Data Analysis Core
数据分析核心
基本信息
- 批准号:10531003
- 负责人:
- 金额:$ 25万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2022
- 资助国家:美国
- 起止时间:2022-09-26 至 2024-08-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:3-DimensionalATAC-seqAdherenceAdoptedAgeAgingAtlasesBenchmarkingBiologicalCellsChromatinCollaborationsCollectionComputer AnalysisComputer softwareComputing MethodologiesDataData AnalysesData SetEnsureExperimental DesignsFAIR principlesGenerationsGenetic TranscriptionGenomicsGoalsHumanHuman BioMolecular Atlas ProgramHuman bodyImageImaging technologyIndividualInfrastructureLeadLocationMapsMeta-AnalysisMethodsMolecularMolecular ProfilingMultiomic DataOrganProteomicsProtocols documentationRaceReproducibilityResearchResolutionResource SharingSex DifferencesSkinStandardizationTechniquesTechnologyThree-Dimensional ImagingTissue imagingTissuesValidationage groupanalysis pipelinebasecell typecellular imagingcomputing resourcesdata harmonizationdata integrationdata pipelinedata sharingdata standardsdata submissiondata wranglingdesignepigenomicsexperimental studygenomic datahigh throughput analysishuman tissueimaging modalityimaging platforminteroperabilitymeetingsmultidimensional datamultiple omicsracial differencesenescencesexsingle-cell RNA sequencingsynergismtissue mappingtranscriptomicstransfer learning
项目摘要
Project Summary, Data Analysis Core
The Data Analysis Core provides end-to-end experimental and computational expertise: initial experimental
design and power studies, ongoing data generation and analysis, and ultimate data deposition and sharing. The
Data Analysis Core will support high-dimensional data generation and analysis for the Organ Specific Project,
including multi-omics data integration methods at distinct biological scales. This Core will collaborate closely with
the HuBMAP HIVE to harmonize data and pipelines to enable meta-analyses across tissues. Core Leaders will
participate in the monthly Center Executive Committee meetings with the Organ Specific Project Lead and
Consortium meetings to ensure ample experimental support and computational resources for new research
directions and collaborations with HuBMAP. The Core will have a designated Project Manager and Data Manager
to assist with data standards and harmonization, data validation, data wrangling, and overall data deposition,
data and software sharing, and genomic data sharing with the HIVE. In summary, the Data Analysis Core will
support the overall research objectives by providing robust, reproducible experimental protocols and
computational methods to characterize the impact of skin location, sex, race, and aging on the cellular and
molecular changes to skin; to analyze spatial and temporal data to infer interactions and crosstalk between cell
types; and to integrate our atlas of three-dimensional multi-omics skin datasets with the HIVE to promote cross-
tissue analyses in the HuBMAP Consortium.
项目总结,数据分析核心
数据分析核心提供端到端的实验和计算专业知识:初始实验
设计和电源研究、持续数据生成和分析以及最终数据沉积和共享。这
数据分析核心将支持器官特定项目的高维数据生成和分析,
包括不同生物尺度的多组学数据集成方法。该核心将与
HuBMAP HIVE 可以协调数据和管道,从而实现跨组织的荟萃分析。核心领导将
与机构具体项目负责人一起参加每月的中心执行委员会会议,并
召开联盟会议,确保新研究有充足的实验支持和计算资源
与 HuBMAP 的指导和合作。核心将有指定的项目经理和数据经理
协助数据标准和协调、数据验证、数据整理和整体数据存储,
数据和软件共享,以及与 HIVE 的基因组数据共享。总之,数据分析核心将
通过提供稳健、可重复的实验方案和
计算方法来表征皮肤位置、性别、种族和衰老对细胞和细胞的影响
皮肤的分子变化;分析空间和时间数据以推断细胞之间的相互作用和串扰
类型;并将我们的三维多组学皮肤数据集图谱与 HIVE 相集成,以促进跨
HuBMAP 联盟的组织分析。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
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