がん免疫療法における耐性化機序と進化軌跡の解明

阐明癌症免疫治疗的耐药机制和进化轨迹

基本信息

批准号：
22K18381
负责人：
日野原邦彦
金额：
$ 16.64万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-06-30 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本年度は、がん免疫療法に対する耐性進化軌跡の解明に向けたがん細胞株移植モデルのバーコード化を行なった。複数のマウスがん細胞株を対象とし、レンチウイルスベースの発現型バーコードライブラリを低タイターにて感染させ、1細胞ごとに異なるバーコードを保持するがん細胞株を樹立した。これらのバルク細胞集団からDNAを抽出してバーコード領域をPCR増幅し、そのサンプルを次世代シーケンスにて解析したところ、それぞれの細胞株が数百から数千のバーコードによりラベルできていることがわかった。これは多様ながん細胞を追跡する上で十分な数のバーコードではあるものの、マウス移植後に生着するクローンがどの程度存在するかは未知である。そのため、これらの細胞株をマウス移植して生着させた後に得られた腫瘍組織のバーコード多様性を今後検証し、十分な数のがん細胞をin vivoで追跡し得るモデル細胞株の選別を行う必要がある。一方で、来年度以降に実施予定である１細胞データの取得を見据え、個々の細胞における発現バーコード情報を解析するパイプラインの準備も進めた。既存のpublicデータを用いてパイプラインの検証を進め、１細胞トランスクリプトームデータと共に取得される発現バーコード情報を解析するパイプラインを構築した。実際のデータ取得は10xChromiumにて実施予定であるため、これらのバーコード情報をCell Ranger上にてvisualizeする方法論も併せて開発した。

今年，我们对癌细胞系移植模型进行了条形码分析，以阐明癌症免疫治疗耐药性的进化轨迹。通过用基于慢病毒的表达条形码库以低滴度感染多个小鼠癌细胞系，我们建立了每个细胞携带不同条形码的癌细胞系。当从这些大量细胞群中提取DNA时，通过PCR扩增条形码区域，并使用下一代测序对样本进行分析，结果发现每个细胞系都标记有数百到数千个据我所知的条形码。尽管这些条形码的数量足以追踪各种癌细胞，但尚不清楚移植到小鼠体内后有多少克隆能够存活。因此，我们将检查这些细胞系移植到小鼠体内后获得的肿瘤组织的条形码多样性，并选择能够在体内追踪足够数量的癌细胞的模型细胞系。另一方面，为了明年获取单细胞数据，还准备了分析单个细胞表达条形码信息的管道。我们使用现有的公共数据对管道进行了验证，并构建了一个管道来分析与单细胞转录组数据一起获得的表达条形码信息。由于实际的数据采集将使用 10xChromium 执行，因此我们还开发了一种在 Cell Ranger 上可视化此条形码信息的方法。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

がんの表現型可塑性と治療抵抗性

癌症表型可塑性和治疗耐药性

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
日野原邦彦
通讯作者：
日野原邦彦

がんの進化と脆弱性

癌症的演变和脆弱性

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
日野原邦彦
通讯作者：
日野原邦彦

The cancer epigenome: Non‐cell autonomous player in tumor immunity

癌症表观基因组：肿瘤免疫中的非细胞自主参与者

DOI：
10.1111/cas.15681
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
5.7
作者：
Kato Shinichiro;Maeda Yuka;Sugiyama Daisuke;Watanabe Keisuke;Nishikawa Hiroyoshi;Hinohara Kunihiko
通讯作者：
Hinohara Kunihiko