Development of multi-resolution methods for large conformational changes coupling with biological reactions

开发与生物反应耦合的大构象变化的多分辨率方法

• 批准号: 16K05526
• 负责人: IWAHASHI Chigusa
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016-04-01 至 2019-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K05526/
• 关键词: 分子動力学法(MD); 粗視化モデル; レアイベントサンプリング; ドメイン運動; DoMEモデル; 分子動力学法; String法; 膜タンパク質; string法; レプリカ交換アンブレラポテンシャル(REUS)法; マルチレゾリューションシミュレーション; 生物物理; 化学物理; マルチドメインタンパク質

项目成果

超並列分子動力学ソフトウェア「GENESIS」最新版を公開

大规模并行分子动力学软件“GENESIS”最新版本发布

GENESIS 1.1: A hybrid-parallel molecular dynamics simulator with enhanced sampling algorithms on multiple computational platforms

GENESIS 1.1：混合并行分子动力学模拟器，在多个计算平台上具有增强的采样算法

• DOI: 10.1002/jcc.24874
• 发表时间: 2017
• 影响因子: 3
• 作者: Kobayashi Chigusa;Jung Jaewoon;Matsunaga Yasuhiro;Mori Takaharu;Ando Tadashi;Tamura Koichi;Kamiya Motoshi;Sugita Yuji
• 通讯作者: Sugita Yuji

コンピュータシミュレーションによるCa2+-ATPaseのリガンド解離に伴う構造変化解析

通过计算机模拟分析与 Ca2+-ATPase 配体解离相关的结构变化

• 发表时间: 2017
• 作者: 小林千草

P-type ATPaseの大規模構造変化を伴う反応メカニズム解析のためのマルチレゾリューション手法

P型ATP酶大规模结构变化反应机理分析的多分辨率方法

• 发表时间: 2016
• 作者: 小林千草;松永康佑;Jaewoon Jung;杉田有治
• 通讯作者: 杉田有治

Optimal Temperature Evaluation in Molecular Dynamics Simulations with a Large Time Step

大时间步长分子动力学模拟中的最佳温度评估

• DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00874
• 发表时间: 2018
• 影响因子: 5.5
• 作者: Jung Jaewoon;Kobayashi Chigusa;Sugita Yuji
• 通讯作者: Sugita Yuji