びまん性胃がん及び周辺組織におけるシングルセルオミクス解析

弥漫性胃癌及周围组织的单细胞组学分析

基本信息

批准号：
22KJ1012
负责人：
坪坂歩
金额：
$ 1.6万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2023
资助国家：
日本
起止时间：
2023-03-08 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ1012/
关键词：
胃癌 scRNA-seq 空間遺伝子発現解析

项目摘要

本研究室及び公開データを組み合わせて、50万細胞を超える胃癌のsingle cell RNA-sequence (scRNA-seq)データベースを構築し、主要な細胞種の同定等の解析を行った。同時に関連施設の胃癌症例の正常・腫瘍ペアのWhole genome sequence (WGS)及びBulkでのtranscriptome sequenceを行った。解析結果に応じてscRNA-seqの実験を追加で施行する予定である。また、subcellularレベルでの空間遺伝子発現解析をパイロット的に行い、解析に耐えうるデータを得られた。scRNA-seqのクラスターのアノテーションを教師データに用いることにより、scRNA-seqで同定されたクラスターが組織上のどこに存在するのかをマッピングすることに成功した。令和５年度はspatial transcriptomeデータセットも充実させることにより、空間情報まで含めた統合的・包括的な胃癌ゲノム・遺伝子発現データセットの構築を行い、新たな治療標的の探索や癌生物学の重要な遺伝子の発見につなげる。

通过结合实验室数据和公开数据，我们构建了包含超过50万个细胞的胃癌单细胞RNA序列（scRNA-seq）数据库，并进行了主要细胞类型鉴定等分析。同时，在相关机构对胃癌病例的正常和肿瘤对进行全基因组测序（WGS）和批量转录组测序。我们计划根据分析结果进行额外的 scRNA-seq 实验。此外，我们在亚细胞水平上进行了试点空间基因表达分析，并获得了适合分析的数据。通过使用 scRNA-seq 簇注释作为训练数据，我们成功地绘制了 scRNA-seq 识别的簇存在于组织中的位置。 2025年，我们将扩展空间转录组数据集，构建包含空间信息的完整、全面的胃癌基因组/基因表达数据集，探索新的治疗靶点并研究癌症生物学的重要方面，这将导致发现。独特的基因。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Single-Cell Transcriptome Analyses of Human Normal and Intestinal Metaplastic Gastric Mucosa.

人类正常和肠化生胃粘膜的单细胞转录组分析。

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ayumu Tsubosaka;Daisuke Komura;Hiroto Katoh;Miwako Kakiuchi;Shumpei Ishikawa
通讯作者：
Shumpei Ishikawa

ヒト正常及び腸上皮化生胃粘膜におけるシングルセル解析による胃細胞アトラスの構築.

通过人类正常和肠化生胃粘膜的单细胞分析构建胃细胞图谱。

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
坪坂歩;河村大輔;加藤洋人;垣内美和子;石川俊平
通讯作者：
石川俊平

Single-Cell Transcriptome Analyses Reveal the Cell Diversity and Developmental Features of Human Gastric and Metaplastic Mucosa

DOI：
10.1101/2022.05.22.493006
发表时间：
2022-05
期刊：
bioRxiv
影响因子：
0
作者：
Ayumu Tsubosaka;D. Komura;H. Katoh;Miwako Kakiuchi;T. Onoyama;Asami Yamamoto;Hiroyuki Abe;Y. Seto;T. Ushiku;S. Ishikawa
通讯作者：
Ayumu Tsubosaka;D. Komura;H. Katoh;Miwako Kakiuchi;T. Onoyama;Asami Yamamoto;Hiroyuki Abe;Y. Seto;T. Ushiku;S. Ishikawa

Large scale single cell atlas of human stomach revealed stem cell and developmental regulation in normal and metaplastic state.

人类胃的大规模单细胞图谱揭示了正常和化生状态下的干细胞和发育调节。