Novel QSAR analysis based on protein-ligand interaction using molecular calculation

使用分子计算基于蛋白质-配体相互作用的新型 QSAR 分析

• 批准号: 23710272
• 负责人: YOSHIDA Tatsusada
• 金额: $ 2.25万
• 依托单位: The University of Tokushima
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23710272/
• 关键词: 金属タンパク質; 定量的構造活性相関; 分子間相互作用; 分子軌道法; 理論・計算化学; 炭酸脱水酵素; マトリックスメタロプロテアーゼ

We examined the atomic and electronic mechanism underlying binding between zinc-containing proteins and a series of ligands, using the QM (Quantum mechanics)/MM (Molecular Mechanics) and ab initio FMO (Fragment Molecular Orbital) calculations and LERE (Linear Expression by Representative Energy terms)-QSAR (Quantitative Structure-Activity Relationship) procedure. As a result, the LERE-QSAR procedure demonstrated to quantitatively reveal differences in the binding mechanisms between the several cases involving similar but different zinc-containing proteins at the electronic and atomic levels.

我们使用 QM（量子力学）/MM（分子力学）和从头算 FMO（片段分子轨道）计算和 LERE（代表线性表达式）研究了含锌蛋白质与一系列配体之间结合的原子和电子机制能量术语）-QSAR（定量构效关系）程序。结果，LERE-QSAR 程序被证明可以定量揭示电子和原子水平上涉及相似但不同的含锌蛋白质的几种情况之间的结合机制的差异。

项目成果

LERE-QSAR解析の精密化とその検証

LERE-QSAR 分析的细化及其验证

• 发表时间: 2013
• 作者: 吉田達貞

Estimation of Non-covalent Interactions with a New Efficient Dispersion Corrected HF Approach

使用新的高效色散校正 HF 方法估计非共价相互作用

• 发表时间: 2013
• 作者: Tatsusada Yoshida

LERE-QSAR解析による絶対立体配置の識別:インフルエンザ・ノイラミニダーゼとピロリジン系化合物との相互作用解析

通过 LERE-QSAR 分析鉴定绝对构型：流感神经氨酸酶与吡咯烷化合物之间的相互作用分析

• 发表时间: 2013
• 作者: 河野明大;芝田雄登;林敬久;倉橋昌大;吉田達貞;中馬寛
• 通讯作者: 中馬寛

LERE-QSAR 解析の酵素触媒反応への適用：トリプシンによる置換馬尿酸フェニルの加水分解反応のミカエリス・メンテン定数および反応速度定数の定量的解析

LERE-QSAR分析在酶催化反应中的应用：胰蛋白酶水解取代马尿酸苯酯反应的米氏常数和反应速率常数的定量分析

• 发表时间: 2012
• 作者: 馬島 彬

A Novel Fragment Based QSAR Using FMO and LERE: Binding Affinity of Relenza and Its Analogues with Influenza Virus Neuraminidase

使用 FMO 和 LERE 的基于新片段的 QSAR：Relenza 及其类似物与流感病毒神经氨酸酶的结合亲和力

• 发表时间: 2012
• 作者: Matoba H