Bayesian estimation of divergence times.

用于发散时间的贝叶斯估计的系统发育的近似似然计算。

• DOI: 10.1093/molbev/msr045
• 发表时间: 2011-07-01
• 期刊: Molecular biology and evolution
• 影响因子: 10.7
• 作者: Mario dos Reis;Ziheng Yang
• 通讯作者: Ziheng Yang