The Computational Pharmacology Core
计算药理学核心
基本信息
- 批准号:10197893
- 负责人:
- 金额:$ 15万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2012
- 资助国家:美国
- 起止时间:2012-09-24 至 2024-05-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:AddressAgonistAmlodipineAssessment toolAutophagocytosisBioinformaticsCalcium SignalingCellsChemicalsClassificationCombined Modality TherapyComputational BiologyComputer ModelsComputer softwareCustomCyclodextrinsDataDatabasesDevelopmentDiscriminant AnalysisDrug InteractionsEnhancersFamilyFamily memberFundingGene Expression ProfileGenesGenetic Predisposition to DiseaseGlyburideGoalsHepatotoxicityIn VitroInvestigationKineticsLigandsLiteratureLiver FibrosisLiver diseasesMachine LearningMethodsModelingMutagenesisPathogenicityPathway interactionsPharmaceutical PreparationsPharmacologyPhysicsPreventionProcessProchlorperazineProtein DatabasesProteinsRNA InterferenceRecurrenceRegulationResearchSignal PathwaySignal TransductionStatistical ModelsSystemSystems BiologyTestingTherapeuticValidationVariantVisionalpha 1-Antitrypsin Deficiencyanalogbasechemical groupcheminformaticscohortdesigndrug candidatedrug modificationexome sequencingexperimental studyhigh throughput screeningin silicoinduced pluripotent stem cellinsulin secretioninsulin signalingmachine learning algorithmmathematical analysismathematical modelmembermolecular modelingnovelnovel therapeuticspharmacophorepredictive modelingprogramsproteostasisproteotoxicityresponsescreeningsmall moleculesmall molecule librariessoftware developmenttooltranscriptome sequencing
项目摘要
Core B: Computational Systems Pharmacology
Project Summary
The Computational Systems Pharmacology Core (Core B) will provide computational biology and
quantitative systems pharmacology (QSP) support to Projects 1-3. The Core will contribute to the
research goals of the P01 in three major ways: identification of targets (proteins, pathways or
networks) implicated in ATZ accumulation (Specific Aim 1); quantitative modeling and analysis of the
cellular networks identified to be associated with ATZ elimination, and systematic interrogation of
these networks to generate plausible hypotheses for (poly)pharmacological strategies (Specific Aim
2); and refinement of drug candidates discovered in the first term (e.g. glibenclamide and its analog
G2, cyclodextrin family members, and selected agonists of mucolipins) and identification of new
testable candidates (both repurposable drugs and new compounds) to assist in the design and
development of mechanism-based ATD therapeutics (Specific Aim 3). In line with the progress and
contributions made in the first term, the Core will analyze high-throughput/content (RNAi, EMS
chemical mutagenesis, and small-molecule library screening) data collected by Project 2 and gene
expression profile data of ATZ-expressing iPS cells (Project 3). Quantitative model construction and
analyses will support Project 1 team to assess (i) the cell signaling and regulation mechanisms that
predominantly determine the cell fate in response to the proteotoxic effect of ATZ accumulation, with
focus on autophagic, proteostasis and calcium signaling pathways; (ii) the pathophysiological effects
of sequence variants detected in cohort exome sequencing studies (in coordination with Project 3);
(iii) optimal modifications of drug candidates to increase their potency, and particular combination
therapies (e.g. prochlorperazine and amlodipine) that may act synergistically. The Core will use a
broad range of machine learning algorithms, and bioinformatics, cheminformatics, QSP and
molecular modeling methods, tools and software developed by the Core members as well as relevant
databases and software publicly available.
