口腔がんにおける免疫環境構築機構の解明

口腔癌免疫环境构建机制的阐明

基本信息

批准号：
22K09926
负责人：
毛利安宏
金额：
$ 2.75万
依托单位：
The University of Tokushima
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

これまで口腔がん組織における免疫細胞浸潤はがん組織のbulk RNAシークエンスデータを用いて、single sample gene set enrichment（ssGSEA）解析によって行われてきた。この手法では、既に報告されている各免疫細胞のマーカー遺伝子の発現値を基に浸潤度を計算する。しかし、マーカー遺伝子の選び方によって浸潤度計算の正確さが左右されるため、全ての免疫細胞の浸潤度が正確に計算されるとは限らない。このため、実際の口腔がん組織に浸潤している免疫細胞の遺伝子発現状態を反映する解析を行う必要がある。近年、がん組織の1細胞RNAシークエンスデータを事前情報として与えることによってbulk RNAシークエンスデータを簡便にdeconvolutionし、浸潤している各免疫細胞の割合を正確に算出する手法が報告された。またこの手法では、各免疫細胞の推定の遺伝子発現値も計算可能である。そこで、この手法を用いてTCGAが取得した514症例の口腔がんデータを用いてがん組織に浸潤する免疫細胞の割合を再検討した。その結果、これまでの検討と異なり、T細胞浸潤が患者予後と強く相関することが明らかとなった。このため、臨床応用の面からT細胞浸潤を規定する因子を同定することが重要と考えられ、本研究で用いる実験系を見直す必要があった。T細胞浸潤を詳細に検討するために、現在4NQO発がんモデルを作製している。このモデルは喫煙による発がんと類似しており、TP53遺伝子の変異を高頻度で引き起こす。我々の研究室では口腔がん症例において高頻度に変異を示すFAT1とCDKN2Aの変異マウスを保有しており、野生型に加え、これらのマウスの4NQOモデルも現在作製している。予備実験として4NQOで発生したがん組織に浸潤した免疫細胞をフローサイトメトリーで検討し、様々な免疫細胞が浸潤していることを確認した。

迄今为止，口腔癌组织中的免疫细胞浸润已通过使用癌组织的批量 RNA 测序数据的单样本基因集富集 (ssGSEA) 分析进行了研究。在该方法中，根据先前报告的每个免疫细胞的标记基因的表达值来计算入侵程度。然而，由于计算侵袭程度的准确性取决于标记基因的选择方式，因此可能无法准确计算所有免疫细胞的侵袭程度。因此，有必要进行反映实际口腔癌组织浸润的免疫细胞的基因表达状况的分析。最近，报道了一种方法，通过提供癌组织的单细胞RNA序列数据作为先验信息，轻松对大量RNA序列数据进行反卷积，并准确计算每个浸润免疫细胞的比例。该方法还允许计算每个免疫细胞的估计基因表达值。因此，利用这种方法，我们利用TCGA获得的514例口腔癌病例的数据重新检查了免疫细胞浸润癌组织的比例。结果显示，与之前的研究不同，T 细胞浸润与患者预后密切相关。因此，从临床应用的角度来看，确定调节T细胞浸润的因素被认为很重要，并且有必要回顾本研究中使用的实验系统。我们目前正在创建 4NQO 致癌模型来详细检查 T 细胞浸润。这种模型与吸烟引起的癌症类似，经常引起 TP53 基因突变。我们的实验室拥有 FAT1 和 CDKN2A 突变小鼠，这些突变小鼠在口腔癌病例中经常发生突变，除了野生型小鼠之外，我们目前正在生成这些小鼠的 4NQO 模型。作为初步实验，我们使用流式细胞术检查了4NQO产生的浸润癌组织的免疫细胞，并确认了多种免疫细胞的浸润。