協同性発現によるDNA塩基配列認識能鋭敏化の分子機構

通过协同表达提高DNA碱基序列识别能力的分子机制

• 批准号: 08680629
• 负责人: 森井 孝
• 金额: --
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-08680629/
• 关键词: 分子認識; ホストーゲスト; オリゴペプチド; 協同性; DNA認識

ホスト分子とゲスト分子を同一ペプチド鎖内に存在させた場合には同一ペプチドにより、二量体、三量体などの多量体形成が期待される。多量体形成により、DNA塩基配列認識における協同性の影響を調べるため、これまでに用いられているα-ヘリックス構造を形成し、DNA塩基配列特異的に二量体を形成して結合することが知られている、ロイシンジッパー蛋白質GCN4の塩基性領域のアミノ酸配列を有し、N末端側にゲスト分子であるアダマンタン、C末端にホスト分子であるβ-シクロデキストリンを持つオリゴペプチドを合成した。標的DNAは、GCN4が二量化し結合する回文配列中の5塩基対からなるハーフサイト、5,-ATGAC-3,が繰り返した塩基配列を持つオリゴヌクレオチドである。ハーフサイトの繰り返し回数の異なるDNAに対する分子内にホスト分子とゲスト分子の両方を持つオリゴペプチドGAdCdと分子内にゲスト分子のみを持つペプチドGAdの結合様式を比較することで、DNA認識分子が非共有結合により多量化することにより塩基配列特異的認識がどのように変化するかを調べたところ、G2AdCdのみがハーフサイトが三回繰り返した配列に三量体形成を伴って結合することがわかった。GAdペプチドはハーフサイトを一つもつ塩基配列にも結合する。しかしながら、GAdCdペプチドは単量体としてDNAに結合することはなく、多量体形成を伴いながら、ハーフサイトが二回以上繰り返した塩基配列を選択的に認識することがわかった。

当宿主分子和宾客分子存在于同一肽链中时，由于相同的肽，预计多聚体（例如二聚体和三聚体）的形成。为了研究通过多聚体形成的合作性对DNA碱基序列识别的影响，一种寡肽的寡肽，具有亮氨酸Zipper蛋白GCN4的基本区域的氨基酸序列C末端的β-环糊精。靶DNA是具有重复5，-ATGAC-3的寡核苷酸，半位点，由palindromic序列中的五个碱基对组成，GCN4二聚并结合。通过比较寡肽GADCD的结合模式，该模式在分子内具有宿主和来宾分子的DNA，并在半次点处重复不同，并且只有分子中的宾客GAD，我们只能研究了DNA识别分子在非均值均匀的键中，该序列均与g2的序列相结合。一半位点具有三聚体的形成。 GAD肽还与单个半位点结合了核苷酸序列。但是，发现GADCD肽不与DNA作为单体结合，并且在携带多聚体形成的同时，选择性地识别已经重复两次或更多的核苷酸序列。

项目成果

Takashi Morii他: "Factors Governing the Sequence-Selective DNA Binding of Geometrically Constrained Peptide Dimers" Journal of the American Chemical Society. 119(in press). (1997)

Takashi Morii 等人：“影响几何约束肽二聚体的序列选择性 DNA 结合的因素”，美国化学会杂志 119（出版中）。

Takashi Morii他: "Cooperative Oligomerization Enhances Sequence-Selective DNA Binding by a Short Peptide" Journal of the American Chemical Society. 118. 10011 (1996)

Takashi Morii 等人：“协同寡聚化增强短肽的序列选择性 DNA 结合”美国化学会杂志 118. 10011 (1996)。

Masako Okagami他: "DNA recognition by covalently constrained peptide dimers:roles of the constraints for sequence-selectivity" Nucleic Acids Symposium Series. No.35. 163 (1996)

Masako Okagami 等人：“共价约束肽二聚体的 DNA 识别：序列选择性约束的作用”核酸研讨会系列第 35 期（1996 年）。