核心 B:计算系统药理学
项目概要
计算系统药理学核心(核心 B)将提供计算生物学和
对项目 1-3 的定量系统药理学 (QSP) 支持。核心将有助于
P01的研究目标主要通过三种方式: 识别目标(蛋白质、途径或
网络)涉及 ATZ 积累(具体目标 1);的定量建模和分析
确定与 ATZ 消除相关的蜂窝网络以及系统性询问
这些网络为(多)药理学策略生成合理的假设(具体目标
2);以及第一学期发现的候选药物的完善(例如格列本脲及其类似物)
G2、环糊精家族成员和选定的粘脂蛋白激动剂)以及新的鉴定
可测试的候选药物(可重新利用的药物和新化合物)以协助设计和
开发基于机制的 ATD 疗法(具体目标 3)。根据进展情况和
第一学期做出的贡献,核心将分析高通量/内容(RNAi、EMS
化学诱变和小分子库筛选)项目2和基因收集的数据
表达 ATZ 的 iPS 细胞的表达谱数据(项目 3)。定量模型构建与
分析将支持项目 1 团队评估 (i) 细胞信号传导和调节机制
主要决定响应 ATZ 积累的蛋白毒性作用的细胞命运,
关注自噬、蛋白质稳态和钙信号通路; (ii) 病理生理效应
队列外显子组测序研究中检测到的序列变异(与项目 3 协调);
(iii) 候选药物的最佳修饰以增加其效力,以及特定的组合
可能具有协同作用的疗法(例如丙氯拉嗪和氨氯地平)。核心将使用
广泛的机器学习算法以及生物信息学、化学信息学、QSP 和
核心成员开发的分子建模方法、工具和软件以及相关
公开可用的数据库和软件。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
Ivet Bahar其他文献
Ivet Bahar的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('Ivet Bahar', 18)}}的其他基金
Toward a deeper understanding of allostery and allotargeting by computational approaches
通过计算方法更深入地理解变构和异体靶向
- 批准号:
10462594 - 财政年份:2021
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
Toward a deeper understanding of allostery and allotargeting by computational approaches
通过计算方法更深入地理解变构和异体靶向
- 批准号:
10231654 - 财政年份:2021
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
Toward a deeper understanding of allostery and allotargeting by computational approaches
通过计算方法更深入地理解变构和异体靶向
- 批准号:
10887238 - 财政年份:2021
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
Toward a deeper understanding of allostery and allotargeting by computational approaches
通过计算方法更深入地理解变构和异体靶向
- 批准号:
10612069 - 财政年份:2021
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
NIDA Center of Excellence OF Computational Drug Abuse Research (CDAR)
NIDA 计算药物滥用研究卓越中心 (CDAR)
- 批准号:
8896676 - 财政年份:2014
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
NIDA Center of Excellence OF Computational Drug Abuse Research (CDAR)
NIDA 计算药物滥用研究卓越中心 (CDAR)
- 批准号:
8743368 - 财政年份:2014
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
Center for causal Modeling and discovery of Biomedical Knowledge from Big Data
大数据因果建模和生物医学知识发现中心
- 批准号:
8935874 - 财政年份:2014
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
Center for causal Modeling and discovery of Biomedical Knowledge from Big Data
大数据因果建模和生物医学知识发现中心
- 批准号:
9404096 - 财政年份:2014
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
相似国自然基金
FOXD1-SFRP2及其特异性激动剂在骨关节炎中的功能及作用机制探究
- 批准号:82372438
- 批准年份:2023
- 资助金额:49 万元
- 项目类别:面上项目
新型IL2Rβγ激动剂逐级控释联合放疗对抗三阴性乳腺癌的作用及机制研究
- 批准号:82303819
- 批准年份:2023
- 资助金额:30 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
脂质纳米粒体内介导嵌合抗原受体-M1型巨噬细胞协同TLR激动剂治疗实体瘤的研究
- 批准号:82304418
- 批准年份:2023
- 资助金额:30 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
TRPV4/SKCa信号轴在AMPK激动剂抑制微小动脉舒张作用中的机制研究
- 批准号:82304584
- 批准年份:2023
- 资助金额:30 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
靶向STING激动剂和TREM2抑制剂增强PD-1抑制剂对胰腺癌的抗肿瘤作用研究
- 批准号:82303740
- 批准年份:2023
- 资助金额:30 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
相似海外基金
Sympathetic Mechanisms in the Cardiovascular and Metabolic Alterations of Obesity
肥胖心血管和代谢改变中的交感机制
- 批准号:
10417218 - 财政年份:2019
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
Sympathetic Mechanisms in the Cardiovascular and Metabolic Alterations of Obesity
肥胖心血管和代谢改变中的交感机制
- 批准号:
10619649 - 财政年份:2019
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别:
Sympathetic Mechanisms in the Cardiovascular and Metabolic Alterations of Obesity
肥胖心血管和代谢改变中的交感机制
- 批准号:
10192815 - 财政年份:2019
- 资助金额:
$ 15万 - 项目类别: